市町村長が前条第二項の規定による勧告をした場合において、その勧告に係る協議が調わず、又は協議をすることができないときは、同項の指定を受けた者は、その勧告があつた日から起算して二箇月以内に、農林水産省令で定めるところにより、都道府県知事に対し、その協議に係る所有権の移転又は使用及び収益を目的とする権利の設定若しくは移転につき必要な調停をなすべき旨を当該市町村長を経由して申請することができる。
2都道府県知事は、前項の規定による申請があつたときは、すみやかに調停を行なうものとする。
3都道府県知事は、第一項の調停を行なう場合には、当事者の意見をきくとともに、関係市町村長に対し助言、資料の提供その他必要な協力を求めて、調停案を作成しなければならない。
4都道府県知事は、前項の規定により調停案を作成したときは、これを当事者に示してその受諾を勧告するものとする。
附則第二条から前条までに定めるもののほか、この法律の施行に関して必要な経過措置は、政令で定める。
この法律の施行前に旧農振法第三条の二又は第三条の三の規定により定められ、又は変更された農用地等の確保等に関する基本指針は、施行日から起算して六月を経過する日（その日までに第三条の規定による改正後の農業振興地域の整備に関する法律（以下「新農振法」という。）第三条の二又は第三条の三の規定により定められ、又は変更されたときは、その定められ、又は変更された日）までの間は、新農振法第三条の二又は第三条の三の規定により定められ、又は変更された農用地等の確保等に関する基本指針とみなす。
2この法律の施行前に旧農振法第四条又は第五条の規定により定められ、又は変更された農業振興地域整備基本方針は、施行日から、新農振法第三条の二又は第三条の三の規定により農用地等の確保等に関する基本指針が定められ、又は変更された日から起算して六月を経過する日（その日までに新農振法第四条又は第五条の規定により農業振興地域整備基本方針が定められ、又は変更されたときは、その定められ、又は変更された日）までの間は、新農振法第四条又は第五条の規定により定められ、又は変更された農業振興地域整備基本方針とみなす。
3新農振法第五条の二の規定は、新農振法第四条又は第五条の規定により農業振興地域整備基本方針が定められ、又は変更された日の属する年の翌年以後の年に係る達成状況について適用する。
政府は、この法律の施行後五年を目途として、この法律による改正後のそれぞれの法律の施行の状況を勘案し、必要があると認めるときは、これらの法律の規定について検討を加え、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとする。