再調査の請求についての決定若しくは審査請求についての裁決又は判決により、前条第一項の規定による納税地の指定の処分の取消しがあつた場合においても、その処分の取消しは、その取消しの対象となつた処分のあつた時からその取消しの時までの間に、その取消しの対象となつた納税地をその処分に係る法人の法人税の納税地としてその法人税に関してされた申告、申請、請求、届出その他書類の提出及び納付並びに国税庁長官、国税局長又は税務署長の処分（その取消しの対象となつた処分を除く。）の効力に影響を及ぼさないものとする。
施行日前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる法人税に係る同日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
内国法人である普通法人又は新法人税法第二条第七号に規定する協同組合等の昭和六十四年四月一日から昭和六十五年三月三十一日までの間の解散による清算所得の金額の計算に係る新法人税法第九十三条第二項第二号の規定の適用については、同号中「百分の八十」とあるのは、「百分の九十」とする。
2旧法人税法第六十九条第一項から第三項までの規定の適用を受けた後に還付された旧法人税法第九十三条第二項第三号に掲げる外国法人税の額については、なお従前の例による。
新法人税法第八十一条の十五第五項から第七項までの規定は、施行日以後に適格組織再編成（附則第十三条に規定する適格組織再編成をいう。以下この条において同じ。）が行われる場合について適用し、施行日前に適格組織再編成が行われた場合については、旧法人税法第六十九条第四項及び第五項の規定の例による。
新法人税法第六十四条の規定は、法人が施行日以後に開始する事業年度において着手する同条第一項に規定する工事（経過措置工事を除く。）について適用し、法人が施行日前に開始した事業年度において着手した旧法人税法第六十四条第一項に規定する工事（経過措置工事を含む。）については、なお従前の例による。
2前項に規定する経過措置工事とは、施行日から平成二十一年三月三十一日までの間に開始する各事業年度において、法人が請負をする工事（新法人税法第六十四条第一項に規定する工事をいう。）で当該事業年度に着手するもの（当該事業年度中にその目的物の引渡しが行われるものを除く。以下この項において「着手工事」という。）のうち当該事業年度終了の時において同条第一項に規定する長期大規模工事に該当するもの（当該終了の時において旧法人税法第六十四条第一項に規定する長期大規模工事に該当するもの及びその進行の割合が低いものとして政令で定めるものを除く。）のいずれかについて当該事業年度の確定した決算（新法人税法第七十二条第一項第一号に掲げる金額を計算する場合にあっては、同項に規定する期間に係る決算）において新法人税法第六十四条第二項に規定する政令で定める工事進行基準の方法により経理しない場合における当該着手工事をいう。
新法人税法第百三十四条の二（第四項に係る部分を除く。）の規定は、施行日以後にされる更正に係る同条第一項に規定する仮装経理法人税額について適用し、施行日前にされた旧法人税法第百三十四条の二第一項又は第二項に規定する更正に係る旧法人税法第七十条第一項又は第八十一条の十六第一項（同条第二項において準用する場合を含む。）の規定により控除することができる金額については、なお従前の例による。
2新法人税法第百三十四条の二（第四項に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に生ずる同項各号に掲げる事実について適用する。この場合において、施行日前にされた更正により減少した法人税の額について同条（同項に係る部分に限る。）の規定を適用するときは、同項中「適用法人につき」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号）第二条（法人税法の一部改正）の規定による改正前の法人税法（以下この項において「旧法人税法」という。）第七十条第一項（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の控除）又は第八十一条の十六第一項（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の連結事業年度における控除）（同条第二項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定の適用がある内国法人（以下この条において「適用法人」という。）につき」と、「仮装経理法人税額（既に前二項又は第七項の規定により還付されるべきこととなつた金額及び第七十条又は第八十一条の十六の規定により控除された金額を除く。第六項及び第七項において同じ。）」とあるのは「旧法人税法第七十条第一項又は第八十一条の十六第一項の規定により控除することができる金額（既に第七項の規定により還付されるべきこととなつた金額及び旧法人税法第七十条第一項又は第八十一条の十六第一項の規定により控除された金額を除く。第六項及び第七項において「仮装経理法人税額」という。）」とする。
十月新法人税法第五十七条第八項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、同項に規定する内国法人の同号に規定する合併の日が平成二十二年十月一日以後の日（施行日前に開始した連結親法人事業年度（十月旧法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下附則第二十九条までにおいて同じ。）の同年十月一日以後の期間内の日を除く。）である場合又は十月新法人税法第五十七条第八項に規定する内国法人（同年十月一日以後に解散するものに限る。）の残余財産の確定の日が同年十月一日以後の日である場合の同号に定める欠損金額について適用し、十月旧法人税法第五十七条第九項に規定する内国法人の同項第二号に規定する合併の日が同年十月一日前の日（施行日前に開始した連結親法人事業年度の同年十月一日以後の期間内の日を含む。）である場合の同号に定める欠損金額については、なお従前の例による。
2十月新法人税法第五十七条第八項に規定する内国法人（平成二十二年十月一日以後に解散するものに限る。）の残余財産の確定の日が施行日前に開始した連結親法人事業年度の同年十月一日から当該連結親法人事業年度終了の日の前日までの期間内の日である場合における同項（第一号に係る部分に限る。）の規定の適用については、同号中「第八十一条の九第二項第一号に規定する特定連結子法人」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十二年法律第六号）附則第二十六条第四項（連結欠損金の繰越しに関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の法人税法第八十一条の九第二項第二号（連結欠損金の繰越し）に規定する連結子法人」とする。
3法人が施行日前に開始した連結親法人事業年度の期間（施行日以後に開始する連結親法人事業年度の平成二十二年九月三十日以前の期間を含む。）内に十月旧法人税法第五十七条第十項各号に規定する場合に該当した場合の当該各号に掲げる欠損金額については、なお従前の例による。
連結法人の平成二十四年四月一日から平成二十七年三月三十一日までの間に開始する各連結事業年度の連結所得の金額の計算については、新法人税法第八十一条の三第一項中「（各事業年度の所得の金額の計算）の規定」とあるのは、「（各事業年度の所得の金額の計算）及び経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十四号）附則第十三条第一項（貸倒引当金に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の法人税法第五十二条（貸倒引当金）の規定」とする。
2連結法人の連結事業年度の期間を新法人税法第二十二条第一項の事業年度として附則第十三条第四項又は第五項の規定により当該事業年度の所得の金額を計算するものとした場合に益金の額となる金額は、新法人税法第八十一条の三第一項に規定する個別益金額に含まれるものとする。
3第一項の場合において、所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）第十条の規定による改正後の租税特別措置法第六十八条の四十三の三第九項及び第六十八条の六十一第十三項の規定の適用については、これらの規定中「法人税法」とあるのは「経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十四号。以下この項において「改正法」という。）附則第十九条第一項の規定により読み替えられた法人税法」と、「同法」とあるのは「改正法附則第十三条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第二条の規定による改正前の法人税法」とする。
新法人税法第六十二条の八第四項及び第七項の規定は、施行日以後に行われる同条第一項に規定する非適格合併等について適用し、施行日前に行われた旧法人税法第六十二条の八第一項に規定する非適格合併等については、なお従前の例による。
この附則に別段の定めがあるものを除き、第二条の規定による改正後の法人税法（以下「新法人税法」という。）の規定は、法人（人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の施行日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
法人が改正事業年度（施行日以後最初に終了する事業年度をいう。以下この項において同じ。）前の事業年度において暗号資産（資金決済に関する法律（平成二十一年法律第五十九号）第二条第五項に規定する暗号資産をいう。以下この条において同じ。）の譲渡に係る契約をし、かつ、改正事業年度以後の事業年度においてその暗号資産の引渡しをする場合におけるその譲渡に係る法人税法第六十一条第一項に規定する譲渡利益額又は譲渡損失額は、同項の規定にかかわらず、その引渡しの日の属する事業年度の益金の額又は損金の額に算入する。ただし、改正事業年度前の事業年度においてその譲渡に係る契約をし、かつ、その契約をした日の属する事業年度においてその譲渡に係る同項に規定する譲渡利益額又は譲渡損失額に相当する金額を益金の額又は損金の額に算入したものについては、この限りでない。
2新法人税法第六十一条第四項（仮想通貨に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する適格分割等（次項において「適格分割等」という。）について適用する。
3法人が有する法人税法第六十一条第二項に規定する短期売買商品等に該当する暗号資産のうち、施行日前に開始し、かつ、施行日以後に終了する事業年度（以下この項及び第五項において「経過事業年度」という。）終了の時において有するもの又は経過事業年度の施行日以後の期間内に行われた適格分割等により分割承継法人、被現物出資法人若しくは被現物分配法人に移転したものがある場合において、これらの暗号資産のいずれについても、当該経過事業年度の確定した決算（同法第七十二条第一項又は第百四十四条の四第一項若しくは第二項に規定する期間について同法第七十二条第一項各号又は第百四十四条の四第一項各号若しくは第二項各号に掲げる事項を記載した中間申告書を提出する場合には、その期間に係る決算。第五項において同じ。）において同法第六十一条第三項に規定する評価益又は評価損を収益又は損失として経理していないとき（当該適格分割等により移転した暗号資産にあっては、同条第四項に規定する評価益又は評価損に相当する金額を収益の額又は損失の額としていないとき）は、当該経過事業年度については、当該法人が有する同条第二項に規定する短期売買商品等に該当する暗号資産は同項に規定する短期売買商品等に該当しないものとして、同条並びに同法第六十一条の六及び第六十一条の八の規定を適用することができる。
4新法人税法第六十一条第八項の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する適格分割等（次項において「適格分割等」という。）について適用する。
5法人が行った法人税法第六十一条第七項に規定する暗号資産信用取引（以下この項において「暗号資産信用取引」という。）のうち、経過事業年度終了の時において決済されていないもの又は経過事業年度の施行日以後の期間内に行われた適格分割等により分割承継法人若しくは被現物出資法人にその契約を移転したものがある場合において、これらの取引のいずれについても、当該経過事業年度の確定した決算において同条第七項に規定するみなし決済損益額を収益又は損失として経理していないとき（当該適格分割等により移転した契約に係る暗号資産信用取引にあっては、同条第八項に規定するみなし決済損益額に相当する金額を収益の額又は損失の額としていないとき）は、当該経過事業年度については、同条第七項から第九項までの規定を適用しないことができる。
第三条の規定による改正後の法人税法第五十四条第一項の規定は、法人が附則第一条第七号に定める日以後にその交付に係る決議（当該決議が行われない場合には、その交付）をする同項に規定する特定譲渡制限付株式及び当該特定譲渡制限付株式に係る同項に規定する承継譲渡制限付株式について適用し、法人が同日前にその交付に係る決議（当該決議が行われない場合には、その交付）をした第三条の規定による改正前の法人税法第五十四条第一項に規定する特定譲渡制限付株式及び当該特定譲渡制限付株式に係る同項に規定する承継譲渡制限付株式については、なお従前の例による。
令和八年新法人税法第百五十条の三の規定は、令和八年四月一日以後に開始する対象会計年度に係る同条第一項に規定するグループ国際最低課税額等報告事項等及び同条第四項に規定するグループ国内最低課税額報告事項等について適用し、同日前に開始した対象会計年度に係る第二条の規定（附則第一条第三号ロに掲げる改正規定に限る。）による改正前の法人税法第百五十条の三第一項に規定する特定多国籍企業グループ等報告事項等については、なお従前の例による。
2前条第一項（同条第五項において準用する場合を含む。）又は第三項（同条第六項において準用する場合を含む。）の規定の適用を受けようとする場合における令和八年新法人税法第百五十条の三第四項の規定の適用については、同項第二号中「その他」とあるのは、「、所得税法等の一部を改正する法律（令和七年法律第十三号）附則第十八条第一項（国内最低課税額の計算に関する経過措置）（同条第五項において準用する場合を含む。）又は第三項（同条第六項において準用する場合を含む。）の規定その他」とする。