国家戦略特別区域における産業の国際競争力の強化及び国際的な経済活動の拠点の形成は、国が、これらの実現のために必要な政策課題の迅速な解決を図るため、適切に国家戦略特別区域を定めるとともに、規制の特例措置の整備その他必要な施策を、関連する諸制度の改革を推進しつつ総合的かつ集中的に講ずることを基本とし、地方公共団体及び民間事業者その他の関係者が、国と相互に密接な連携を図りつつ、これらの施策を活用して、我が国の経済社会の活力の向上及び持続的発展を図ることを旨として、行われなければならない。
関係行政機関の長が発する訓令又は通達のうち国家戦略特別区域に関するものについては、国家戦略特別区域における産業の国際競争力の強化及び国際的な経済活動の拠点の形成の必要性に鑑み、この法律の規定に準じて、必要な措置を講ずるものとする。
この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
新法第十三条第十三項（第五号に係る部分に限る。）の規定は、この法律の施行の際現に同条第四項第一号、第二号、第四号、第六号（営業に関し成年者と同一の行為能力を有しない未成年者でその法定代理人（法定代理人が法人である場合にあっては、その役員を含む。）が同項第一号から第四号までのいずれかに該当するものに係る部分に限る。以下この条において同じ。）又は第七号（法人であって、その業務を行う役員のうちに同項第一号から第四号までのいずれかに該当する者があるものに係る部分に限る。以下この条において同じ。）のいずれかに該当しているこの法律による改正前の国家戦略特別区域法（次条において「旧法」という。）第十三条第一項の認定を受けて同項に規定する国家戦略特別区域外国人滞在施設経営事業を行っている者が、引き続き同一の事実により新法第十三条第四項第一号、第二号、第四号、第六号又は第七号のいずれかに該当している場合については、この法律の施行の日から起算して三年を経過する日までの間は、適用しない。
旧法令の規定により発せられた内閣府設置法第七条第三項の内閣府令又は国家行政組織法（昭和二十三年法律第百二十号）第十二条第一項の省令は、法令に別段の定めがあるもののほか、この法律の施行後は、新法令の相当規定に基づいて発せられた相当の内閣府設置法第七条第三項の内閣府令又は国家行政組織法第十二条第一項の省令としての効力を有するものとする。