組合員（第十八条第五項の規定による組合員及び第八十八条第三号若しくは第四号、第九十八条第二号又は第百二条第三号若しくは第四号の規定による会員を除く。）が総組合員（同項の規定による組合員及び第八十八条第三号若しくは第四号、第九十八条第二号又は第百二条第三号若しくは第四号の規定による会員を除く。）の十分の一以上の同意を得て、総会の招集手続、決議の方法又は選挙が法令、法令に基づいてする行政庁の処分又は定款若しくは規約に違反することを理由として、その決議又は選挙若しくは当選決定の日から一月以内に、その決議又は選挙若しくは当選の取消しを請求した場合において、行政庁は、その違反の事実があると認めるときは、当該決議又は選挙若しくは当選を取り消すことができる。
2前項の規定は、創立総会の場合にこれを準用する。
3前二項の規定による処分については、行政手続法（平成五年法律第八十八号）第三章（第十二条及び第十四条を除く。）の規定は、適用しない。
新水協法第八十七条の三第一項（新水協法第百条第一項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定は、この法律の施行の際現に新水協法第八十七条の三第一項に規定する子会社対象会社以外の会社を子会社（新水協法第九十二条第一項又は第百条第一項において準用する新水協法第十一条の五第二項に規定する子会社をいう。以下この条において同じ。）としている新水協法第八十七条第一項第二号の事業を行う漁業協同組合連合会又は新水協法第九十七条第一項第二号の事業を行う水産加工業協同組合連合会（以下この条において「漁業協同組合連合会等」という。）の当該会社については、当該漁業協同組合連合会等が施行日から起算して三月を経過する日までにその旨を行政庁に届け出たときは、施行日から起算して一年を経過する日までの間は、適用しない。
2前項の漁業協同組合連合会等は、同項の届出に係る子会社対象会社以外の会社が子会社でなくなったときは、遅滞なく、その旨を行政庁に届け出なければならない。
3施行日前に、第十八条の規定による改正前の水産業協同組合法（以下「旧水協法」という。）第八十七条の四第一項（旧水協法第百条第一項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定により行政庁がした認可、当該認可に付した条件又は当該認可に係る申請は、新水協法第八十七条の三第三項（新水協法第百条第一項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定により行政庁がした認可、当該認可に付した条件又は当該認可に係る申請とみなす。
4この法律の施行の際現に漁業協同組合連合会等が新水協法第八十七条の三第三項に規定する認可対象会社（当該漁業協同組合連合会等が旧水協法第八十七条の四第一項の認可を受けて株式を所有している会社を除く。次項において同じ。）を子会社としている場合には、当該漁業協同組合連合会等は、施行日から起算して三月を経過する日までにその旨を行政庁に届け出なければならない。
5前項の規定による届出をした漁業協同組合連合会等は、当該届出に係る認可対象会社を子会社とすることにつき、施行日において新水協法第八十七条の三第三項の認可を受けたものとみなす。
6新水協法第八十七条の四第一項（新水協法第百条第一項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定は、この法律の施行の際現に国内の会社（新水協法第八十七条の四第一項に規定する国内の会社をいう。）の株式等（新水協法第九十二条第一項又は第百条第一項において準用する新水協法第十一条の五第二項に規定する株式等をいう。以下この項において同じ。）を合算してその基準株式数等（新水協法第八十七条の四第一項に規定する基準株式数等をいう。以下この項において同じ。）を超えて所有している漁業協同組合連合会等又はその子会社による当該国内の会社の株式等の所有については、当該漁業協同組合連合会等が施行日から起算して三月を経過する日までにその旨を行政庁に届け出たときは、施行日から起算して一年を経過する日までの間は、適用しない。この場合において、同日後は、当該国内の会社の株式等の所有については、当該漁業協同組合連合会等又はその子会社が同日において同条第二項（新水協法第百条第一項において準用する場合を含む。）において準用する新水協法第十七条の三第二項本文に規定する事由により当該国内の会社の株式等を合算してその基準株式数等を超えて取得したものとみなして、新水協法第八十七条の四（新水協法第百条第一項において準用する場合を含む。）の規定を適用する。