（新鉱床探鉱費の特別控除）
第十五条
法第二十三条第一項に規定する政令で定める探鉱用機械設備は、地質及び鉱物の埋蔵の状況の調査、試掘、試掘された鉱物の品質の試験及び鑑定その他探鉱のために使用する機械その他の設備で財務省令で定めるものとする。
2法第二十三条第一項第三号に規定する事業所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額は、同項並びに法第二十五条の二第一項及び第三項の規定を適用しないで計算した場合のその年分の事業所得の金額とする。
法第二十三条第一項に規定する政令で定める探鉱用機械設備は、地質及び鉱物の埋蔵の状況の調査、試掘、試掘された鉱物の品質の試験及び鑑定その他探鉱のために使用する機械その他の設備で財務省令で定めるものとする。
2法第二十三条第一項第三号に規定する事業所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額は、同項並びに法第二十五条の二第一項及び第三項の規定を適用しないで計算した場合のその年分の事業所得の金額とする。
新令第三十五条及び第三十七条の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度の法人税について適用し、同日前に終了した事業年度の法人税については、なお従前の例による。
新令第三十九条の十五の規定は、法人が施行日以後に法第六十七条の二第一項に規定する承認を受ける場合について適用し、法人が同日前に同項に規定する承認を受けた場合については、なお従前の例による。
新令第四十三条第一項の規定は、施行日以後に新造される新法第七十九条第一項に規定する船舶についての所有権の保存の登記又は抵当権の設定の登記に係る登録免許税について適用し、同日前に新造された当該船舶についてのこれらの登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
新令第四十条の規定は、昭和四十七年一月一日以後に相続又は遺贈（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条において同じ。）により取得した財産に係る相続税について適用し、同日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。
新令第四十一条の規定は、昭和四十八年四月一日以後に新築する住宅用の新築家屋の所有権の保存の登記及び当該家屋についての抵当権の設定の登記に係る登録免許税について適用し、同日前に新築した当該家屋についてのこれらの登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
2新令第四十二条第一項の規定は、昭和四十八年四月一日以後に取得する住宅用の新築家屋の所有権の移転の登記及び当該家屋についての抵当権の設定の登記に係る登録免許税について適用し、同日前に取得した当該家屋についてのこれらの登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
3新令第四十二条第二項の規定は、施行日の翌日以後に受ける住宅用の新築家屋の所有権の移転の登記及び当該家屋についての抵当権の設定の登記に係る登録免許税について適用し、同日前に受けたこれらの登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
4新令第四十二条第二項第二号に規定する宅地建物取引業者が同号に規定する資金の貸付けを受けて施行日以前に新築した同号の家屋で、その対価の全部又は一部の支払があつた後当該家屋の所有権の移転の登記をする旨の契約があるもの（当該契約に基づき当該対価の全部又は一部に相当する金額が支払われるべき日が昭和四十六年十二月十五日以後に到来するものに限る。）を取得した新法第七十三条第一項に規定する個人については、当該家屋の取得につき同号に掲げる事情があるものとみなすものとする。この場合における同号の規定の適用については、同号に掲げる日は、昭和四十八年十二月三十一日とする。
新令第三十九条の七第四項第九号及び第十項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十五条の七第一項の規定に該当する資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行つた当該資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
改正法附則第十八条第四項の規定によりその効力を有するものとされる旧法第七十六条第一項に規定する一年以内に登記ができないことにつき政令で定めるやむを得ない事情がある場合は、昭和五十四年新令第四十二条の五各号に掲げる事情がある場合とし、同項に規定する政令で定める期間は、当該各号に掲げる事情が消滅した日以後一年を経過する日までの期間とする。
2新令第四十二条の六第二項の規定は、施行日以後に取得する新法第七十七条の三に規定する買入れ又は借受けをした土地の所有権又は賃借権の移転又は設定の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に当該買入れ又は借受けをした土地のこれらの登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
3改正法附則第十八条第十項及び第十一項の規定によりその例によることとされる旧法第八十一条の規定の適用については、旧令第四十四条の規定の例による。
新令第三十九条の七第四項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十五条の七第一項の規定に該当する資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行つた当該資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新令第四十条の規定は、昭和五十三年一月一日以後に相続又は遺贈（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条において同じ。）により取得した財産に係る相続税について適用し、同日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。
2新令第四十条の三第二項第二号の規定は、施行日以後に新法第七十条の五第一項の規定により相続又は遺贈により取得されたものとみなされる新法第七十条の六第一項に規定する農地、採草放牧地又は準農地（以下この項において「農地等」という。）の取得をした同条第一項の農業相続人に係る相続又は遺贈に係る相続税について適用し、施行日前に旧法第七十条の五第一項の規定により相続又は遺贈により取得されたものとみなされた当該農地等の取得をした旧法第七十条の六第一項の農業相続人に係る相続又は遺贈に係る相続税については、なお従前の例による。
改正法附則第二十一条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十六条の五の規定の適用については、旧令第三十九条の十二の規定は、なおその効力を有する。
新令第三十九条の五第十項及び第三十九条の六第一項の規定は、法人が昭和五十五年一月一日以後に行うこれらの規定に該当する資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行つた旧令第三十九条の五第十項及び第三十九条の六第一項の規定に該当する資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
2新令第三十九条の七第四項及び第五項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十五条の七第一項の規定に該当する資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行つた当該資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新令別表の規定は、個人又は法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条及び附則第二十一条において同じ。）をする同表に掲げる減価償却資産について適用し、個人又は法人が施行日前に取得等をした旧令別表に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
法人が昭和五十七年中に行う沖縄県の区域内にある新法第六十三条第一項第一号に規定する土地等に係る同項に規定する土地の譲渡等に対する同条の規定の適用については、同条第一項第四号中「その取得をした日から引き続き所有していた土地等で所有期間（その取得の日の翌日から当該合併の日の属する年の一月一日までの所有期間とする。）が十年以下であるもの（当該合併の日の属する年において取得をしたものを含む。）」とあるのは「昭和四十七年四月一日以後に取得をした土地等」と、同条第二項中「その取得をした日から引き続き所有していた土地等で所有期間（その取得をした日の翌日から当該土地の譲渡等をした日の属する年の一月一日までの所有期間とする。）が十年以下であるもの（当該土地の譲渡等をした日の属する年において取得をしたものを含む。）」とあるのは「昭和四十七年四月一日以後に取得をした土地等」とする。
2新令第三十八条の四の規定は、法人が昭和五十七年一月一日以後に行う新法第六十三条第一項に規定する土地の譲渡等に係る法人税について適用し、法人が同日前に行つた旧法第六十三条第一項に規定する土地の譲渡等に係る法人税については、なお従前の例による。この場合において、法人が同年中に行う沖縄県の区域内にある新法第六十三条第一項第一号に規定する土地等に係る同項に規定する土地の譲渡等に対する新令第三十八条の四の規定の適用については、同条第三項第一号イ中「含む」とあるのは「含むものとし、当該土地等が沖縄県の区域内にある土地等である場合には、昭和四十七年四月一日以後に取得をしたものに限るものとする」と、同号ロ中「含むものとし」とあるのは「含むものとし、土地等の価額の合計額のうちに占める沖縄県の区域内にある土地等の価額の合計額の割合が百分の七十以上である法人の株式又は出資（以下この号において「特定株式等」という。）については、昭和四十七年四月一日以後に取得をしたものに限るものとし」と、「十年を超えるもの」とあるのは「十年を超えるもの（被合併法人が昭和四十七年四月一日前に取得をしていた特定株式等を含む。）」と、同条第六項第一号中「当該土地の譲渡等をした日の属する年の十年前の年の十二月三十一日以前の日である場合には、同年の翌年一月一日」とあるのは「昭和四十七年四月一日前である場合には、同日」と、同条第二十四項第一号ロ中「の所有期間（その取得の日の翌日から当該合併の日の属する年の一月一日までの所有期間とする。）が十年以下であるもの（当該合併の日の属する年において取得をしたものを含む。）」とあるのは「が昭和四十七年四月一日以後に取得したもの」と、同項第八号中「法第六十三条第一項第一号の短期所有土地等に該当する」とあるのは「昭和四十七年四月一日以後に取得した」とする。
3新令第三十九条第五項の規定は、法人が昭和五十七年一月一日以後に行う新法第六十四条第一項の規定に該当する資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行つた旧法第六十四条第一項の規定に該当する資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
4新令第三十九条の五第四項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十五条の四第一項の規定に該当する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行つた旧法第六十五条の四第一項の規定に該当する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。この場合において、地域改善対策特別措置法附則第三項に規定する同和対策事業で施行日以後に実施されるものは、新令第三十九条の五第四項に規定する地域改善対策事業とみなす。
5新令第三十九条の七第一項の規定は、法人が昭和五十七年一月一日以後に行う新法第六十五条の七第一項の表の第一号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行つた旧法第六十五条の七第一項の表の第一号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新令第三十九条の二十二第三項の規定は、法人が施行日以後に支出する新法第六十六条の十二第一項に規定する負担金について適用し、法人が施行日前に支出した旧法第六十六条の十二第一項に規定する負担金については、なお従前の例による。
新令第三十八条の四第十二項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十三条第一項の規定に該当する土地の譲渡等に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行つた旧法第六十三条第一項の規定に該当する土地の譲渡等に係る法人税については、なお従前の例による。
新令第三十九条の二十二第三項の規定は、法人が施行日以後に支出する新法第六十六条の十二第一項に規定する負担金について適用し、法人が施行日前に支出した旧法第六十六条の十二第一項に規定する負担金については、なお従前の例による。
改正法附則第二十条第四項の表の第二号及び第三号に規定する政令で定める土地は、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（昭和五十五年政令第四十二号）による改正前の租税特別措置法施行令第四十二条の十一第二項各号に掲げる土地とし、同表の第四号に規定する政令で定める建物は、同項各号に掲げる建物とする。
前条の規定による改正後の租税特別措置法施行令の一部を改正する政令附則第五条第一項及び第二項の規定は、昭和六十二年分以後の所得税について適用し、昭和六十一年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第二十九条の二第三項の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度については、なお従前の例による。
新令第三十九条の七第十五項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十五条の七第一項の規定に該当する資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十五条の七第一項の規定に該当する資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新令第四十条の三第一項第二号及び第四十条の四第三項の規定は、施行日以後に相続又は遺贈（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条において同じ。）により取得した財産に係る相続税について適用し、施行日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。
2新令第四十条の九第一項の規定は、森林の保健機能の増進に関する特別措置法の施行の日以後に相続又は遺贈により取得した同項に規定する土地に係る相続税について適用し、同日前に相続又は遺贈により取得した旧令第四十条の九第一項に規定する土地に係る相続税については、なお従前の例による。
改正法附則第十九条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十二条の五の規定に基づく旧令第二十七条の五の規定は、なおその効力を有する。
新令第四十一条、第四十二条第一項及び第二項（新令第四十二条の二第二項において準用する場合を含む。）、第四十二条の二第一項並びに第四十二条の三の規定は、施行日以後に新築（増築を含む。以下この条において同じ。）をし、又は取得をする住宅用の家屋について適用し、施行日前に新築をし、又は取得をした住宅用の家屋については、なお従前の例による。
2個人が、次の各号に掲げる場合に該当するときは、当該各号の住宅用の家屋に係る所有権の保存及び移転の登記並びに抵当権の設定の登記についての新令第四十一条から第四十二条の二までの規定の適用については、新令第四十一条各号中「五十平方メートル」とあるのは「四十平方メートル」と、新令第四十二条第一項中「前条第一号」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成五年政令第八十七号。次条第一項において「平成五年改正令」という。）附則第十五条第二項の規定により読み替えられた前条第一号」と、「二十年」とあるのは「十五年」と、同条第二項（新令第四十二条の二第二項において準用する場合を含む。）中「五十平方メートル」とあるのは「四十平方メートル」と、新令第四十二条の二第一項中「前条第一項」とあるのは「平成五年改正令附則第十五条第二項の規定により読み替えられた前条第一項」とする。
改正法附則第二十二条第一項ただし書に規定する場合における旧法第六十九条の三の規定の適用については、旧令第四十条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条中「大蔵省令」とあるのは、「財務省令」とする。
2新令第四十条の三第一項第一号及び第四号の規定は、施行日以後に相続又は遺贈（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この項において同じ。）により取得した財産に係る相続税について適用し、施行日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。
3新令第四十条の五第二項及び第三項第二号の規定は、平成六年一月一日以後に贈与（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。以下この項において同じ。）により取得した財産に係る贈与税について適用し、同日前に贈与により取得した財産に係る贈与税については、なお従前の例による。
新令第二十六条の八第六項及び第七項の規定は、施行日以後に新法第四十一条の九第一項に規定する預入等を行う同項に規定する預貯金等に係る同項に規定する懸賞金付預貯金等の懸賞金等について適用する。
平成八年一月一日から施行日の前日までの間に相続若しくは遺贈（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。次条において同じ。）により取得した旧法第六十九条の四第一項に規定する土地等若しくは建物等又は贈与（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。）により取得した当該土地等若しくは建物等のうち相続税法（昭和二十五年法律第七十三号）第十九条の規定の適用を受けるものでその適用に係る相続が当該期間内に開始したものに係る相続税について、旧法第六十九条の四の規定の適用を受けようとする者は、当該相続税に係る相続税法第二十七条又は第二十九条の規定による申告書（これらの申告書に係る国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）第十八条第二項に規定する期限後申告書及びこれらの申告書に係る同法第十九条第三項に規定する修正申告書を含む。次項において「相続税の申告書」という。）に、旧法第六十九条の四の規定の適用を受けようとする旨を記載しなければならない。
2税務署長は、相続税の申告書の提出がなかった場合又は前項の記載がない相続税の申告書の提出があった場合においても、その提出又は記載がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、旧法第六十九条の四の規定の適用を受けようとする旨及び当該やむを得ない事情を記載した書類の提出があった場合に限り、同条の規定を適用することができる。
3改正法附則第十九条第三項に規定する相続税額が同項の規定により同項に規定する百分の七十の割合を乗じて算出した金額とされる個人（以下この条において「特例相続人」という。）に対する相続税法第十九条、第十九条の三から第二十一条まで及び第二十七条の規定並びに相続税法施行令（昭和二十五年政令第七十一号）第四条の三及び第四条の四の規定の適用については、同法第十九条第一項中「前条まで」とあるのは「前条まで及び租税特別措置法の一部を改正する法律（平成八年法律第十七号。第十九条の三から第二十一条まで及び第二十七条において「平成八年改正法」という。）附則第十九条第三項」と、同法第十九条の三第一項中「前条まで」とあるのは「前条まで及び平成八年改正法附則第十九条第三項」と、同条第二項中「前条まで」とあるのは「前条まで及び平成八年改正法附則第十九条第三項」と、「同項」とあるのは「前項」と、同法第十九条の四から第二十一条までの規定中「前条まで」とあるのは「前条まで及び平成八年改正法附則第十九条第三項」と、同法第二十七条第一項中「第十九条まで及び」とあるのは「第十九条までの規定及び平成八年改正法附則第十九条第三項の規定並びに」と、同令第四条の三第二号中「第十九条の二まで」とあるのは「第十九条の二まで及び租税特別措置法の一部を改正する法律（平成八年法律第十七号）附則第十九条第三項」とする。
4特例相続人が、改正法附則第十九条第七項に規定する資産を施行日の前日までに譲渡をしている場合における旧令第二十五条の十五の規定及び租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成五年政令第八十七号）附則第五条第四項の規定によりなお従前の例によることとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令（以下この項において「平成五年旧令」という。）第二十五条の十五の規定の適用については、次の表の上欄に掲げるこれらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
5改正法附則第十九条第七項に規定する資産のうち旧令第二十五条の十五第二項第一号に規定する土地等に該当するもの（以下この項において「相続土地等」という。）の一部を施行日の前日までに譲渡をした特例相続人が相続土地等の一部を施行日以後に譲渡をした場合における新令第二十五条の十五の規定の適用については、同条第二項第一号中「土地等の譲渡につき、既に法第三十九条第一項の規定により同項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成八年政令第八十三号）附則第十五条第五項に規定する相続土地等の譲渡につき、既に、租税特別措置法の一部を改正する法律（平成八年法律第十七号。以下この号において「平成八年改正法」という。）附則第十九条第七項の規定により読み替えて適用される租税特別措置法の一部を改正する法律（平成六年法律第二十二号）附則第九条第五項の規定によりなお従前の例によることとされる同法による改正前の租税特別措置法第三十九条第一項若しくは平成八年改正法による改正前の租税特別措置法第三十九条第一項の規定又は法第三十九条第一項の規定によりこれらの規定」と、「得た金額」とあるのは「得た金額（控除して控除しきれない金額があるときは、当該金額は、ないものとする。）」とする。ただし、施行日の前日までの相続土地等の一部の譲渡が平成八年一月一日以後にされたものであり、かつ、施行日以後の相続土地等の一部の譲渡が同年十二月三十一日以前にされたものである場合における新法第三十九条第一項に規定する政令で定める金額は、新令第二十五条の十五の規定にかかわらず、これらの譲渡のいずれもが施行日以後にされたものとしてこれらの譲渡につき同条の規定の例により計算した金額と当該施行日の前日までにされた譲渡につき前項の規定により読み替えられた旧令第二十五条の十五の規定の例により計算した金額とのいずれか多い金額とする。
法人が施行日前に支出した旧令第三十九条の二十二第三項第十号から第十二号まで及び第十四号に掲げる業務に係る基金に充てるための負担金については、なお従前の例による。
改正法附則第二十条第四項の規定の適用を受ける法人に係る新令第三十七条第二項の規定の適用については、同項中「又は法第六十三条第一項の規定」とあるのは、「若しくは法第六十三条第一項の規定又は租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十三号）附則第二十条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第六十三条の二第一項の規定」とする。
新令第二十七条の九第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第四十二条の九第一項に規定する工業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第四十二条の九第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。
新令第三十九条の五第七項の規定は、法人が平成十二年一月一日以後に行う新法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
2新令第三十九条の七第六項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十五条の七第一項の表の第九号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十五条の七第一項の表の第九号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
改正法附則第二十条第十三項、第十六項及び第十九項に規定する政令で定める場合は、これらの規定に規定する法人がそれぞれこれらの規定に規定する適格分割、適格現物出資又は適格事後設立（以下この条において「適格分割等」という。）によりそれぞれこれらの規定に規定する分割承継法人、被現物出資法人又は被事後設立法人に次に掲げる要件を満たす減価償却資産を移転した場合とする。
2改正法附則第二十条第十三項、第十六項及び第十九項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、適格分割等の直前における特別償却準備金の金額のうち当該適格分割等により移転することとなった各特定資産に係る特別償却準備金の金額を前項第二号に規定する合理的な方法により計算した場合における当該計算した金額の合計額とする。
3改正法附則第二十条第十三項、第十六項及び第十九項の規定は、これらの規定に規定する法人（適格分割等により減価償却資産の全部を移転するもの及び同条第七項又は第八項の特別償却準備金の金額のみを引き継ぐこととなるものを除く。）が当該適格分割等の日以後二月以内に当該適格分割等により引き継ぐ特別償却準備金の金額その他の財務省令で定める事項を記載した書類を納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。
4改正法附則第二十条の規定の適用がある場合における法人税法施行令（昭和四十年政令第九十七号）第二十二条の規定の適用については、同条第一項第一号ロ中「の規定」とあるのは、「及び租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第七号）附則第二十条（準備金方式による特別償却に関する経過措置）の規定」とする。
5改正法附則第二十条の規定の適用がある場合における租税特別措置法施行令第三十九条の十三第五項の規定の適用については、同項第一号中「の規定」とあるのは、「及び租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第七号）附則第二十条の規定」とする。
新令第二十五条の十三の二第一項第一号及び第三項の規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が施行日以後に行う新法第三十七条の十四の二第一項に規定する上場株式等の同項に規定する取得について適用する。
2商法等改正法附則第七条第一項の規定の適用がある場合における新令第二十五条の十三の二第一項第一号の規定の適用については、同号に規定する店頭転換社債型新株予約権付社債には、商法等改正法附則第七条第一項の規定によりなお従前の例によることとされた旧令第二十五条の十三の二第一項第一号に規定する店頭売買転換社債を含むものとする。
改正法附則第七十九条第四項の規定により還付をする場合には、その還付をすべき同項に規定する超過額（以下この条において「超過額」という。）に相当する金額は、同項の証券業者が旧法第三十七条の十一の四の規定により平成十五年分の所得税として納付すべき金額（旧令第二十五条の十の十第七項の規定の適用がある場合には、同項の規定による控除後の金額とし、既に納付された金額を除く。）から控除する。
2前項の規定を適用する場合において、同項の証券業者が同項の規定により控除することができない金額があるときは、旧法第三十七条の十一の四第一項に規定する特定口座内保管上場株式等の譲渡の対価又は同項に規定する上場株式等の信用取引の差金決済に係る差益に相当する金額に係る所得税の所得税法第十七条の規定による納税地（同法第十八条第二項の規定による指定があった場合には、その指定をされた納税地）の所轄税務署長は、当該控除することができない金額に相当する金額を当該証券業者に還付する。
3前項の規定の適用を受けようとする同項の証券業者は、同項の規定に該当することとなった旨を記載した書面に、当該証券業者に開設されている改正法附則第七十九条第四項の特定口座ごとの同項第一号に規定する徴収をした、又は徴収をすべき所得税の額の合計額、還付をした、又は還付をすべき所得税の額の合計額、同項第二号に掲げる金額及び超過額に相当する金額並びに当該超過額のうち第一項の規定により控除した金額の合計額その他必要な事項を記載した明細書を添付して、これを前項の税務署長に提出しなければならない。
4第二項の規定による還付金について国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）第五十八条第一項に規定する還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる同項の期間は、前項の書面が提出された日の翌日以後一月を経過した日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当する日（同日前に充当をするのに適することとなった日がある場合には、その適することとなった日）までの期間とする。
5第二項の規定による還付金は、国税収納金整理資金に関する法律施行令の規定の適用については、同令第二条第十五号に掲げる還付金とみなす。
独立行政法人都市再生機構法（平成十五年法律第百号）附則第四条第一項の規定による解散前の都市基盤整備公団が平成十六年七月一日前に同法附則第十八条の規定による廃止前の都市基盤整備公団法（平成十一年法律第七十六号）第五十五条第二項の規定により発行した債券に係る旧法第四十一条の十二第七項に規定する割引債については、なお従前の例による。
新令第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新令第二十五条の十の五（第三項第二号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する株式無償割当てにより同号の出国口座に受け入れる同号に規定する上場株式等について適用する。
2新令第二十五条の十の五（第三項第三号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する法人の合併により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する合併法人の株式又は出資について適用し、会社法施行日前に行われた旧令第二十五条の十の五第三項第二号に規定する法人の合併により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する合併法人株式については、なお従前の例による。
3新令第二十五条の十の五（第三項第四号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する法人の分割により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する分割承継法人の株式について適用し、会社法施行日前に行われた旧令第二十五条の十の五第三項第三号に規定する法人の分割により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する分割承継法人の株式については、なお従前の例による。
4新令第二十五条の十の五（第三項第五号に係る部分に限る。）の規定は、平成十八年十月一日以後に行われる同号に規定する株式交換又は株式移転により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する株式交換完全親法人の株式又は株式移転完全親法人の株式について適用し、同日前に行われた旧令第二十五条の十の五第三項第四号に規定する株式交換等により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する特定親会社の株式については、なお従前の例による。
5新令第二十五条の十の五（第三項第六号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する取得事由の発生又は取得決議により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する上場株式等について適用する。
新法第三十七条の十一の二第二項第三号及び新令第二十五条の十第三項の規定（法人の合併に係る部分に限る。）は、個人が同号に規定する合併により取得をする新法第三十七条の十一の二第一項の上場株式等で当該合併が平成十九年五月一日以後であるものについて適用し、個人が旧法第三十七条の十の二第二項第三号に規定する合併により取得をした同条第一項の上場株式等で当該合併が同日前であるものについては、なお従前の例による。
2新令第二十五条の十第三項及び第四項の規定（法人の分割に係る部分に限る。）は、個人が平成十九年五月一日以後に同項に規定する分割により取得をする新法第三十七条の十一の二第一項の上場株式等について適用し、個人が同日前に旧令第二十五条の十の五第四項に規定する分割により取得をした旧法第三十七条の十一の二第一項の上場株式等については、なお従前の例による。
3新令第二十五条の十第三項及び第五項第六号の規定（投資信託の併合に係る部分に限る。）は、個人が信託法施行日以後に同号に掲げる投資信託の併合により取得をする新法第三十七条の十一の二第一項の上場株式等について適用する。
一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号。以下この条において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法（明治二十九年法律第八十九号）第三十四条の規定により設立された法人であって、整備法第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたものを除く。次条第七項において「特例民法法人」という。）は、新令第十九条第九項第二号に規定する公益社団法人又は公益財団法人とみなして、同項の規定を適用する。
新令第二十六条の二十六第二項の規定は、平成二十二年一月一日以後に行う同項に規定する先物取引の差金等決済について適用し、同日前に行った旧令第二十六条の二十六第二項に規定する先物取引の差金等決済については、なお従前の例による。
個人が施行日前に行った独立行政法人空港周辺整備機構に対する旧法第二十八条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る旧法第三十二条第三項の規定の適用については、なお従前の例による。
2個人が施行日前に行った独立行政法人空港周辺整備機構に対する旧法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡については、なお従前の例による。
新令第二十六条（第五項及び第二十一項に係る部分に限る。）の規定は、居住者が施行日以後に新法第四十一条第一項に規定する住宅の取得等又は同条第五項に規定する認定長期優良住宅の新築等に係る契約を締結する場合について適用し、居住者が施行日前に旧法第四十一条第一項に規定する住宅の取得等又は同条第五項に規定する認定長期優良住宅の新築等に係る契約を締結した場合については、なお従前の例による。
改正法附則第七十二条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の十の規定に基づく旧令第三十九条の四十の規定は、なおその効力を有する。この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
2改正法附則第七十二条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の十第五項の規定の適用がある場合における地方法人税法の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同法の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
新令第三十九条の七第八項（同項に規定する貨物鉄道事業用の機関車（以下この条において「新機関車」という。）に係る部分に限る。）の規定は、法人が平成二十四年一月一日以後に新法第六十五条の七第一項の表の第九号の上欄に掲げる資産の譲渡をして、同日以後に同号の下欄に掲げる資産（新機関車に限る。）の取得をする場合の当該資産及び当該資産に係る新法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定について適用し、法人が同日前に旧法第六十五条の七第一項の表の第九号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における同日前に取得をした同号の下欄に掲げる資産（旧令第三十九条の七第八項に規定する貨物鉄道事業用の機関車（以下この条において「旧機関車」という。）に限る。）又は同日以後に取得をする同欄に掲げる資産（旧機関車に限る。）及びこれらの資産に係る旧法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定並びに法人が同日以後に同号の上欄に掲げる資産の譲渡をする場合における同日前に取得をした同号の下欄に掲げる資産（旧機関車に限る。）については、なお従前の例による。
新令第二十七条の四第八項（第二号から第四号まで、第六号及び第七号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に支出する同条第九項第二号に規定する試験研究費及び同項第三号に規定する費用について適用し、法人が施行日前に支出した旧令第二十七条の四第九項第二号から第四号までに規定する試験研究費については、なお従前の例による。
新令第二十五条の十六第二項の規定は、個人が平成二十七年一月一日以後に開始する相続又は遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条において同じ。）による新法第三十九条第一項に規定する財産の取得をする場合における同項に規定する資産の譲渡について適用し、個人が同日前に開始した相続又は遺贈による旧法第三十九条第一項に規定する財産の取得をした場合における同項に規定する資産の譲渡については、なお従前の例による。
新令第十九条の四第五項の規定は、平成二十八年一月一日以後に行う同項第一号に規定する報告について適用し、同日前に行った旧令第十九条の四第五項第一号に規定する報告については、なお従前の例による。
2新令第十九条の四第七項の規定は、同項に規定する特例適用者が平成二十八年一月一日以後に同項に規定する同一銘柄株式の譲渡をする場合について適用し、旧令第十九条の四第七項に規定する特例適用者が同日前に同項に規定する同一銘柄株式の譲渡をした場合については、なお従前の例による。
法人の令和元年十月一日前に開始した事業年度における新令第二十七条の十二の二の規定の適用については、同条第一項中「百分の一・四」とあるのは、「百分の二・五八」とする。
2法人の施行日前に開始した事業年度における新令第二十七条の十二の二の規定の適用については、同条第一項中「法人税法第百四十一条第二号」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第二十五条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第三条の規定による改正前の法人税法第百四十一条第四号」と、同項第三号中「地方税法」とあるのは「地方税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第四号）附則第四条第三項又は第十一条第三項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第二条の規定による改正前の地方税法（以下この号において「平成二十六年旧地方税法」という。）」と、「の規定の」とあるのは「（平成二十六年旧地方税法第七百三十四条第三項において準用する場合を含む。）の規定の」と、「同法第五十三条第十二項第一号又は第三百二十一条の八第十二項第一号に規定する内国法人の控除対象還付法人税額（同法第五十三条第十三項（第一号に係る部分に限る。）又は第三百二十一条の八第十三項（第一号に係る部分に限る。）の規定により同法第五十三条第十二項第一号又は第三百二十一条の八第十二項第一号に規定する内国法人の控除対象還付法人税額とみなされる金額を含む。）、同法第五十三条第十二項第二号又は第三百二十一条の八第十二項第二号に規定する外国法人の恒久的施設帰属所得に係る控除対象還付法人税額（同法第五十三条第十三項（第二号に係る部分に限る。）又は第三百二十一条の八第十三項（第二号に係る部分に限る。）の規定により同法第五十三条第十二項第二号又は第三百二十一条の八第十二項第二号に規定する外国法人の恒久的施設帰属所得に係る控除対象還付法人税額とみなされる金額を含む。）及び同法第五十三条第十二項第三号又は第三百二十一条の八第十二項第三号に規定する外国法人の恒久的施設非帰属所得に係る控除対象還付法人税額（同法第五十三条第十三項（第二号に係る部分に限る。）又は第三百二十一条の八第十三項（第二号に係る部分に限る。）の規定により同法第五十三条第十二項第三号又は第三百二十一条の八第十二項第三号に規定する外国法人の恒久的施設非帰属所得に係る控除対象還付法人税額とみなされる金額を含む。）のうち、同法第五十三条第十二項各号又は第三百二十一条の八第十二項各号」とあるのは「これらの規定に規定する控除対象還付法人税額（平成二十六年旧地方税法第五十三条第十三項又は第三百二十一条の八第十三項（平成二十六年旧地方税法第七百三十四条第三項において準用する場合を含む。）の規定により平成二十六年旧地方税法第五十三条第十二項又は第三百二十一条の八第十二項に規定する控除対象還付法人税額とみなされる金額を含む。）のうち、平成二十六年旧地方税法第五十三条第十二項又は第三百二十一条の八第十二項」と、同条第二項中「同項各号」とあるのは「同項第一号、第二号及び第四号」とする。
新令第二十五条の十七第七項及び第八項の規定は、施行日以後にされる新法第四十条第一項後段に規定する財産の贈与又は遺贈について適用し、施行日前にされた旧法第四十条第一項後段に規定する財産の贈与又は遺贈については、なお従前の例による。
新令第二十五条の二十二の二第二項の規定は、新法第四十条の四第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第一項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融子会社等部分適用対象金額及び当該金融子会社等部分適用対象金額に係る同項に規定する金融子会社等部分課税対象金額について適用し、旧法第四十条の四第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日前に開始した事業年度に係る同条第一項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融子会社等部分適用対象金額及び当該金融子会社等部分適用対象金額に係る同項に規定する金融子会社等部分課税対象金額については、なお従前の例による。
新令第二十六条の二十六第十一項の規定により読み替えられた所得税法施行令第二百二十一条の三第二項及び第二百二十一条の六第一項の規定は、令和元年分以後の所得税について適用し、平成三十年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第二十五条の十の七第一項の規定は、施行日以後に同項に規定する提出をする同項に規定する特定口座廃止届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十の七第一項に規定する特定口座廃止届出書については、なお従前の例による。
新令第二十六条の三十二第四項の規定は、施行日以後に同項の対価の支払をする者に対して行う同項に規定する電磁的方法による同項に規定する記載事項の提供について適用する。
改正法附則第四十三条第二項の規定により同項各号に掲げる区域をそれぞれ新法第四十五条第一項の表の第一号又は第二号の第二欄に掲げる区域とみなして同条（これらの号に係る部分に限る。）の規定を適用する場合における同項に規定する政令で定める期間は、新令第二十八条の九第一項第一号及び第二号の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める期間とする。
2改正法附則第四十三条第三項の規定により旧特定経済金融活性化産業に属する事業を新法第四十五条第一項の表の第三号の第三欄に掲げる事業とみなして同条（同号に係る部分に限る。）の規定を適用する場合における同項に規定する政令で定める期間は、新令第二十八条の九第一項第三号の規定にかかわらず、経過旧経済金融活性化計画期間とする。
3新令第二十八条の九第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第四十五条第一項に規定する工業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第四十五条第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。
4経過旧産業高度化・事業革新促進計画期間における新令第二十八条の九第四項及び第五項の規定の適用については、同条第四項中「沖縄振興特別措置法施行令」とあるのは「沖縄振興特別措置法等の一部を改正する法律の施行に伴う関係政令の整備等及び経過措置に関する政令（令和四年政令第百六十七号）第一条の規定による改正前の沖縄振興特別措置法施行令」と、「同条第九号」とあるのは「沖縄振興特別措置法施行令第四条第九号」とする。
5新令第三十条第四項の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。
6新令第三十条第四項の規定の適用については、同項の圧縮記帳規定の適用を受けたときには同項の当該事業年度前の各連結事業年度（所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号。以下「令和二年改正法」という。）附則第十四条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる令和二年改正法第十六条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「令和二年改正前租税特別措置法」という。）第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度をいう。以下同じ。）において連結圧縮記帳規定（第二条の規定による改正後の令和二年改正前租税特別措置法施行令（以下「新令和二年改正前租税特別措置法施行令」という。）第三十九条の六十九第五項に規定する圧縮記帳規定をいう。以下この項及び第八項において同じ。）の適用を受けたときを含むものとし、新令第三十条第四項の圧縮記帳規定の適用を受けた事業年度には当該連結圧縮記帳規定の適用を受けた連結事業年度を含むものとする。
7新令第三十一条第二項及び第三項の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。
8新令第三十一条第二項及び第三項の規定の適用については、同条第二項の圧縮記帳規定の適用を受けたときには同項の当該事業年度前の各連結事業年度において連結圧縮記帳規定の適用を受けたときを含むものとし、同項の圧縮記帳規定の適用を受けた事業年度には当該連結圧縮記帳規定の適用を受けた連結事業年度を含むものとし、同条第三項の特別償却準備金には連結事業年度において積み立てた令和二年改正前租税特別措置法第六十八条の四十一第一項から第三項までの特別償却準備金を含むものとする。
新令第四十三条の二第一項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に新法第八十三条第二項に規定する国土交通大臣の認定を受ける場合における同項に規定する建築物の所有権の保存の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧法第八十三条第二項に規定する国土交通大臣の認定を受けた場合における同項に規定する建築物の所有権の保存の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
新令第三十二条の二第七項の規定は、新法第五十五条第一項に規定する内国法人が施行日以後に取得する同項の特定株式等について適用し、旧法第五十五条第一項に規定する内国法人が施行日前に取得した同項の特定株式等については、なお従前の例による。
2所得税法等の一部を改正する法律（令和五年法律第三号）附則第四十三条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第五十七条の四の規定に基づく旧令第三十三条の規定は、なおその効力を有する。
新令第二十七条の十二の四第四項の規定は、新法第四十二条の十二の四第一項に規定する中小企業者等が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同項に規定する特定経営力向上設備等について適用する。
新令第二十七条の十二第一項の規定は、新法第四十二条の十二第一項に規定する地方活力向上地域等特定業務施設整備計画について施行日以後に同項又は同条第二項に規定する認定を受ける法人（租税特別措置法第二条第二項第二号に規定する人格のない社団等を含む。以下この条及び附則第十九条において同じ。）が取得等（新法第四十二条の十二第一項に規定する取得等をいう。）をする当該認定に係る同条第一項又は第二項に規定する認定地方活力向上地域等特定業務施設整備計画に記載された同条第一項に規定する特定建物等について適用し、旧法第四十二条の十一の三第一項に規定する地方活力向上地域等特定業務施設整備計画について施行日前に同項又は同条第二項に規定する認定を受けた法人が取得又は建設をする当該認定に係るこれらの規定に規定する認定地方活力向上地域等特定業務施設整備計画に記載された同条第一項に規定する特定建物等については、なお従前の例による。