法第十六条の規定による負担金は、次の各号に掲げる場合に応じて、保険料国庫負担金のうち当該各号に定める金額を、全国連合会に交付するのに代えて、全国連合会が政府に支払うべき再保険料の全部又は一部に充てて、食料安定供給特別会計の再保険料収入に計上する。
農業共済組合、都道府県連合会及び共済事業を行う市町村（以下この条において「農業共済組合等」という。）については、第三十条（第六十七条において準用する場合を含む。次項において同じ。）の規定は、平成三十一年四月一日以後に開始する事業年度（共済事業を行う市町村にあっては、会計年度。以下この条において同じ。）に係る不足金塡補準備金の積立てから適用し、同日前に開始した事業年度に係る不足金塡補準備金の積立てについては、なお従前の例による。
2農業共済組合等の令和四年四月一日前に開始した事業年度についての第三十条の規定の適用については、同条中「第二十七条第一項第一号から第七号まで及び同条第二項第二号に掲げる勘定ごと」とあるのは、「第二十七条第一項第一号（共済事業を行う市町村にあっては、令第十六条第一号）に掲げる勘定にあっては共済目的の種類ごと、同項第二号及び第五号から第七号まで（共済事業を行う市町村にあっては、令第十六条第二号及び第五号）に掲げる勘定にあっては当該勘定ごと、同項第三号（共済事業を行う市町村にあっては、令第十六条第三号）に掲げる勘定にあってはこの省令による改正前の農業災害補償法施行規則（以下「旧規則」という。）第十九条第一項第三号に規定する果樹区分（特定組合にあっては同条第三項第一号に規定する果樹共済保険区分、都道府県連合会にあっては同条第五項第一号に規定する果樹共済再保険区分）ごと、第二十七条第一項第四号（共済事業を行う市町村にあっては、令第十六条第四号）に掲げる勘定にあっては旧規則第十九条第一項第四号に規定する畑作物区分（特定組合にあっては農業災害補償法の一部を改正する法律による改正前の農業災害補償法（昭和二十二年法律第百八十五号）第百四十一条の四第四項に規定する畑作物共済保険区分、都道府県連合会にあっては同法第百三十四条第三項に規定する畑作物共済再保険区分）ごと」とする。
3農業共済組合等については、第三十一条から第三十三条まで（これらの規定を第六十七条において準用する場合を含む。）の規定は、令和四年四月一日以後に開始する事業年度に係る特別積立金の積立て及び取崩しから適用し、同日前に開始した事業年度に係る特別積立金の積立て及び取崩しについては、なお従前の例による。この場合において、旧規則第二十三条の二第一項及び第六項並びに第二十四条第一項の規定の適用については、旧規則第二十三条の二第一項中「次に」とあるのは「第一号から第四号までに」と、同項第四号及び同条第六項中「法第百二条」とあるのは「農業災害補償法の一部を改正する法律（平成二十九年法律第七十四号。以下「改正法」という。）附則第十条第一項」と、旧規則第二十四条第一項中「法第百二条」とあるのは「改正法附則第十条第一項」とする。
4農業共済組合等は、平成三十一年四月一日に開始する事業年度において、第二十七条第一項第八号（共済事業を行う市町村にあっては、令第十六条第六号）に掲げる勘定に繰り入れるため、同項第二号（共済事業を行う市町村にあっては、令第十六条第二号）に掲げる勘定に係る不足金塡補準備金及び特別積立金（これらのうち、法第百二十八条第一項の施設に係る部分の金額に限る。）を取り崩すことができる。