（管理者に対する適用）
第三条
この法律中家畜、物品又は施設の所有者に関する規定（第五十六条及び第五十八条から第六十条の二までの規定を除く。）は、当該家畜、物品又は施設を管理する所有者以外の者（鉄道、軌道、自動車、船舶又は航空機による運送業者で当該家畜、物品又は施設の運送の委託を受けた者を除く。）があるときは、その者に対して適用する。
この法律中家畜、物品又は施設の所有者に関する規定（第五十六条及び第五十八条から第六十条の二までの規定を除く。）は、当該家畜、物品又は施設を管理する所有者以外の者（鉄道、軌道、自動車、船舶又は航空機による運送業者で当該家畜、物品又は施設の運送の委託を受けた者を除く。）があるときは、その者に対して適用する。
この法律の施行前にした行為及び附則第二条第三項の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
前条に定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
この法律の施行前にされた第五条の規定による改正前の家畜伝染病予防法第二条第一項の表二十三の項に規定する家きんペストに係る処分、手続その他の行為は、第五条の規定による改正後の家畜伝染病予防法第二条第一項の表二十三の項に規定する高病原性鳥インフルエンザに係る処分、手続その他の行為としてされたものとみなす。
一部施行日前にされた旧法第十二条の四第一項の規定による勧告及び同条第二項の規定による命令については、なお従前の例による。
この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
この法律の施行の日から起算して二十日を経過する日までの間における新法附則第五条第二項の規定の適用については、同項中「この法律の規定」とあるのは、「この法律の規定（第六十三条第三号を除く。）」とする。
農林水産大臣は、新法第三条の二第一項に規定する特定家畜伝染病防疫指針を作成するため、施行日前においても、食料・農業・農村政策審議会の意見を聴くとともに、都道府県知事の意見を求めることができる。
2農林水産大臣は、新法第十二条の三の三第一項に規定する飼養衛生管理指導等指針を策定するため、附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日（次条第三項において「一部施行日」という。）前においても、食料・農業・農村政策審議会の意見を聴くことができる。