各年の還付加算金特例基準割合（平均貸付割合に年〇・五パーセントの割合を加算した割合をいう。）が年七・三パーセントの割合に満たない場合には、国税通則法第五十八条第一項に規定する還付加算金（以下この条及び次条第一項において「還付加算金」という。）の計算の基礎となる期間であつてその年に含まれる期間に対応する還付加算金についての同法第五十八条第一項の規定の適用については、同項中「年七・三パーセントの割合」とあるのは、「租税特別措置法第九十五条（還付加算金の割合の特例）に規定する還付加算金特例基準割合」とする。
新租税特別措置法第四十二条の十一の規定は、平成十五年一月一日以後に同条第一項に規定する情報通信機器等の取得若しくは製作又は賃借をする法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。
2法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧租税特別措置法第四十二条の十一第一項各号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第三十七条の十五（第一項第一号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する公社債等の同号に規定する譲渡について適用し、会社法施行日前に行われた旧租税特別措置法第三十七条の十五第一項第一号に規定する公社債等の譲渡については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十一条の二及び第六十一条の三の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。
新租税特別措置法第六十七条の六第一項の規定は、平成二十二年十月一日以後に解散する法人が支払を受ける同項に規定する特定株式投資信託の収益の分配について適用し、同日前に解散した法人が支払を受けた旧租税特別措置法第六十七条の六第一項に規定する特定株式投資信託の収益の分配については、なお従前の例による。
附則第一条第十二号に定める日から平成二十八年三月三十一日までの間における新租税特別措置法第六十六条の七第一項の規定の適用については、同項中「第六十九条第十四項」とあるのは、「第六十九条第八項」とする。
新租税特別措置法第六十八条の百四の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用する。
施行日前に旧租税特別措置法第六十一条第一項に規定する指定を受けた法人の当該指定に係る同項に規定する適用事業年度分の法人税及び同条第五項に規定する取り消された日を含む事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第五十五条の規定は、法人が施行日以後に取得する同条第一項の特定株式等について適用し、法人が施行日前に取得した旧租税特別措置法第五十五条第一項の特定株式等については、なお従前の例による。
2新租税特別措置法第五十六条（第三項第一号及び第二号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に同項第一号に規定する確認を受ける場合におけるその確認を受ける日を含む事業年度分の法人税及び法人が施行日以後に同項第二号に規定する許可を取り消される場合におけるその取り消される日を含む事業年度分の法人税について適用する。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第六十八条の十四第三項に規定する開発研究用資産に係る同項の規定の適用については、なお従前の例による。