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（登録免許税の特例に関する経過措置）
附則改正令附則第二十四条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第四十四条の規定に基づく旧規則第三十一条の規定は、なおその効力を有する。
（欠損金の繰越期間の特例に関する経過措置）
附則改正法附則第三十二条の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法による改正前の租税特別措置法第六十六条の十二第三項の規定及び改正令附則第二十七条の規定によりなおその効力を有するものとされる改正令による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の二十三第二項の規定に基づく旧規則第二十二条の十三第一項及び第三項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「大蔵省令」とあるのは、「財務省令」とする。
（海洋油田・ガス田廃鉱準備金の廃止等に伴う経過措置）
附則改正令附則第十七条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第三十二条の二第十九項の規定に基づく旧規則第二十一条第十二項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「大蔵省令」とあるのは、「財務省令」とする。
2改正令附則第十七条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第三十二条の七の規定に基づく旧規則第二十一条の四の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第一項中「大蔵省令」とあるのは「財務省令」と、「通商産業大臣」とあるのは「経済産業大臣」と、「大蔵大臣」とあるのは「財務大臣」と、同条第二項中「大蔵省令」とあるのは「財務省令」とする。
（特定の医療法人である連結親法人の法人税率の特例に関する経過措置）
附則新規則第二十二条の七十七の二第二項の規定は、医療法人である連結親法人が施行日以後に提出する同項に規定する証明書又は届出書について適用する。
（法人の減価償却に関する経過措置）
附則改正令附則第二十二条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十八条の八の規定に基づく旧規則第二十条の十の規定は、なおその効力を有する。
2新規則第二十条の十四の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第四十四条の九第一項に規定する再商品化設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十四条の九第一項に規定する再商品化設備等については、なお従前の例による。
3法人が施行日から平成十六年十二月三十一日までの間に取得等をする新法第四十五条第一項に規定する工業用機械等に係る新規則第二十条の十五の規定の適用については、同条第一項中「第二十八条の十三第一項第二号ニ」とあるのは「第二十八条の十三第一項第三号ニ」と、同条第二項中「第二十八条の十三第六項」とあるのは「第二十八条の十三第八項」とする。
4改正法附則第四十条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十六条の三（第一項第二号に係る部分に限る。）の規定及び改正令附則第二十二条第九項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の三（同号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧規則第二十条の十九の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第六項中「法第六十八条の三十二第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号）附則第四十九条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第七条の規定による改正前の租税特別措置法（第十項において「旧効力措置法」という。）第六十八条の三十二第一項」と、「第二十二条の四十第五項」とあるのは「租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成十六年財務省令第三十一号）附則第十八条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同規則による改正前の租税特別措置法施行規則（第十項において「旧効力規則」という。）第二十二条の四十第五項」と、同条第十項中「法第六十八条の三十二第一項」とあるのは「旧効力措置法第六十八条の三十二第一項」と、「第二十二条の四十第九項各号」とあるのは「旧効力規則第二十二条の四十第九項各号」とする。
5改正令附則第二十二条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の四（旧法第四十七条第一項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧規則第二十条の二十の規定は、なおその効力を有する。
6改正令附則第二十二条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の六の規定に基づく旧規則第二十条の二十二の規定は、なおその効力を有する。
（連結法人の準備金に関する経過措置）
附則改正法附則第四十八条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の四十七の規定及び改正令附則第二十九条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第三十九条の七十五の規定に基づく旧規則第二十二条の四十八の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第二項第一号中「法第五十六条第一項第一号」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十七年法律第二十一号）附則第三十四条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第五条の規定による改正前の租税特別措置法第五十六条第一項第一号」と、同条第四項第三号中「、被現物出資法人又は被事後設立法人」とあるのは「又は被現物出資法人」と、同項第四号中「適格分社型分割、適格現物出資又は適格事後設立」とあるのは「適格分割又は適格現物出資」とする。
2改正令附則第二十九条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第三十九条の八十の規定に基づく旧規則第二十二条の五十三の規定は、なおその効力を有する。
（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
附則法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第四十二条の五第一項第一号ハに掲げる減価償却資産（旧規則第二十条の二第一項第一号イ又はロに掲げる契約に係るものに限る。）については、なお従前の例による。
（連結法人の減価償却に関する経過措置）
附則新規則第二十二条の三十第一項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第六十八条の十六第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第六十八条の十六第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
2改正法附則第百十七条第十八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十二及び改正令附則第三十四条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第三十九条の六十一の規定に基づく旧規則第二十二条の四十の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第五項中「法第四十六条の三第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第六号）附則第九十三条第十八項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第四十六条の三第一項」と、「第二十条の十九第四項」とあるのは「租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成十九年財務省令第十九号）附則第十一条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行規則第二十条の十九第四項」とする。
（特定振替国債等の振替記載等を受ける者の告知書の記載事項等に関する経過措置）
附則新規則第十九条の五第四項第一号の規定は、施行日以後に新法第四十一条の十二第十二項若しくは第十八項の規定による告知書の提出、同条第十七項の規定による告知又は新令第二十六条の十八第四項の規定による書類の提出の際に提示するこれらの規定に規定する確認書類について適用し、施行日前に旧法第四十一条の十二第十二項若しくは第十八項の規定による告知書の提出、同条第十七項の規定による告知又は旧令第二十六条の十八第四項の規定による書類の提出の際に提示したこれらの規定に規定する確認書類については、なお従前の例による。
（特定目的会社に係る課税の特例に関する経過措置）
附則新規則第二十二条の十八の四第一項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、新法第六十七条の十四第一項に規定する特定目的会社の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧法第六十七条の十四第一項に規定する特定目的会社の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（法人の減価償却に関する経過措置）
附則新規則第二十条の六（第三項及び第四項に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第四十三条第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第四十三条第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
2改正令附則第二十九条第六項に規定する法人の新令第二十九条の二の二第八項に規定する現物分配が平成二十二年十月一日から同日以後最初に開始する事業年度開始の日の前日までの間に行われたものである場合における新規則第二十条の十八の二第九項の規定の適用については、同項中「二月以内」とあるのは、「二月以内（平成二十二年十月一日から同日以後最初に開始する事業年度開始の日の前日までの間に行われた現物分配である場合には、当該開始の日以後六月以内）」とする。
3改正法附則第七十九条第九項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条（第四項に係る部分に限る。）の規定及び改正令附則第二十九条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の四（第五項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧規則第二十条の二十第三項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。
（農地保有の合理化のために農地等を譲渡した場合の所得の特別控除に関する経過措置）
附則新規則第二十二条の六第四項第七号の規定は、新法第六十五条の五第一項に規定する農業生産法人が施行日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡について適用し、旧法第六十五条の五第一項に規定する農業生産法人が施行日前に行った同項に規定する土地等の譲渡については、なお従前の例による。
2施行日から平成二十九年三月三十一日までの間における新規則第二十二条の六第四項の規定の適用については、同項第七号中「確実である旨」とあるのは、「確実である旨（当該土地の取得をした者の有する山林につき租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令（平成二十四年財務省令第三十号）による改正前の租税特別措置法施行規則第二十二条の六第四項第七号に規定する森林施業計画を作成し、同号に規定する認定を受けている場合には、当該森林経営計画に係る認定を受けた、又は受けることが確実である旨及び当該森林施業計画に係る認定を受けた旨）」とする。
（投資法人に係る課税の特例に関する経過措置）
附則新規則第二十二条の十九第二項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、新法第六十七条の十五第一項に規定する投資法人の施行日以後に開始する事業年度分の法人税について適用する。
（上場株式配当等の支払通知書の記載事項等に関する経過措置）
附則新規則第四条の四第一項の規定は、新法第八条の四第四項に規定する支払の確定した日が施行日以後である同項に規定する上場株式配当等について適用し、旧法第八条の四第四項に規定する支払の確定した日が施行日前である同項に規定する上場株式配当等については、なお従前の例による。
（未成年者口座内の少額上場株式等に係る譲渡所得等の非課税に関する経過措置）
附則平成二十八年一月一日から同年三月三十一日までの間における租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（平成二十七年財務省令第七十八号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行規則（附則第二十六条第二項において「平成二十七年新規則」という。）第十八条の十五の十及び第十八条の十五の十一の規定の適用については、これらの規定中「恒久的施設を」とあるのは、「国内に恒久的施設を」とする。
（出国届出書等の記載事項に関する経過措置）
附則新規則第十八条の十五の六の規定は、施行日以後に提出する新令第二十五条の十三の四第一項に規定する出国届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十三の四第一項に規定する出国届出書については、なお従前の例による。
（連結法人の特定都市再生建築物等の割増償却に関する経過措置）
附則改正令附則第二十六条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第三十九条の六十四の規定に基づく旧規則第二十二条の四十二の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第三項第二号中「第二十条の二十一第四項第二号イ」とあるのは「租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（平成二十九年財務省令第二十四号）附則第九条の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行規則（次号において「旧効力措置法施行規則」という。）第二十条の二十一第四項第二号イ」と、同項第三号中「法第四十七条の二第三項第三号」とあるのは「所得税法等の一部を改正する等の法律（平成二十九年法律第四号）第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第四十七条の二第三項第三号」と、「第二十条の二十一第四項第三号」とあるのは「旧効力措置法施行規則第二十条の二十一第四項第三号」とする。
（非課税口座異動届出書の記載事項に関する経過措置）
附則新規則第十八条の十五の四第一項の規定は、施行日以後に提出する同項第一号に規定する非課税口座異動届出書について適用し、施行日前に提出した旧規則第十八条の十五の四第一項第一号に規定する非課税口座異動届出書については、なお従前の例による。
2平成二十八年一月一日前に平成二十五年旧法第三十七条の十四第五項第一号に規定する非課税口座開設届出書の同号に規定する提出をして同号に規定する非課税口座を開設した同号の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者（番号利用法整備法第八条第五項の規定による告知をしていない者に限る。）が、施行日から番号利用法整備法第八条第五項に規定する経過日以後最初に当該非課税口座における租税特別措置法第三十七条の十四第一項に規定する非課税口座内上場株式等の譲渡又は当該非課税口座への同法第九条の八に規定する配当等の受入れをする日（同日において個人番号を有しない者にあっては、番号通知日の属する年の翌年一月三十一日）までの間に、最初にその者の氏名又は住所の変更をした場合における租税特別措置法施行規則第十八条の十五の四第一項の規定の適用については、同項第一号中「個人番号（氏名又は住所の変更をした者にあつては、氏名、生年月日及び住所）」とあるのは、「個人番号」とする。
（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
附則新令第三十九条の三十九第八項の規定の適用を受ける連結親法人（租税特別措置法第二条第二項第十号の四に規定する連結親法人をいう。以下この条において同じ。）又は当該連結親法人による連結完全支配関係（同法第二条第二項第十号の七に規定する連結完全支配関係をいう。次項において同じ。）にある連結子法人（同法第二条第二項第十号の五に規定する連結子法人をいう。次項において同じ。）の新令第三十九条の三十九第八項の分割等（特定分割等のうち当該特定分割等により分割承継法人等に移転する事業に係る試験研究費の額（施行日以後最初に開始する法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度開始の日前三年以内の期間に係るものに限る。）が零であるものに限るものとし、改正令附則第二十九条第一項の規定の適用に係るものを除く。）が同日前に行われたものである場合における新規則第二十二条の二十三第三項から第八項までの規定の適用については、同条第三項中「二月以内」とあるのは、「二月以内（平成三十一年四月一日以後最初に開始する法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度開始の日前に行われた分割等にあつては、当該開始の日以後六月以内。第八項において同じ。）」とする。
2新令第三十九条の三十九第二十三項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同項の分割等（特定分割等に限るものとし、改正令附則第二十九条第二項の規定の適用に係るものを除く。）が施行日以後最初に開始する法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度開始の日前に行われたものである場合における新規則第二十二条の二十三第二十九項から第三十四項までの規定の適用については、同条第二十九項中「二月以内」とあるのは、「二月以内（平成三十一年四月一日以後最初に開始する法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度開始の日前に行われた分割等にあつては、当該開始の日以後六月以内。第三十四項において同じ。）」とする。
（外国金融機関等の債券現先取引等に係る利子の課税の特例に関する経過措置）
附則新規則第十九条の十五第十九項の規定は、施行日以後に租税特別措置法第四十二条の二第八項に規定する非課税適用申告書又は同条第十一項各号に定める申告書を提出する場合について適用する。
（租税特別措置法施行規則の一部改正に伴う消費税法等の特例に関する経過措置）
附則施行日前に開始した連結事業年度（旧法人税法第十五条の二第一項に規定する連結事業年度をいう。以下この条において同じ。）（旧法人税法第二条第十二号の七に規定する連結子法人の同項に規定する連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度を含む。）終了の日の属する消費税法（昭和六十三年法律第百八号）第十九条第一項に規定する課税期間（同条第二項又は第四項の規定により一の課税期間とみなされる期間を含む。）については、旧租税特別措置法施行規則第三十六条第二項の規定は、なおその効力を有する。
（法人の特定地域における工業用機械等の特別償却に関する経過措置）
附則改正令附則第二十一条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十八条の九第四項の規定に基づく旧規則第二十条の十六第一項の規定は、なおその効力を有する。
2改正令附則第二十一条第七項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十八条の九第十二項（第四号に係る部分に限る。）及び第二十三項の規定に基づく旧規則第二十条の十六第六項及び第八項の規定は、なおその効力を有する。
（上場株式等の源泉徴収選択口座内調整所得金額及び源泉徴収選択口座内配当等の所得税徴収高計算書等の書式に関する経過措置）
附則新規則別表第七（二）に定める書式は、令和六年一月一日以後に租税特別措置法施行令第二十五条の十の十一第七項又は第二十五条の十の十三第十三項の規定により添付するこれらの規定に規定する計算書について適用し、同日前に同令第五条の二の三第一項、第二十五条の十の十一第七項、第二十五条の十の十三第十三項又は第二十五条の十三の八第二十二項の規定により添付したこれらの規定に規定する計算書及び同日前に租税特別措置法第三十七条の十四の二第六項に規定する契約不履行等事由が生じた場合に同日以後に同令第五条の二の三第一項又は第二十五条の十三の八第二十二項の規定により添付するこれらの規定に規定する計算書については、なお従前の例による。
2前項に規定する書式は、当分の間、旧規則の相当の規定に定める計算書に、新規則別表第七（二）に準じて、記載したものをもってこれに代えることができる。
（書式に関する経過措置）
附則新規則別表第六（一）に定める書式は、租税特別措置法第二十九条の二第六項に規定する特定新株予約権でその付与をした日が施行日以後であるものについて適用し、当該特定新株予約権でその付与をした日が施行日前であるものについては、なお従前の例による。
2新規則別表第十一（六）に定める書式（同表の備考２（３）ホ、（６）及び（８）に係る部分に限る。）は、改正法附則第五十一条第二項に規定する新法適用者（以下この項において「新法適用者」という。）に係る新法第七十条の二の二第十九項に規定する教育資金管理契約の終了に関する調書について適用し、施行日前に改正法附則第五十一条第二項に規定する信託受益権等を取得した個人（新法適用者を除く。）に係る新法第七十条の二の二第十九項に規定する教育資金管理契約の終了に関する調書については、なお従前の例による。
3新規則別表第十二（六）に定める書式（同表の備考２（３）ホ及び（６）に係る部分に限る。）は、改正法附則第五十一条第三項に規定する新法適用者（以下この項において「新法適用者」という。）に係る租税特別措置法第七十条の二の三第十六項に規定する結婚・子育て資金管理契約の終了に関する調書について適用し、施行日前に改正法附則第五十一条第三項に規定する信託受益権等を取得した個人（新法適用者を除く。）に係る租税特別措置法第七十条の二の三第十六項に規定する結婚・子育て資金管理契約の終了に関する調書については、なお従前の例による。
4前三項に規定する書式及び新規則別表第十一（一）に定める書式は、当分の間、旧規則の相当の規定に定める調書又は申告書に、新規則別表第六（一）、別表第十一（一）、別表第十一（六）及び別表第十二（六）に準じて、記載したものをもってこれに代えることができる。
（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
附則経過措置分割等に係る分割法人等（租税特別措置法第二条第二項第五号に規定する分割法人、同項第七号に規定する現物出資法人又は同項第九号に規定する現物分配法人をいう。以下この条において同じ。）又は分割承継法人等（同項第六号に規定する分割承継法人、同項第八号に規定する被現物出資法人又は同項第十号に規定する被現物分配法人をいう。以下この条において同じ。）である法人（同項第二号に規定する人格のない社団等を含む。以下この条において同じ。）の令和七年四月一日以後に開始する各事業年度（当該法人が同法第四十二条の四第八項第三号の通算法人（第一号において「通算法人」という。）である場合には、当該法人に係る同法第二条第二項第十号の四に規定する通算親法人（第一号において「通算親法人」という。）の同日以後に開始する事業年度終了の日に終了する当該法人の各事業年度）における当該経過措置分割等に係る租税特別措置法施行規則第二十条第四項第一号及び第三号の規定並びに租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令（令和五年財務省令第十九号。第二号において「令和五年改正規則」という。）附則第四条第一項及び第四項の規定の適用については、次に定めるところによる。
- 一
当該経過措置分割等に係る分割法人等又は分割承継法人等が旧法適用年度（令和七年四月一日前に開始した各事業年度（当該分割法人等又は分割承継法人等が通算法人である場合には、当該分割法人等又は分割承継法人等に係る通算親法人の同日前に開始した事業年度終了の日に終了する当該分割法人等又は分割承継法人等の各事業年度）をいう。次項において同じ。）において租税特別措置法施行令第二十七条の四第十四項の規定、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（令和五年政令第百四十五号）第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（次項において「令和五年旧令」という。）第二十七条の四第十四項の規定又は法人税法施行令等の一部を改正する政令（令和二年政令第二百七号）附則第二条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第三条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（次項において「令和二年旧令」という。）第三十九条の三十九第九項の規定の適用を受けていた場合には、その適用を受けていなかったものとみなす。
- 二
当該経過措置分割等については、令和五年改正規則附則第四条第一項及び第四項の規定（租税特別措置法施行令第二十七条の四第十四項に係る部分に限る。）は、適用しない。
2前項に規定する経過措置分割等とは、分割等（分割、現物出資又は法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第十二号の五の二に規定する現物分配をいう。）に係る分割法人等又は分割承継法人等である法人が、旧法適用年度において当該分割等に係る租税特別措置法施行令第二十七条の四第十四項の規定の適用を受けた、又は当該分割等に係る令和五年旧令第二十七条の四第十四項若しくは令和二年旧令第三十九条の三十九第九項の届出をした法人である場合（当該分割等に係る次に掲げる金額に新法第四十二条の四第十九項第一号に規定する試験研究費の額に該当しないものが含まれる場合に限る。）における当該分割等をいう。
- 一
旧法第四十二条の四第十九項第五号に規定する比較試験研究費の額の計算における次に掲げる金額- イ
租税特別措置法施行令第二十七条の四第十四項第一号イ若しくはロの移転試験研究費の額又は同項第二号イ若しくはロの月別移転試験研究費の額の計算の基礎となる同条第十六項に規定する移転試験研究費の額
- ロ
令和五年旧令第二十七条の四第十四項第一号イ若しくはロの移転試験研究費の額又は同項第二号イ若しくはロの月別移転試験研究費の額の計算の基礎となる同項に規定する移転試験研究費の額
- 二
所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）附則第十四条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十六条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の九第八項第四号に規定する比較試験研究費の額の計算における令和二年旧令第三十九条の三十九第九項第一号イ若しくはロの移転試験研究費の額又は同項第二号イ若しくはロの月別移転試験研究費の額の計算の基礎となる同項に規定する移転試験研究費の額