機構は、通則法第三十五条の五第一項の規定により中長期計画の認可を受けようとするときは、中長期計画を記載した申請書を、当該中長期計画の最初の事業年度開始三十日前までに、文部科学大臣及び原子力規制委員会に提出しなければならない。
2機構は、通則法第三十五条の五第一項後段の規定により中長期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を文部科学大臣（当該変更が機構法第十六条第一項に規定する業務のうち、放射線の人体への影響並びに放射線による人体の障害の予防、診断及び治療に係るものに関する事項に係る変更である場合については、文部科学大臣及び原子力規制委員会）に提出しなければならない。
通則法改正法附則第八条第一項の規定により通則法改正法による改正前の独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二十九条第一項の中期目標が通則法改正法による改正後の独立行政法人通則法第三十五条の四第一項の規定により指示した同項の中長期目標とみなされる場合におけるこの命令による改正後の国立研究開発法人放射線医学総合研究所の業務運営等に関する命令（平成二十四年文部科学省令第三十三号）第三条の二の規定の適用については、同項の表事業年度における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書の項中「通則法第三十五条の四第二項第二号に」とあるのは「独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（以下この表において「旧通則法」という。）第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から」とし、同項の表中長期目標の期間の終了時に見込まれる中長期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書の項及び中長期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書の項中「通則法第三十五条の四第二項第二号に」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から」とする。
機構に係る国立研究開発法人放射線医学総合研究所法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）附則第五条において読み替えて適用する独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下「通則法」という。）第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた国立研究開発法人日本原子力研究開発機構（改正法の施行の日前のものに限る。本条及び次条において「原子力機構」という。）の内部組織として主務省令で定めるものは、改正法の施行の日の前日に存していた原子力機構の理事長の直近下位の内部組織として文部科学大臣が定めるもの（次項において「移行時内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。）が離職前五年間に在職していたものとする。
2機構に係る改正法附則第五条において読み替えて適用する通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する当該中期目標管理法人の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織のうち、移行時内部組織が行っていた業務を行うものとして文部科学大臣が定めるものとする。