（特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
附則新令第三十九条の百二十の二第七項の規定は、新法第六十八条の九十三の二第一項に規定する外国関係法人の施行日以後に開始する事業年度における同項に規定する政令で定める外国関係法人の判定について適用し、旧法第六十八条の九十三の二第一項に規定する外国関係法人の施行日前に開始した事業年度における同項に規定する政令で定める外国関係法人の判定については、なお従前の例による。
2附則第三十四条第八項の規定は、平成二十一年旧法第六十八条の九十三の八第一項に規定する個別課税対象留保金額に係る改正法附則第百二十条第七項に規定する政令で定める金額について準用する。この場合において、附則第三十四条第八項中「第六十六条の八第一項」とあるのは「第六十八条の九十三の八第一項」と、「課税対象留保金額」とあるのは「個別課税対象留保金額」と、「特定外国子会社等」とあるのは「特定外国法人」と、「第三十九条の十六第二項第一号」とあるのは「第三十九条の百十六第二項第一号」と、「第六十六条の八第十一項第一号」とあるのは「第六十八条の九十三の四第十項第一号」と読み替えるものとする。
3附則第三十四条第九項の規定は、平成二十一年旧法第六十八条の九十三の八第一項に規定する個別課税済留保金額（同条第二項又は同条第三項の規定により読み替えられた平成二十一年旧法第六十八条の九十二第三項の規定により平成二十一年旧法第六十八条の九十三の八第一項に規定する個別課税済留保金額とみなされたものを含む。）に係る改正法附則第百二十条第七項に規定する政令で定める金額について準用する。この場合において、附則第三十四条第九項中「第六十六条の八第一項」とあるのは「第六十八条の九十三の八第一項」と、「課税済留保金額」とあるのは「個別課税済留保金額」と、「第三項」とあるのは「同条第三項の規定により読み替えられた平成二十一年旧法第六十八条の九十二第三項」と、「同条第一項」とあるのは「平成二十一年旧法第六十八条の九十三の八第一項」と、「特定外国子会社等」とあるのは「特定外国法人」と、「第六十六条の八第十一項第一号」とあるのは「第六十八条の九十三の四第十項第一号」と読み替えるものとする。
（登録免許税の特例に関する経過措置）
附則新令第四十三条の三第三項の規定は、施行日以後に新法第八十三条の三第一項に規定する特例事業者が同項に規定する不動産の取得をする場合における当該不動産の所有権の移転の登記又は同条第二項に規定する特例事業者が同項に規定する建築物の新築、改築若しくは同条第一項第三号に規定する増築等をする場合における当該建築物の所有権の保存の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧法第八十三条の三第一項に規定する特例事業者が同項に規定する不動産の取得をした場合における当該不動産の所有権の移転の登記又は同条第二項に規定する特例事業者が同項に規定する建築物の新築、改築若しくは同条第一項第三号に規定する増築等をした場合における当該建築物の所有権の保存の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
（特殊関係株主等である連結法人に係る外国関係法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
附則新令第三十九条の百二十の四第八項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、租税特別措置法第六十八条の九十三の二第一項に規定する外国関係法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する個別部分課税対象金額について適用する。
（準備金等に関する経過措置）
附則新租税特別措置法施行令第三十二条の二の規定の適用については、同条第八項各号、第十四項、第十六項及び第十八項の海外投資等損失準備金には、連結事業年度において積み立てた旧租税特別措置法第六十八条の四十三第一項の海外投資等損失準備金を含むものとする。
2租税特別措置法施行令第三十三条第一項の規定の適用については、同項各号の中小企業事業再編投資損失準備金には、連結事業年度において積み立てた旧租税特別措置法第六十八条の四十四第一項の中小企業事業再編投資損失準備金を含むものとする。
3租税特別措置法施行令第三十三条の二第十五項及び第十七項の規定の適用については、租税特別措置法第五十七条の五第六項から第九項までの規定により益金の額に算入された金額には旧租税特別措置法第六十八条の五十五第六項から第九項までの規定により益金の額に算入された金額を含むものとし、同令第三十三条の二第十七項に規定する適用がある場合には旧租税特別措置法施行令第三十三条の二第十五項各号に掲げる場合に該当する場合を含むものとする。
4租税特別措置法施行令第三十三条の二第十五項の規定の適用については、旧租税特別措置法施行令第三十九条の八十三第十四項第一号に規定する合併の日の前日を含む連結事業年度における同号の当年度保険料等は租税特別措置法施行令第三十三条の二第十五項第三号に規定する最後事業年度における当年度保険料等とみなし、旧租税特別措置法施行令第三十九条の八十三第十四項第二号に規定する移転前保険料等は租税特別措置法施行令第三十三条の二第十五項第四号に規定する移転前保険料等とみなす。
5新租税特別措置法施行令第三十三条の三の規定の適用については、同条第三項に規定する異常危険準備金の金額には旧租税特別措置法第六十八条の五十六第一項の地震保険に係る異常危険準備金の金額を含むものとし、新租税特別措置法第五十七条の六第三項又は第五項の規定により益金の額に算入された金額には旧租税特別措置法第六十八条の五十六第三項又は第五項の規定により益金の額に算入された金額を含むものとし、新租税特別措置法第五十七条の六第六項において準用する新租税特別措置法第五十七条の五第九項の規定により益金の額に算入された金額には旧租税特別措置法第六十八条の五十六第六項において準用する旧租税特別措置法第六十八条の五十五第九項の規定により益金の額に算入された金額を含むものとし、新租税特別措置法第五十七条の六第四項の規定により益金の額に算入された金額には旧租税特別措置法第六十八条の五十六第四項の規定により益金の額に算入された金額を含むものとする。
6新租税特別措置法施行令第三十三条の四第二項及び第五項の規定の適用については、新関西国際空港株式会社の同条第二項に規定する適用事業年度終了の日を含む連結事業年度の旧法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別所得金額は新租税特別措置法施行令第三十三条の四第二項に規定する新関空会社所得金額とみなし、新関西国際空港株式会社の当該連結事業年度の旧法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別欠損金額（当該連結事業年度に連結欠損金額が生じた場合には、当該連結欠損金額のうち新関西国際空港株式会社に帰せられる金額を加算した金額）は新租税特別措置法施行令第三十三条の四第二項に規定する新関空会社欠損金額とみなす。
7新租税特別措置法施行令第三十三条の六の規定の適用については、同条第二項に規定する特別修繕準備金の金額には新租税特別措置法第五十七条の八第三項に規定する準備金設定特定船舶に係る旧租税特別措置法第六十八条の五十八第一項の特別修繕準備金の金額を含むものとし、新租税特別措置法第五十七条の八第三項又は第五項の規定により益金の額に算入された金額には旧租税特別措置法第六十八条の五十八第三項又は第五項の規定により益金の額に算入された金額を含むものとし、新租税特別措置法施行令第三十三条の六第六項の認定には旧租税特別措置法施行令第三十九条の八十五第六項の認定を含むものとし、新租税特別措置法施行令第三十三条の六第十項又は第十一項の処分には旧租税特別措置法施行令第三十九条の八十五第十項又は第十一項の処分を含むものとする。
8新租税特別措置法施行令第三十三条の六の規定の適用については、旧租税特別措置法第六十八条の五十八第二項に規定する積立限度額（以下この項において「連結積立限度額」という。）を旧租税特別措置法施行令第三十九条の八十五第一項の規定により計算していた場合は新租税特別措置法施行令第三十三条の六第三項に規定する積立限度額（以下この項において「積立限度額」という。）を同条第一項の規定により計算していた場合とみなし、連結積立限度額を旧租税特別措置法施行令第三十九条の八十五第四項の規定により計算していた場合は積立限度額を新租税特別措置法施行令第三十三条の六第四項の規定により計算していた場合とみなし、旧租税特別措置法施行令第三十九条の八十五第六項の規定により新租税特別措置法施行令第三十三条の六第六項の法人又は同条第七項の被合併法人等との間に連結完全支配関係がある連結親法人の納税地の所轄税務署長が認定した金額は同条第六項（同条第七項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）に規定する認定した金額とみなし、連結積立限度額を旧租税特別措置法施行令第三十九条の八十五第六項の規定により計算していた場合は積立限度額を新租税特別措置法施行令第三十三条の六第六項の規定により計算していた場合とみなし、旧租税特別措置法施行令第三十九条の八十五第六項の認定が連結子法人に係るものである場合における当該連結子法人であった法人は新租税特別措置法施行令第三十三条の六第十二項に規定する認定に係る法人とみなす。
9新租税特別措置法施行令第三十三条の七第三項の規定の適用については、同項第二号に規定する各事業年度終了の時における一括評価金銭債権の額には同号の法人が当該法人との間に完全支配関係（法人税法第二条第十二号の七の六に規定する完全支配関係をいう。以下この項において同じ。）がある他の法人（租税特別措置法第二条第二項第二号に規定する人格のない社団等を含むものとし、当該法人との間に連結完全支配関係がある連結法人を除く。以下この項において同じ。）に対して有する売掛金、貸付金その他これらに準ずる金銭債権（旧法人税法第五十二条第一項に規定する個別評価金銭債権を除く。以下この項において同じ。）を、新租税特別措置法施行令第三十三条の七第三項第二号に規定する当該各事業年度終了の時において当該合併法人及び当該適格合併に係る被合併法人がそれぞれ有していた一括評価金銭債権の額には同号の合併法人及び被合併法人が当該合併法人及び被合併法人との間に完全支配関係がある他の法人に対して有する売掛金、貸付金その他これらに準ずる金銭債権を、それぞれ含むものとする。