改正法附則第三条第一項の規定による願書に添付した明細書又は図面についての補正は、特許法施行規則第十一条第一項の規定にかかわらず、特許出願（同規則第四条の二第一項の国際特許出願等を除く。）についてする場合（次項に掲げる場合を除く。）は附則様式第一により、同項の国際特許出願等についてする場合は附則様式第二によりしなければならない。
2前項に規定する補正を電子情報処理組織を使用して又はフレキシブルディスクの提出により行う場合は、工業所有権に関する手続等の特例に関する法律施行規則第十一条第一項の規定にかかわらず、附則様式第三によりしなければならない。
書面に計量法（平成四年法律第五十一号）第二条第一項に規定する物象の状態の量に関し記載する場合は、同法第八条並びに同法附則第三条、第四条、第五条、第六条並びに第八条第一項及び第三項の規定に従つて記載しなければならない。
施行日前にした特許出願及びこれに係る手続については、前条の規定による改正前の特許法施行規則（以下この項において「旧規則」という。）の規定（第六十九条の規定を除く。）は、前条の規定による改正後の特許法施行規則（以下「新規則」という。）の施行後も、なおその効力を有する。この場合において、旧規則第二十四条の二中「通商産業省令」とあるのは、「経済産業省令」とする。
2前項並びに特許法施行規則等の一部を改正する省令（昭和六十年通商産業省令第四十五号。以下「改正省令」という。）附則第二項及び附則第三項の規定にかかわらず、新規則第一条の二、第四条の二、第八条から第九条の三まで、第十条の二から第十二条まで、第十三条の二、第十四条、第二十三条第二項及び第三項、第二十四条、第二十五条から第二十五条の三まで、第二十七条の二、第二十七条の三の二、第二十七条の三の三、第二十八条の二から第二十八条の四まで、第三十一条の二、第三十一条の三、第三十二条、第四十六条、第四十七条、第四十八条の二、第四十九条、第五十条の二、第五十八条及び第六十六条の規定並びに附則第二条の規定中特許法施行規則第二十三条の二を削る改正規定は、施行日以後にされた特許出願であって、特許法第四十四条第二項（同法第四十六条第六項において準用する場合を含む。）、旧特許法第四十五条第六項又は第五十三条第四項（旧特許法第百五十九条第一項（旧特許法第百七十四条第一項において準用する場合を含む。）及び旧特許法第百六十一条の三第一項において準用する場合を含む。）の規定により施行日前にしたものとみなされるもの及びこれらに係る手続について適用する。この場合において、新規則第一条の二第一項中「又は様式第七十」とあるのは、「、様式第七十又は特許法施行規則等の一部を改正する省令（昭和六十年通商産業省令第四十五号）附則第二項及び附則第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の特許法施行規則様式第十三の二若しくは様式第十五」と、新規則第十一条第一項中「又は様式第四十八」とあるのは「、様式第四十八又は特許法施行規則等の一部を改正する省令（昭和六十年通商産業省令第四十五号）附則第二項及び附則第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の特許法施行規則様式第十三の二若しくは様式第十五」と、新規則第十一条第三項中「及び様式第四十四」とあるのは、「、様式第四十四並びに特許法施行規則等の一部を改正する省令（昭和六十年通商産業省令第四十五号）附則第二項及び附則第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の特許法施行規則様式第十三の二及び様式第十五」とする。
特許法施行規則第五十七条の六（証拠調べの調書の記載に代わる録音テープ等への記録）（同規則、実用新案法施行規則、意匠法施行規則又は商標法施行規則において準用する場合を含む。）の規定は、この省令の施行前にされた証人等の陳述については、適用しない。
特許法等の一部を改正する法律（昭和六十年法律第四十一号。以下この条において「改正法」という。）による改正前の特許法（以下この条において「旧特許法」という。）第五十三条第四項（旧特許法第百五十九条第一項（旧特許法第百七十四条第一項（改正法による改正前の実用新案法（以下この条において「旧実用新案法」という。）第四十五条において準用する場合を含む。）及び旧実用新案法第四十一条において準用する場合を含む。）、旧特許法第百六十一条の三第一項（旧実用新案法第四十一条において準用する場合を含む。）及び旧実用新案法第十三条において準用する場合を含む。）の規定による特許出願又は実用新案登録出願に係る代理権の証明については、改正後の特許法施行規則第四条の三（実用新案法施行規則第二十三条第一項において準用する場合を含む。）の規定を適用する。この場合において、特許法施行規則第四条の三第一項第三号中「特許法第四十四条第一項の規定による特許出願」とあるのは「特許法第四十四条第一項の規定による特許出願又は特許法等の一部を改正する法律（昭和六十年法律第四十一号）による改正前の特許法（以下この号において「旧特許法」という。）第五十三条第四項（旧特許法第百五十九条第一項（旧特許法第百七十四条第一項において準用する場合を含む。）及び旧特許法第百六十一条の三第一項において準用する場合を含む。）の規定による特許出願」と読み替えるものとする。
平成十二年一月一日前に請求された特許法第百二十一条第一項の審判の手続については、第一条の規定による改正前の特許法施行規則（以下この条において「旧特許法施行規則」という。）の規定（第三条及び第四十八条の二の規定を除く。）は、この省令の施行後も、なおその効力を有する。この場合において、旧特許法施行規則第五十条の七（見出しを含む。）中「通商産業省令」とあるのは、「経済産業省令」とする。
第二条の規定による改正後の特許法施行規則第三十八条の二の二及び第三十八条の二の三（第三条の規定による改正後の実用新案法施行規則第二十三条第六項において準用する場合を含む。）の規定は、この省令の施行後にする国際特許出願又は国際実用新案登録出願について適用し、この省令の施行前にした国際特許出願又は国際実用新案登録出願については、なお従前の例による。