特定手続のうち特許出願その他の経済産業省令で定めるもの（以下「指定特定手続」という。）を書面の提出により行った者は、特許庁長官に対し、その手続に係る書面に記載された事項を磁気ディスクに記録すべきことを、当該手続をした日から経済産業省令で定める期間内に、経済産業省令で定めるところにより、求めなければならない。
2特許庁長官は、指定特定手続が前項の規定による方式に違反しているとき又はその手続について第四十条第一項第一号の規定により納付すべき手数料を納付しないときは、相当の期間を指定して、当該手続の補正をすべきことを命ずることができる。
3特許庁長官は、前項の規定により手続の補正をすべきことを命じた者が同項の規定により指定した期間内にその補正をしないときは、当該手続を却下することができる。
この法律の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる事項に係るこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、それぞれなお従前の例による。
一部施行日前にした特許出願（一部施行日前の特許出願の分割等に係る特許出願を除く。）、実用新案登録出願（一部施行日前の実用新案登録出願の分割等に係る実用新案登録出願を除く。）、意匠登録出願（一部施行日前の意匠登録出願の分割等に係る意匠登録出願を除く。）、商標登録出願（一部施行日前の商標登録出願の分割等に係る商標登録出願を除く。）、商標権の存続期間の更新登録の申請、防護標章登録出願（一部施行日前の防護標章登録出願の分割等に係る防護標章登録出願を除く。）、防護標章登録に基づく権利の存続期間の更新登録の出願及び平成八年商標法改正法附則第十一条第一項に規定する重複登録商標に係る商標権の存続期間の更新登録の出願に係る第六条の規定による改正後の工業所有権に関する手続等の特例に関する法律第四十条第一項に規定する手数料に係る同条第三項及び第四項の規定の適用については、これらの規定中「国」とあるのは、「国、特許法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第四十七号。以下この条において「平成十五年改正法」という。）第一条の規定による改正前の特許法第百七条第二項に規定する独立行政法人（当該手数料が特許に関するものである場合におけるものに限る。）、平成十五年改正法第二条の規定による改正前の実用新案法第三十一条第二項に規定する独立行政法人（当該手数料が実用新案登録に関するものである場合におけるものに限る。）、平成十五年改正法第三条の規定による改正前の意匠法第四十二条第二項に規定する独立行政法人（当該手数料が意匠登録に関するものである場合におけるものに限る。）又は平成十五年改正法第四条の規定による改正前の商標法第四十条第三項に規定する独立行政法人（当該手数料が商標登録又は防護標章登録に関するものである場合におけるものに限る。）」とする。
政府は、この法律の施行後五年を経過した場合において、新々特例法第四章第三節の規定の施行の状況を勘案し、必要があると認めるときは、同節の規定について検討を加え、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとする。
この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。