第三条の二
農林水産大臣は、家畜伝染病のうち、牛疫、牛肺疫、口蹄疫、豚熱、アフリカ豚熱、高病原性鳥インフルエンザ及び低病原性鳥インフルエンザその他特に総合的に発生の予防及びまん延の防止のための措置を講ずる必要があるものとして農林水産省令で定めるもの（以下この条において「特定家畜伝染病」という。）について、次に掲げる事項を内容とする指針（以下この条において「特定家畜伝染病防疫指針」という。）を作成し、公表するものとする。
- 一特定家畜伝染病の発生の予防及びまん延（当該特定家畜伝染病が牛疫、牛肺疫、口蹄疫、豚熱、アフリカ豚熱、高病原性鳥インフルエンザ又は低病原性鳥インフルエンザである場合にあつては、家畜以外の動物における当該伝染性疾病のまん延による当該伝染性疾病の病原体の拡散を含む。以下この条において同じ。）の防止のための措置に関する基本的な方針
- 二家畜が患畜又は疑似患畜であるかどうかを判定するために必要な検査に関する事項
- 三消毒、家畜等の移動の制限その他特定家畜伝染病の発生を予防し、又はそのまん延を防止するために必要な措置に関する事項
- 四前三号に掲げるもののほか、特定家畜伝染病に応じて必要となる措置の総合的な実施に関する事項
2農林水産大臣は、前項に規定するもののほか、特定家畜伝染病のまん延を防止するため緊急の必要があるときは、家畜の種類並びに地域及び期間を指定し、当該特定家畜伝染病について、その発生の状況に応じて必要となる措置を緊急に実施するための指針（次項において「特定家畜伝染病緊急防疫指針」という。）を作成し、公表するものとする。
3都道府県知事、家畜防疫員及び市町村長は、特定家畜伝染病防疫指針及び特定家畜伝染病緊急防疫指針に基づき、この法律の規定による特定家畜伝染病の発生の予防及びまん延の防止のための措置を講ずるものとする。この場合において、都道府県知事は、必要があると認めるときは、市町村長に対し、当該措置の実施に関し、協力を求めることができる。
4農林水産大臣は、次項に規定するもののほか、都道府県知事及び市町村長に対し、前項の措置の実施に関し、必要な情報の提供、助言その他の援助を行うものとする。
5農林水産大臣は、二以上の都道府県の区域にわたり特定家畜伝染病がまん延し、又はまん延するおそれがあるときは、都道府県知事に対し、第三項の措置の実施に関し、都道府県の区域を超えた広域的な見地からの助言その他の援助を行うものとする。
6農林水産大臣は、最新の科学的知見及び国際的動向を踏まえ、少なくとも三年ごとに特定家畜伝染病防疫指針に再検討を加え、必要があると認めるときは、これを変更するものとする。
7農林水産大臣は、特定家畜伝染病防疫指針を作成し、変更し、又は廃止しようとするときは、食料・農業・農村政策審議会の意見を聴くとともに、都道府県知事の意見を求めなければならない。