法第四十三条第一項の登録の申請は、別記様式第一号による申請書に手数料に相当する額の収入印紙を貼り付け、農林水産大臣に提出してしなければならない。
2前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。
3第一項の申請書の提出は、独立行政法人農林水産消費安全技術センター（以下「センター」という。）を経由して行うものとする。
改正法の施行の際現に旧法第十六条第二項の規定により農林水産大臣の登録を受けている法人で、改正法附則第五条第一項の規定により格付を行うものの格付に係る検査、格付手数料の額の認可、登録、格付業務規程、帳簿の記載及び格付実績の報告については、旧規則第二十五条から第二十七条まで、第四十九条から第五十一条まで、第五十三条、第五十四条及び第九十六条第一項の規定は、なおその効力を有する。
2改正法附則第五条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされた旧法第二十条第一項の規定により立入検査を行う職員の身分を示す証明書については、旧規則第九十三条の規定は、なおその効力を有する。
3農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律施行令の一部を改正する政令（以下「改正令」という。）附則第五条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされた改正令による改正前の農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律施行令（以下「旧令」という。）第三十条第六項の規定による都道府県知事の報告については、旧規則第九十五条第三項の規定は、なおその効力を有する。
登録認定機関又は登録外国認定機関は、附則第一条第一号に掲げる規定の施行の際現に行っている認定（有機農産物若しくは有機畜産物の生産行程管理者、小分け業者、外国生産行程管理者若しくは外国小分け業者又は指定農林物資の輸入業者（次項において「有機認定事業者」という。）に係るものに限る。）に係る新規則第四十六条第一項第四号イ（新規則第六十五条において準用する場合を含む。）に掲げる事項について、附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日から起算して一年以内に、その事務所において公衆の閲覧に供するほか、インターネットの利用その他の適切な方法により提供するものとする。
2附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日から公表日（登録認定機関又は登録外国認定機関が前項の規定により同項に規定する事項について公衆の閲覧に供した日又はインターネットの利用その他の適切な方法による提供を開始した日のいずれか早い日をいう。）までの間に同項の登録認定機関若しくは登録外国認定機関が同項の認定に係る有機認定事業者に対し新規則第四十六条第一項第三号ニ若しくはホ（新規則第六十五条において準用する場合を含む。）の規定による請求をした場合、当該有機認定事業者が格付に関する業務を廃止した場合又は当該登録認定機関若しくは登録外国認定機関が当該有機認定事業者に係る認定の取消しをした場合における当該登録認定機関又は登録外国認定機関が公衆の閲覧に供し、及びインターネットの利用その他の適切な方法により提供すべき事項並びに農林水産大臣に提出すべき報告書については、新規則第四十六条第一項第四号ロからニまで（新規則第六十五条において準用する場合を含む。）及び第四十七条第二項から第四項まで（新規則第六十六条において準用する場合を含む。）の規定にかかわらず、なお従前の例による。