旅客会社は、その成立の時において、第三条第一項に規定する鉄道の営業線に関する鉄道施設の変更であつてこれに係る業務が当該旅客会社に引き継がれるものとして承継計画において定められたものについて、鉄道事業法第十二条第一項の認可を受け、又は同条第二項の規定による届出をしたものとみなす。この場合には、当該鉄道施設の変更のうち当該変更が同法第七条第一項に規定する事業基本計画の変更に相当する事由に係るものとして承継計画において定められたものについては、同項の規定による事業基本計画の変更の認可を受け、又は同条第三項の規定による事業基本計画の変更の届出をしたものとみなす。
2旅客会社は、その成立の日から三月以内に、前項に規定する鉄道施設の変更（鉄道事業法第十二条第一項の認可を受けるべきものに限る。）について、同条第一項の工事計画に記載すべき事項を記載した書類を運輸大臣に提出するものとする。この場合には、当該書類に記載された事項を同項の規定により定められた工事計画とみなして、同法の規定を適用する。
この法律の施行の際現に第五十一条の規定による改正後の国家公務員退職手当法（以下この条及び附則第十一条において「新退職手当法」という。）第二条第一項に規定する職員として在職する者で日本国有鉄道の職員としての在職期間を有するものの新退職手当法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の日本国有鉄道の職員としての在職期間を新退職手当法第二条第一項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。
2施行日の前日に日本国有鉄道の職員として在職する者が、引き続いて承継法人であつて改革法第十一条第一項の規定により運輸大臣が指定する法人以外のもの又は清算事業団（以下この項において「承継法人等」という。）の職員となり、かつ、引き続き承継法人等の職員として在職した後引き続いて新退職手当法第二条第一項に規定する職員となつた場合におけるその者の新退職手当法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の施行日の前日までの日本国有鉄道の職員としての在職期間及び施行日以後の承継法人等の職員としての在職期間を新退職手当法第二条第一項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。ただし、その者が承継法人等を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
3この法律の施行前に日本国有鉄道を退職した職員であつて旧退職手当法がなおその効力を有しているものとしたならば旧退職手当法第十条の規定による退職手当の支給を受けることができるもの及び施行日の前日に日本国有鉄道の職員として在職し、引き続いて承継法人又は清算事業団の職員となつた者のうち施行日から雇用保険法による失業給付の受給資格を取得するまでの間に承継法人又は清算事業団を退職したものであつて、その退職した日まで日本国有鉄道の職員として在職したものとし、かつ、旧退職手当法がなおその効力を有しているものとしたならば旧退職手当法第十条の規定による退職手当の支給を受けることができるものに対しては、新退職手当法の適用があるものとみなして、新退職手当法第十条の規定による退職手当を支給する。
4この法律の施行前に日本国有鉄道を退職した者に対し、旧退職手当法の規定により支給した一般の退職手当等の返納については、その者及び一般の退職手当等は、国家公務員退職手当法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第九十五号）附則第二条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第一条の規定による改正前の国家公務員退職手当法第十二条の三第一項の退職した者及び一般の退職手当等とみなして同条の規定を適用する。この場合において、その返納は、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構がさせることができるものとする。