機構でない者は、海洋研究開発機構という名称を用いてはならない。
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国は、機構の成立の際現に附則第二条第一号に掲げる職員の住居の用に供されている国有財産であって政令で定めるものを、政令で定めるところにより、機構の用に供するため、機構に無償で使用させることができる。