機構は、法第十八条第三項（同条第五項において準用する場合を含む。第十六条第一項及び第二項において同じ。）に規定する残余があるときは、当該規定による納付金（以下「国庫納付金」という。）の計算書に、当該期間最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表、当該期間最後の事業年度の損益計算書その他の当該国庫納付金の計算の基礎を明らかにした書類を添付して、当該期間最後の事業年度の次の事業年度の六月三十日までに、これを国土交通大臣に提出しなければならない。ただし、前条第一項又は第二項の承認申請書を提出したときは、これらに添付した同条第三項に規定する書類と同一の書類は、提出することを要しない。
2国土交通大臣は、前項の国庫納付金の計算書及び添付書類の提出があったときは、遅滞なく、当該国庫納付金の計算書及び添付書類の写しを財務大臣に送付するものとする。
法の施行の日前に公団若しくは事業団がした行為又は法の施行の際現に公団若しくは事業団に対してされている行為は、法又はこの政令に別段の定めがあるもののほか、国土交通省令で定めるところにより、それぞれ機構がした行為又は機構に対してされている行為とみなす。
2経過期間における附則第五条の規定による改正後の独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法施行令第二十八条第一項第二十五号、附則第六条の規定による改正後の独立行政法人水資源機構法施行令第五十六条第一項第二十四号、附則第七条の規定による改正後の国立大学法人法施行令第二十五条第一項第四十八号、附則第八条の規定による改正後の独立行政法人国立高等専門学校機構法施行令第二条第一項第二十六号、附則第十条の規定による改正後の独立行政法人国立病院機構法施行令第十六条第一項第三十四号、附則第十一条の規定による改正後の独立行政法人都市再生機構法施行令第三十四条第一項第二十七号及び附則第十二条の規定による改正後の高度専門医療に関する研究等を行う国立研究開発法人に関する法律施行令第十六条第一項第二十五号の規定の適用については、これらの規定中「第六条ただし書、第八条第一項並びに第三十九条第三項及び第五項並びに同法第三十五条第一項（同法第三十七条第四項において準用する場合を含む。）において準用する土地収用法第八十四条第三項において準用する同法第八十三条第三項」とあるのは、「第三十九条第三項及び第五項」とする。