都の特別区の存する区域内に所在する国又は地方公共団体の所有する固定資産について交付すべき市町村交付金は、都に対して交付するものとする。この場合においては、第七条の規定による台帳価格等の通知、第八条の規定による固定資産の価格の通知、第九条の規定による価格の修正の申出若しくはこれに係る通知、第十条の規定による固定資産の価格の配分の通知及びこれに係る修正の申出、第十一条の規定による市町村交付金の請求又は第十三条の規定による交付金額の修正の要求は、それぞれ都知事が行い、又は都知事に対して行うものとする。
2前項の規定によつて都に対して市町村交付金を交付する場合においては、第五条及び第六条の規定は、適用しない。
3都の特別区の存する区域に対する第十条第一項の規定の適用については、同項中「二以上の市町村」とあるのは、「二以上の市町村（都の特別区の存する区域にあつては、特別区の存する区域を合して一の市の区域とみなす。）」とする。
別段の定めがあるものを除き、前条の規定による改正後の国有資産等所在市町村交付金及び納付金に関する法律（以下「新交納付金法」という。）第五条、第五条の二及び第十六条の規定は、昭和四十一年度分の市町村交付金及び都道府県交付金並びに市町村納付金及び都道府県納付金（以下「交付金及び納付金」という。）から適用し、昭和四十年度分までの交付金及び納付金については、なお従前の例による。
2新交納付金法第五条の二の規定は、昭和三十九年三月三十一日以前において建設された一の工場の用に供する償却資産で、当該一の工場が建設された日の属する年度の翌翌年度から昭和四十一年度までの年度の数が五をこえないもの（次項の規定の適用を受けるものを除く。）の昭和四十一年度分以後の交付金及び納付金についても適用する。
3昭和三十九年三月三十一日以前において建設された一の工場の用に供する償却資産で、昭和四十年度分の交付金又は納付金の交付金算定標準額又は納付金算定標準額となるべき金額を算定する場合において前条の規定による改正前の国有資産等所在市町村交付金及び納付金に関する法律第五条の二の規定の適用を受けていたものについては、昭和四十一年度から同条の規定がなおその効力を有するものとした場合において同条の規定の適用を受けることができる年度までの各年度分の交付金及び納付金に限り、当該償却資産をもつて新交納付金法第五条の二に規定する新設大規模償却資産とみなして同条の規定を適用する。この場合においては、附則第六条第八項後段の規定を準用する。
附則第二条から前条までに定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
第六十三条の規定による改正後の国有資産等所在市町村交付金及び納付金に関する法律は、平成十六年度以後の年度分の日本郵政公社有資産所在市町村納付金及び日本郵政公社有資産所在都道府県納付金について適用する。
第四条の規定による改正後の国有資産等所在市町村交付金法の規定は、平成二十二年度以後の年度分の国有資産等所在市町村交付金（以下この項において「交付金」という。）について適用し、平成二十一年度分までの交付金については、なお従前の例による。
2平成十九年度分までの日本郵政公社有資産所在市町村納付金については、なお従前の例による。