（割引債の償還差益に係る所得税の軽減又は免除を受ける者の還付請求に関する経過措置）
附則新規則第三条の四第一項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、平成十六年七月一日以後に相手国居住者等が支払を受けるべき同項に規定する割引債の同項に規定する償還差益について適用し、相手国居住者等が同日前に支払を受けるべき当該割引債の償還差益については、なお従前の例による。
2新規則第三条の四第二項の規定は、施行日以後に外国法人が支払を受けるべき同項に規定する株主等償還差益について適用する。
（第三国団体配当等に係る所得税の軽減又は免除を受ける者の届出等に関する経過措置）
附則新規則第二条の四第一項第六号の規定は、同項に規定する非居住者又は外国法人が施行日以後に支払を受けるべき同項に規定する第三国団体配当等について適用し、旧規則第二条の四第一項に規定する非居住者又は外国法人が施行日前に支払を受けるべき同項に規定する第三国団体配当等については、なお従前の例による。
（報告金融機関等による住所等所在地国と認められる国又は地域の再特定手続に関する経過措置）
附則附則第三条の規定は、報告金融機関等が旧法第十条の五第六項の規定により特定対象者の住所等所在地国と認められる国又は地域（外国に限る。）の特定をした場合について準用する。この場合において、附則第三条中「第十六条の三第十一項」とあるのは、「第十六条の六第一項において準用する同令第十六条の三第十一項」と読み替えるものとする。
（租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律の施行に関する省令の一部改正に伴う経過措置）
附則報告金融機関等（租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律第十条の五第八項第一号に規定する報告金融機関等をいう。次項において同じ。）がこの省令の施行の日前に犯罪による収益の移転防止に関する法律施行規則及び犯罪による収益の移転防止に関する法律施行規則及び疑わしい取引の届出における情報通信の技術の利用に関する規則の一部を改正する命令の一部を改正する命令（令和六年内閣府、総務省、法務省、財務省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省、国土交通省令第六号。以下この項において「改正犯収法施行規則」という。）第一条の規定による改正前の犯罪による収益の移転防止に関する法律施行規則（平成二十年内閣府、総務省、法務省、財務省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省、国土交通省令第一号）第七条第一号ハに掲げる書類（国民健康保険、健康保険、船員保険若しくは後期高齢者医療の被保険者証、国家公務員共済組合若しくは地方公務員共済組合の組合員証又は私立学校教職員共済制度の加入者証に限るものとし、その写しを含む。以下この項及び次項において「旧被保険者証等」という。）の提出又は提示を受けた場合における当該旧被保険者証等（当該旧被保険者証等に基づき行った確認を記録した書類を含む。以下この項において同じ。）について、当該旧被保険者証等に係る改正犯収法施行規則附則第二条各号に定める期間（次項において「経過期間」という。）における第三条の規定による改正後の租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律の施行に関する省令（以下この条において「新租税条約等実施特例省令」という。）第十六条の三第三項及び第十六条の六第三項の規定の適用については、新租税条約等実施特例省令第十六条の三第三項第一号中「介護保険の被保険者証」とあるのは、「国民健康保険、健康保険、船員保険、後期高齢者医療又は介護保険の被保険者証、国家公務員共済組合又は地方公務員共済組合の組合員証、私立学校教職員共済制度の加入者証」とする。
2前項の規定は、報告金融機関等が旧被保険者証等に係る経過期間において当該旧被保険者証等の提出又は提示を受ける場合における当該旧被保険者証等（当該旧被保険者証等に基づき行う確認を記録する書類を含む。以下この項において同じ。）について、当該旧被保険者証等に係る経過期間における新租税条約等実施特例省令第十六条の三第三項及び第十六条の六第三項の規定の適用について準用する。
3附則第二条第一項に規定する国民健康保険の被保険者証について、経過期間における新租税条約等実施特例省令第十六条の四第二項の規定の適用については、同項第一号ハ中「又は」とあるのは、「、租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（令和六年財務省令第六十六号）附則第六条第三項に規定する国民健康保険の被保険者証又は」とする。
4附則第二条第二項に規定する健康保険の被保険者証について、経過期間における新租税条約等実施特例省令第十六条の四第二項の規定の適用については、同項第一号ハ中「又は」とあるのは、「、租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（令和六年財務省令第六十六号）附則第六条第四項に規定する健康保険の被保険者証又は」とする。
5附則第二条第三項に規定する船員保険の被保険者証について、経過期間における新租税条約等実施特例省令第十六条の四第二項の規定の適用については、同項第一号ハ中「又は」とあるのは、「、租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（令和六年財務省令第六十六号）附則第六条第五項に規定する船員保険の被保険者証又は」とする。
6附則第二条第四項に規定する後期高齢者医療の被保険者証について、経過期間における新租税条約等実施特例省令第十六条の四第二項の規定の適用については、同項第一号ハ中「又は」とあるのは、「、租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（令和六年財務省令第六十六号）附則第六条第六項に規定する後期高齢者医療の被保険者証又は」とする。
7附則第二条第五項に規定する国家公務員共済組合の組合員証について、経過期間における新租税条約等実施特例省令第十六条の四第二項の規定の適用については、同項第一号ハ中「又は健康保険日雇特例被保険者手帳」とあるのは、「、健康保険日雇特例被保険者手帳又は租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（令和六年財務省令第六十六号）附則第六条第七項に規定する国家公務員共済組合の組合員証」とする。
8附則第二条第六項に規定する地方公務員共済組合の組合員証について、経過期間における新租税条約等実施特例省令第十六条の四第二項の規定の適用については、同項第一号ハ中「又は健康保険日雇特例被保険者手帳」とあるのは、「、健康保険日雇特例被保険者手帳又は租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（令和六年財務省令第六十六号）附則第六条第八項に規定する地方公務員共済組合の組合員証」とする。
9附則第二条第七項に規定する私立学校教職員共済制度の加入者証について、経過期間における新租税条約等実施特例省令第十六条の四第二項の規定の適用については、同項第一号ハ中「又は健康保険日雇特例被保険者手帳」とあるのは、「、健康保険日雇特例被保険者手帳又は租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（令和六年財務省令第六十六号）附則第六条第九項に規定する私立学校教職員共済制度の加入者証」とする。