（登録免許税の特例に関する経過措置）
附則新法第三十九条の規定は、同条第一項に規定する被災者等（以下第四項までにおいて「被災者等」という。）が施行日の翌日以後に受ける同条第一項に規定する代替建物の所有権の保存若しくは移転又は同条第二項に規定する当該代替建物を目的とする抵当権の設定の登記に係る登録免許税について適用する。この場合において、当該代替建物の新築又は取得が同日前であるときにおける同条の規定の適用については、同条第一項中「当該代替建物の新築又は取得後」とあるのは、「東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十九号）の施行の日の翌日以後」とする。
2新法第三十九条の規定は、被災者等が平成二十三年三月十一日から施行日までの間に同条第一項に規定する代替建物の新築又は取得をした場合において、当該期間内に受けたその所有権の保存若しくは移転又は同条第二項に規定する当該代替建物を目的とする抵当権の設定の登記（この法律による改正前の東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（第四項及び附則第十九条において「旧法」という。）第三十九条第一項又は第二項の規定の適用を受けたものを除く。）に係る登録免許税について準用する。この場合において、新法第三十九条第一項中「については、財務省令で定めるところによりこの法律の施行の日の翌日から令和三年三月三十一日までの間（当該対象区域内に所在していた滅失建物等の代替建物の所有権の保存又は移転の登記にあっては、当該代替建物の新築又は取得後一年以内）に受けるものに限り」とあるのは「のうち平成二十三年三月十一日から東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十九号）の施行の日までの間に受けたものについては」と、同条第二項中「受ける」とあるのは「受けた」と、「行われる」とあるのは「行われた」と読み替えるものとする。
3新法第四十条の規定は、被災者等が施行日の翌日以後に受ける同条第一項に規定する被災代替建物の敷地の用に供される土地の所有権の移転若しくは地上権若しくは賃借権の設定若しくは移転又は同条第二項に規定する当該土地を目的とする抵当権の設定の登記に係る登録免許税について適用する。この場合において、当該土地の所有権又は地上権若しくは賃借権の取得が同日前であるときにおける同条の規定の適用については、同条第一項中「当該土地の所有権又は地上権若しくは賃借権の取得後」とあるのは、「東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十九号）の施行の日の翌日以後」とする。
4新法第四十条の規定は、被災者等が平成二十三年三月十一日から施行日までの間に同条第一項に規定する被災代替建物の敷地の用に供される土地の所有権又は地上権若しくは賃借権の取得をした場合において、当該期間内に受けたその所有権の移転若しくは地上権若しくは賃借権の設定若しくは移転又は同条第二項に規定する当該土地を目的とする抵当権の設定の登記（旧法第四十条第一項又は第二項の規定の適用を受けたものを除く。）に係る登録免許税について準用する。この場合において、新法第四十条第一項中「については、財務省令で定めるところによりこの法律の施行の日の翌日から令和三年三月三十一日までの間（同条第一項の対象区域内に所在していた滅失建物等の被災代替建物の敷地の用に供される土地の所有権の移転又は地上権若しくは賃借権の設定若しくは移転の登記にあっては、当該土地の所有権又は地上権若しくは賃借権の取得後一年以内）に受けるものに限り」とあるのは「のうち平成二十三年三月十一日から東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十九号）の施行の日までの間に受けたものについては」と、同条第二項中「受ける」とあるのは「受けた」と、「行われる」とあるのは「行われた」と読み替えるものとする。
5新法第四十条の二の規定は、同条第一項に規定する東日本大震災の被災者（農業を営む者に限る。）であって政令で定めるもの又はその者の相続人その他の政令で定める者（次項において「被災者等」という。）が施行日の翌日以後に受ける同条第一項に規定する被災農用地に代わるものとして取得をした農用地（農業経営基盤強化促進法（昭和五十五年法律第六十五号）第四条第一項第一号に規定する農用地をいう。以下この項及び次項において同じ。）の所有権の移転又は新法第四十条の二第二項に規定する当該農用地を目的とする抵当権の設定の登記に係る登録免許税について適用する。この場合において、当該農用地の取得が同日前であるときにおける同条の規定の適用については、同条第一項中「当該農用地の取得後」とあるのは、「同法の施行の日の翌日以後」とする。
6新法第四十条の二の規定は、被災者等が平成二十三年三月十一日から施行日までの間に同条第一項に規定する被災農用地に代わるものとして農用地の取得をした場合において、当該期間内に受けたその所有権の移転又は同条第二項に規定する当該農用地を目的とする抵当権の設定の登記に係る登録免許税について準用する。この場合において、同条第一項中「については、財務省令で定めるところにより東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十九号）の施行の日の翌日から令和三年三月三十一日までの間（当該対象区域内に所在していた被災農用地に代わる農用地の所有権の移転の登記にあっては、当該農用地の取得後一年以内）に受けるものに限り」とあるのは「のうち平成二十三年三月十一日から東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十九号）の施行の日までの間に受けたものについては」と、同条第二項中「受ける」とあるのは「受けた」と、「行われる」とあるのは「行われた」と読み替えるものとする。
7新法第四十一条の三の規定は、同条に規定する東日本大震災の被災者であって政令で定めるもの又はその者の相続人その他の政令で定める者（次項において「被災者等」という。）が施行日の翌日以後に同条各号に掲げる場合において当該各号に定める事項について受ける登記に係る登録免許税について適用する。
8新法第四十一条の三の規定は、被災者等が平成二十三年三月十一日から施行日までの間に同条各号に掲げる場合において当該各号に定める事項について受けた登記に係る登録免許税について準用する。この場合において、同条中「東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十九号）の施行の日の翌日から令和三年三月三十一日まで」とあるのは「平成二十三年三月十一日から東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十九号）の施行の日まで」と、「財務省令で定めるところにより登記を受ける」とあるのは「登記を受けた」と、同条第一号イ中「行われる」とあるのは「行われた」と読み替えるものとする。