研究機構は、通則法第三十五条の五第一項の規定により中長期計画の認可を受けようとするときは、中長期計画を記載した申請書を、当該中長期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに、農林水産大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
2研究機構は、通則法第三十五条の五第一項後段の規定により中長期計画の変更の認可を受けようとする場合において、当該変更しようとする事項が次に掲げるものであるときは、当該変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を、それぞれ当該各号に定める大臣（第四条第二項において「主務大臣」という。）に提出しなければならない。
独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構（次条において「研究機構」という。）が整備法附則第十三条第四項に規定する特例業務を行う場合には、第一条の規定による改正後の独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の業務運営に関する省令（以下この条において「新業務運営省令」という。）第一条第一号中「及び同条第二項」とあるのは「並びに同条第二項及び独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号。次条第二項第二号において「整備法」という。）附則第十三条第一項から第三項まで」と、新業務運営省令第二条第二項第二号中「又は第三号に掲げる業務」とあるのは「若しくは第三号に掲げる業務又は整備法附則第十三条第四項に規定する特例業務」とする。
独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）附則第八条第一項の規定により改正法による改正前の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標が改正法による改正後の独立行政法人通則法第三十五条の四第一項の中長期目標とみなされる場合における第一条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の業務運営及び人事管理に関する省令第七条第一項の規定の適用については、同項の表中「通則法第三十五条の四第二項第二号に」とあるのは「独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（次号において「旧法」という。）第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号」とあるのは「旧法第二十九条第二項第二号から第五号」とする。
独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）附則第六条第一項の規定により国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「研究機構」という。）が同項に規定する特例業務（以下「特例業務」という。）を行う場合には、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の業務運営に関する省令（以下この条において「業務運営省令」という。）第一条第一号中「並びに同条第四項及び第五項に規定する業務」とあるのは「、同条第四項及び第五項に規定する業務並びに独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号）附則第六条第一項に規定する特例業務（以下「特例業務」という。）」と、業務運営省令第二条第二項第二号及び第三号中「業務」とあるのは「業務並びに特例業務」とする。
第一条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の業務運営に関する省令第一条第一号（国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）第十四条第一項第六号に掲げる業務に係る部分に限る。）の規定は、この省令の施行の日から起算して六月間は、適用しない。
この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に始まる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用し、平成三十一年三月三十一日に終わる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。