（経過措置）
附則第一条の規定による瀬戸内海環境保全臨時措置法施行令の改正により瀬戸内海環境保全特別措置法（以下「特別措置法」という。）第五条第一項に規定する区域となる区域（以下「甲区域」という。）において、この政令の施行前に、特定施設（同項に規定する特定施設をいう。以下この条において同じ。）の設置につき水質汚濁防止法第五条又は第六条の規定による届出をした者でこの政令の施行の際現に同法第九条の規定による実施の制限を受けていないものは、当該特定施設について特別措置法第五条第一項の許可を受けたものとみなす。
2甲区域において、この政令の施行の際現に特定施設につき水質汚濁防止法第九条の規定による実施の制限を受けている者については、当該制限を受けている間は、特別措置法第五条第一項、第八条第一項及び第十二条第一項の規定は、適用しない。
3前項に規定する者は、水質汚濁防止法第九条の規定による実施の制限を受けないこととなつたときは、当該特定施設について特別措置法第五条第一項又は第八条第一項の許可を受けたものとみなす。
4甲区域において、この政令の施行前に、鉱山保安法（昭和二十四年法律第七十号）第八条第一項に規定する建設物、工作物その他の施設である特定施設、電気事業法（昭和三十九年法律第百七十号）第二条第七項に規定する電気工作物である特定施設又は海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律（昭和四十五年法律第百三十六号）第三条第九号に規定する廃油処理施設である特定施設の設置につき、これらの法律の規定による許可若しくは認可を受けた者又はこれらの法律の規定による届出をして当該特定施設を設置した者（この政令の施行の際現に設置の工事をしている者を含む。）であつて、当該特定施設を設置する鉱山保安法第二条第二項本文に規定する鉱山又は工場若しくは事業場から排出水（水質汚濁防止法第二条第三項に規定する排出水をいう。次条において同じ。）を排出するものは、当該特定施設について特別措置法第五条第一項の許可を受けたものとみなす。
（経過措置）
附則改正法の施行の際現に改正法による改正前の瀬戸内海環境保全特別措置法（次項において「旧法」という。）第十二条の三第一項の規定により定められている総量削減基本方針は、この政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に水質汚濁防止法第四条の二第一項の規定により第二条の規定による改正後の水質汚濁防止法施行令（以下「新水質汚濁防止法施行令」という。）別表第二第三号に掲げる区域について化学的酸素要求量で表示した汚濁負荷量に係る同項に規定する総量削減基本方針が新たに定められるまでの間は、同項の規定により定められた総量削減基本方針とみなす。
2改正法の施行の際現に旧法第十二条の三第二項の規定により読み替えられた水質汚濁防止法（以下「読替え後の水質汚濁防止法」という。）第四条の三第一項の規定により定められている総量削減計画は、施行日以後に水質汚濁防止法第四条の三第一項の規定により新水質汚濁防止法施行令別表第二第三号に掲げる区域について化学的酸素要求量で表示した汚濁負荷量に係る同項に規定する総量削減計画が新たに定められるまでの間は、同項の規定により定められた総量削減計画とみなす。
3改正法の施行の際現に読替え後の水質汚濁防止法第四条の五第一項の規定により定められている総量規制基準は、施行日以後に水質汚濁防止法第四条の五第一項の規定により新水質汚濁防止法施行令別表第二第三号に掲げる区域について化学的酸素要求量で表示した汚濁負荷量に係る同項の総量規制基準が新たに定められるまでの間は、同項の規定により定められた総量規制基準とみなす。