復興庁の組織は、任務及びこれを達成するため必要となる明確な範囲の所掌事務を有する行政機関により系統的に構成され、かつ、東日本大震災からの復興に関する内閣の課題に弾力的に対応できるものとしなければならない。
2復興庁は、内閣の統轄の下に、その政策について、自ら評価し、企画及び立案を行い、並びに内閣府、デジタル庁及び国家行政組織法（昭和二十三年法律第百二十号）第一条の国の行政機関と相互の調整を図るとともに、その相互の連絡を図り、全て、一体として、行政機能を発揮しなければならない。
この法律の施行前に法令の規定により内閣府の長である内閣総理大臣がした認定、指定その他の処分又は通知その他の行為（当該処分又は行為に係る権限がこの法律の施行後も内閣府の長である内閣総理大臣の権限とされるものを除く。）は、この法律の施行後は、この法律の施行後の法令の相当規定に基づいて、復興庁の長である内閣総理大臣がした認定、指定その他の処分又は通知その他の行為とみなす。
2この法律の施行の際現に法令の規定により内閣府の長である内閣総理大臣に対してされている認定の申請その他の行為（当該行為に係る権限がこの法律の施行後も内閣府の長である内閣総理大臣の権限とされるものを除く。）は、この法律の施行後は、この法律の施行後の法令の相当規定に基づいて、復興庁の長である内閣総理大臣に対してされた認定の申請その他の行為とみなす。