（過少申告加算税等を課さない部分の税額の計算等）
第九条の二
法第十二条の二第三項（過少申告加算税）に規定する電磁的記録等に記録された事項に係るもの以外の事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額は、過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額のうち当該電磁的記録等に記録された事項に係るもの以外の事実のみに基づいて修正申告又は更正があつたものとした場合における当該修正申告又は更正に基づき法第九条第一項又は第二項（申告納税方式による関税等の納付）の規定により納付すべき税額とする。
2法第十二条の二第四項（法第十二条の三第五項（無申告加算税）において準用する場合を含む。）に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める税額（法第十二条の三第五項において準用する場合にあつては、第一号に定める税額）とする。
- 一法第十二条の二第四項第一号に掲げる場合に該当する場合（第三号に掲げる場合を除く。）同項第一号に規定する正当な理由があると認められる事実のみに基づいて修正申告又は更正があつたものとした場合における当該修正申告又は更正に基づき法第九条第一項又は第二項の規定により納付すべき税額
- 二法第十二条の二第四項第二号に掲げる場合に該当する場合（次号に掲げる場合を除く。）次に掲げる税額のうちいずれか少ない税額
- イ法第十二条の二第一項に規定する修正申告又は更正により納付すべき税額
- ロ
- イ
- 三法第十二条の二第四項各号に掲げる場合のいずれにも該当する場合前二号に定める税額のうちいずれか多い税額
3法第十二条の二第五項に規定する政令で定める事項は、法第百五条の二（輸入者に対する調査の事前通知等）において読み替えて準用する国税通則法（以下この項において「準用国税通則法」という。）第七十四条の九第一項（納税義務者に対する調査の事前通知等）に規定する実地の調査において質問検査等（同項に規定する質問検査等をいう。）を行わせる旨（準用国税通則法第七十四条の十（事前通知を要しない場合）の規定に該当する場合には、同項第一号に規定する調査を行う旨）とする。
4法第十二条の三第三項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項に規定する当該納税義務者の責めに帰すべき事由がないと認められる事実のみに基づいて同条第一項各号に規定する申告、決定又は更正があつたものとした場合におけるその申告、決定又は更正に基づき法第九条第二項の規定により納付すべき税額とする。