法第二十九条第一項（棚卸資産の売上原価等の計算及びその評価の方法）に規定する評価の方法を選定しなかつた場合又は選定した方法により評価しなかつた場合における政令で定める方法は、第二十八条第一項第一号ホ（棚卸資産の評価の方法）に掲げる最終仕入原価法により算出した取得価額による原価法とする。
2税務署長は、内国法人が棚卸資産につき選定した評価の方法（評価の方法を届け出なかつた内国法人がよるべきこととされている前項に規定する評価の方法を含む。）により評価しなかつた場合において、その内国法人が行つた評価の方法が第二十八条第一項に規定する評価の方法のうちいずれかの方法に該当し、かつ、その行つた評価の方法によつてもその内国法人の各事業年度の所得の金額の計算を適正に行うことができると認めるときは、その行つた評価の方法により計算した各事業年度の所得の金額を基礎として更正又は決定（国税通則法第二十五条（決定）の規定による決定をいう。）をすることができる。
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に行われる株式移転に係る旧令第百五十五条の十九第四項及び第五項（みなし連結欠損金額の帰属連結事業年度等）の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
前条の規定による改正後の法人税法施行令等の一部を改正する政令附則第五条第三項から第五項まで、第七項及び第十項（退職給与引当金に関する経過措置）の規定は、平成二十二年十月一日以後に行われる分割について適用し、同日前に行われた分割及び事後設立（十月旧法第二条第十二号の六（定義）に規定する事後設立をいう。）については、なお従前の例による。
新法人税法施行令第百三十六条の二第一項の規定の適用については、当該事業年度が同項に規定する償還の日の属する事業年度である場合には、同項に規定する計算した金額には、同項に規定する前事業年度までの各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額又は損金の額に算入された金額を含まないものとする。
2新法人税法施行令第百三十六条の二第三項の規定の適用については、当該事業年度が同項に規定する償還の日の属する事業年度である場合には、同項に規定する計算した金額には、当該事業年度前の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額又は損金の額に算入された金額（同項に規定する金銭債務につき同項の被合併法人等の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額又は損金の額に算入された金額を含む。）を含まないものとする。