機構は、通則法第三十五条の五第一項前段の規定により中長期計画（特定業務に係るものを除く。以下この条、第四条第一項、第五条第一項及び第六条第一項において単に「中長期計画」という。）の認可を受けようとするときは、中長期計画を記載した申請書を、当該中長期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに、総務大臣に提出しなければならない。
2機構は、通則法第三十五条の五第一項後段の規定により中長期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を総務大臣に提出しなければならない。
機構に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、第一条の三各号に掲げるもののほか、機構が機構法附則第八条第一項に規定する業務を行う場合には、当該業務に関する事項とする。
通則法改正法附則第八条第一項の規定により通則法改正法による改正前の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標が通則法改正法による改正後の独立行政法人通則法第三十五条の四第一項の規定により指示した同項の中長期目標とみなされる場合における第一条の規定による改正後の国立研究開発法人情報通信研究機構の業務（特定業務を除く。）の運営及び人事管理に関する省令第五条第一項の規定の適用については、同項の表事業年度における業務（特定業務を除く。）の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書の項中「通則法第三十五条の四第二項第二号に」とあるのは「独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（以下この表において「旧通則法」という。）第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から第五号」と、同表中長期目標の期間の終了時に見込まれる中長期目標の期間における業務（特定業務を除く。）の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書の項及び中長期目標の期間における業務（特定業務を除く。）の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書の項中「通則法第三十五条の四第二項第二号に」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から第五号」とする。