環境大臣は、国内希少野生動植物種及び国際希少野生動植物種以外の野生動植物の種の保存を特に緊急に図る必要があると認めるときは、その種を緊急指定種として指定することができる。
2環境大臣は、前項の規定による指定（以下この条において「指定」という。）をしようとするときは、あらかじめ関係行政機関の長に協議しなければならない。
3指定の期間は、三年を超えてはならない。
4環境大臣は、指定をするときは、その旨及び指定に係る野生動植物の種を官報で公示しなければならない。
5指定は、前項の規定による公示の日の翌々日からその効力を生ずる。
6環境大臣は、指定の必要がなくなったと認めるときは、指定を解除しなければならない。
7第二項、第四項及び第五項の規定は、前項の規定による指定の解除について準用する。この場合において、第五項中「前項の規定による公示の日の翌々日から」とあるのは、「第七項において準用する前項の規定による公示によって」と読み替えるものとする。
前二条に規定するもののほか、旧鳥類法若しくは旧野生動植物法の規定により環境庁長官がした処分その他の行為又は旧野生動植物法の規定により環境庁長官に対してされている許可若しくは登録若しくは登録票の再交付の申請は、この法律の相当規定に基づいて環境庁長官がした処分その他の行為又は環境庁長官に対してされている許可若しくは登録若しくは登録票の再交付の申請とみなす。
旧法第二十三条第一項に規定する登録関係事務に従事する同条第五項に規定する指定登録機関の役員若しくは職員であった者又は旧法第三十三条の八第一項に規定する認定関係事務に従事する同条第三項に規定する指定認定機関の役員若しくは職員であった者に係る当該事務に関して知り得た秘密を漏らしてはならない義務については、この法律の施行後も、なお従前の例による。
この法律（附則第一条各号に掲げる規定にあっては、当該規定）の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
行政庁の処分その他の行為又は不作為についての不服申立てであってこの法律の施行前にされた行政庁の処分その他の行為又はこの法律の施行前にされた申請に係る行政庁の不作為に係るものについては、この附則に特別の定めがある場合を除き、なお従前の例による。
施行日前に、新法第三十条第三項（同条第六項及び新法第三十三条の五において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の届出に係る番号（以下この項において「届出番号」という。）に相当する番号が、旧法第三十条第一項若しくは第二項又は第三十三条の二の規定による届出をした者（次条第一項に規定する者を除く。）について通知がされているときは、当該番号は、届出番号とみなし、当該通知は、新法第三十条第三項の規定によりされた当該届出番号の通知とみなす。この場合において、同項中「第一項の規定による届出があったときは、届出に係る番号をその届出をした者に通知するとともに」とあるのは「絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の一部を改正する法律（平成二十九年法律第五十一号）（以下この項において「改正法」という。）の施行後速やかに」と、「その番号」とあるのは「改正法附則第五条の規定により同条に規定する届出番号とみなされた番号」とする。