機構の資本金は、附則第二条第四項並びに第三条第四項及び第五項の規定により政府から出資があったものとされた金額並びに同条第四項の規定により株式会社日本政策投資銀行法（平成十九年法律第八十五号）附則第十五条第一項の規定による解散前の日本政策投資銀行（以下「旧日本政策投資銀行」という。）から出資があったものとされた金額の合計額とする。
2政府は、必要があると認めるときは、予算で定める金額の範囲内において、機構に追加して出資することができる。
3機構は、前項の規定による政府の出資があったときは、その出資額により資本金を増加するものとする。
附則第二条第一項又は第三条第一項の規定により機構が承継する次の各号に掲げる長期借入金又は債券に係る債務について政府がした当該各号に掲げる保証契約は、その承継後においても、当該長期借入金又は債券に係る債務について従前の条件により存続するものとする。
2前項の鉄道建設債券及び鉄道整備基金債券並びに運輸施設整備事業団債券及び船舶整備債券は、第十九条第二項及び第三項の規定の適用については、同条第一項の規定による機構債券とみなす。
3附則第二条第一項又は第三条第一項の規定により機構が承継する債務に係る次に掲げる長期借入金及び債券は、第二十一条の規定の適用については、それぞれ、同条の長期借入金及び機構債券とみなす。
4日本国有鉄道改革法等施行法（昭和六十一年法律第九十三号）第三十六条第二項の規定は、附則第二条第一項の規定による公団の解散の際現にその職員として在職する者（旧債務等処理法附則第二十五条の規定による改正前の日本国有鉄道改革法等施行法第三十六条第一項の規定の適用を受けた者であって、旧債務等処理法附則第二条第一項の規定による日本国有鉄道清算事業団の解散の際現にその職員として在籍し、かつ、引き続き公団の職員となったものに限る。）で引き続き機構の職員となったものが機構を退職する場合における退職手当の支給について準用する。この場合において、日本国有鉄道改革法等施行法第三十六条第二項中「清算事業団」とあるのは、「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構」と読み替えるものとする。
5日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）第二十三条第七項の規定は、附則第三条第一項の規定による事業団の解散の際現にその職員として在職する者（譲渡法附則第十九条の規定による改正前の日本国有鉄道改革法（附則第十一条において「改正前改革法」という。）第二十三条第六項の規定の適用を受けた者であって、保有機構の解散の際現にその職員として在籍し、かつ、引き続き基金の職員となり、さらに、基金の解散の際現にその職員として在籍し、かつ、引き続き事業団の職員となったものに限る。）で引き続き機構の職員となったものが機構を退職する場合における退職手当の支給について準用する。この場合において、日本国有鉄道改革法第二十三条第七項中「承継法人」とあり、及び「当該承継法人」とあるのは、「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構」と読み替えるものとする。