法第二十六条第三項の規定による事務の引継ぎは、所轄庁の変更を伴う定款の変更の認証を受けた特定非営利活動法人に係る法の規定に基づく事務について行うものとする。
2都道府県知事又は指定都市（地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二百五十二条の十九第一項に規定する指定都市をいう。以下同じ。）の長は、所轄庁の変更を伴う定款の変更を認証したときは、遅滞なく、変更前の所轄庁に当該定款の変更を認証したことを通知するものとする。ただし、変更前の所轄庁が法第五十三条第三項（法第六十二条において準用する場合を含む。）の都道府県知事であるときは、この限りでない。
第三条の規定は、この府令の施行の日以後に行われた定款の変更の認証について適用し、同日前に行われた定款の変更の認証については、なお従前の例による。
2法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十年政令第百五十六号）附則第十二条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の法人税法施行令（第四項において「旧効力法人税法施行令」という。）第七十七条第一項第二号及び第三号に掲げる法人から受け入れる寄附金がある特定非営利活動法人に係る第六条の規定の適用については、同条中「第七十七条各号」とあるのは、「第七十七条各号若しくは法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十年政令第百五十六号）附則第十二条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の法人税法施行令第七十七条第一項第二号若しくは第三号」とする。
3旧認定特定非営利活動法人（特定非営利活動促進法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第七十号）附則第十条第四項に規定する旧認定特定非営利活動法人をいう。第五項において同じ。）から受け入れる寄附金がある特定非営利活動法人に係る第六条の規定の適用については、同条中「認定特定非営利活動法人」とあるのは、「認定特定非営利活動法人若しくは特定非営利活動促進法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第七十号）附則第十条第四項に規定する旧認定特定非営利活動法人」とする。
4旧効力法人税法施行令第七十七条第一項第三号に掲げる法人を会員等とする特定非営利活動法人に係る第十三条第三号の規定の適用については、同号中「公益財団法人である会員等」とあるのは、「公益財団法人である会員等、法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十年政令第百五十六号）附則第十二条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の法人税法施行令第七十七条第一項第三号に掲げる法人である会員等」とする。
5旧認定特定非営利活動法人を会員等とする特定非営利活動法人に係る第十三条第三号の規定の適用については、同号中「認定特定非営利活動法人」とあるのは、「認定特定非営利活動法人若しくは特定非営利活動促進法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第七十号）附則第十条第四項に規定する旧認定特定非営利活動法人」とする。