第四条
環境大臣は、都道府県知事の申出に基づき、水道水源水域のうち、その水質の汚濁の状況、その水を水道原水として利用する水道水の水質の状況、水道事業者が講ずる特定水道利水障害を防止するための措置その他の事情からみてその水を水道原水として利用する水道水において特定水道利水障害が生ずるおそれがあると認められるものであって、水道事業者がその水質の汚濁の状況に応じた措置を講ずることにより特定水道利水障害を防止することが困難であり、かつ、特定水道利水障害を防止するため水質の保全に関する施策を総合的かつ計画的に講ずる必要があると認められるものを指定水域として指定し、及び指定水域の水質の汚濁に関係があると認められる地域を指定地域として指定することができる。
2水道事業者は、水道水源水域の水質の汚濁によりその供給する水道水において特定水道利水障害が生ずるおそれがあると認められる場合において、その水質の汚濁の状況に応じた措置を講ずることにより特定水道利水障害を防止することが困難であるときは、環境省令で定めるところにより、その水道水源水域に係る水道原水の取水地点をその区域に含む都道府県の知事に対し、前項の申出をするよう要請することができる。
3水道事業者が特定水道利水障害に関し水道原水水質保全事業の実施の促進に関する法律（平成六年法律第八号）第四条第一項の規定による要請をしたときは、その水道事業者は、前項の規定による要請をしたものとみなす。この場合において、同条第一項の規定による要請を受けた都府県が前項の都府県と異なるときは、その要請を受けた都府県の知事は、その旨を同項の都府県の知事に対し通知しなければならない。
4環境大臣は、第一項の規定による指定をしようとするときは、その指定に係る水域又は地域を管轄する都道府県知事（同項の申出をした都道府県知事を除く。）の意見を聴かなければならない。
5都道府県知事は、第一項の申出をし、又は前項の意見を述べようとするときは、関係市町村長の意見を聴くとともに、その申出又は意見に係る水道水源水域の水を水道原水として利用する水道事業者（第二項の規定による要請をした水道事業者を除く。）がその水道水源水域の水質の汚濁の状況に応じた措置を講ずることにより特定水道利水障害を防止することが困難であるかどうかについて、環境省令で定めるところにより、その水道事業者の意見を聴かなければならない。
6環境大臣が第一項の規定による指定をするには、閣議の決定を経なければならない。
7環境大臣は、第一項の規定による指定をするときは、その旨を官報で公示しなければならない。
8第一項の規定による指定の変更又は解除は、都道府県知事の申出に基づき行うものとする。この場合において、都道府県知事は、事情の変化により同項の規定による指定の変更又は解除の必要が生じたと認めるときは、その旨の申出をしなければならない。
9第二項から第七項までの規定は第一項の規定による指定の変更について、第四項から第七項までの規定は第一項の規定による指定の解除について準用する。この場合において、第二項中「前項の申出」とあり、第四項中「同項の申出」とあるのは「第八項の申出」と、第五項中「水道事業者（第二項の規定による要請をした水道事業者を除く。）」とあるのは第一項の規定による指定の解除については「水道事業者」と読み替えるものとする。