第二条
法第八条の六第一項の割当て（以下「一項割当て」という。）を受けようとする者は、別表第一の各項の中欄に掲げる経済連携協定（法第七条の三第一項ただし書に規定する経済連携協定をいう。以下同じ。）の規定により一項割当ての対象となる当該各項の下欄に掲げる物品について、農林水産大臣に申請書（以下「関税割当申請書」という。）を提出しなければならない。
2法第八条の六第二項の割当て（以下「二項割当て」という。）を受けようとする者は、別表第三の各項の中欄に掲げる経済連携協定の規定により二項割当ての対象となる当該各項の下欄に掲げる物品については農林水産大臣、別表第四の上欄に掲げる経済連携協定の規定により二項割当ての対象となる同表の下欄に掲げる物品については経済産業大臣に関税割当申請書を提出しなければならない。
3前項の関税割当申請書を提出する場合には、当該関税割当申請書に係る輸出国証明書（経済連携協定の我が国以外の締約国（固有の関税及び貿易に関する制度を有する地域を含む。）が発給する法第八条の六第二項に規定する証明書をいう。以下同じ。）を当該関税割当申請書に添付しなければならない。
4輸出国証明書は、前項に規定する締約国において輸出国証明書の発給につき権限を有する機関が発給したものでなければならない。
5農林水産大臣は、第一項の関税割当申請書の提出があった場合には、別表第一の各項の中欄に掲げる経済連携協定の規定により一項割当ての対象となる当該各項の下欄に掲げる物品について、当該物品に係る経済連携協定において定められている関税割当数量（経済連携協定において関税の譲許が一定の数量を限度として定められている場合における当該一定の数量をいう。次項において同じ。）の範囲内で、次の事項を考慮して、一項割当てを行うものとする。
- 一その使用及び輸入の実績
- 二その使用に関する計画
- 三その輸入が国民経済上有効であり、かつ、適切であること。
- 四その割当てが不当に差別的でないこと。
6農林水産大臣又は経済産業大臣は、第二項の関税割当申請書の提出があった場合には、別表第三の各項の中欄に掲げる経済連携協定の規定により二項割当ての対象となる当該各項の下欄に掲げる物品又は別表第四の上欄に掲げる経済連携協定の規定により二項割当ての対象となる同表の下欄に掲げる物品について、当該物品に係る経済連携協定において定められている関税割当数量の範囲内で、輸出国証明書に基づいて、二項割当てを行うものとする。
7一項割当て及び二項割当ては、当該割当てを行った数量を記載した証明書（以下「関税割当証明書」という。）を発給して行うものとする。
8関税割当証明書の有効期間は、その交付の日からその日の属する年度の末日までとする。
9前各項に規定するもののほか、関税割当申請書及び関税割当証明書の様式その他一項割当て及び二項割当てに関し必要な事項は、農林水産省令又は経済産業省令で定める。
10財務大臣は、別表第一の八の項の中欄に掲げる経済連携協定の規定により一項割当ての対象となる同項（三）、（六）及び（九）に掲げる物品、同表の九の項の中欄に掲げる経済連携協定の規定により一項割当ての対象となる同項（九）及び（二六）に掲げる物品並びに同表の十の項の中欄に掲げる経済連携協定の規定により一項割当ての対象となる同項（二）、（七）及び（一三）に掲げる物品について、当該物品に係る経済連携協定の関税割当てに関する規定の実施に関して必要があると認めるときは、農林水産大臣に対し、必要な説明を求め、及び意見を述べることができる。
11別表第一の九の項の中欄に掲げる経済連携協定の規定により一項割当ての対象となる同項（九）に掲げる物品及び同表の十の項の中欄に掲げる経済連携協定の効力発生の日の属する年度の初日から起算して十七年を経過した日以後に当該経済連携協定の規定により一項割当ての対象となる同項（五）に掲げる物品に係る第五項の規定の適用については、同項中「当該一定の数量」とあるのは、「当該一定の数量として農林水産省令で定める数量」とする。