法第三条第二項の国の貸付金の償還方法については、日本政策投資銀行法附則第十六条第三項及び沖縄振興開発金融公庫法附則第五条の三の規定による日本政策投資銀行等の貸付金（次項において「特定貸付金」という。）について定められる償還方法を考慮して、財務大臣が定める。
2前項の場合において、日本政策投資銀行等が特定貸付金について償還期限を繰り上げて償還を受けたときは、遅滞なく、当該償還を受けた額のうちの元本に相当する金額に当該特定貸付金に係る法第三条第二項の規定による国の貸付金の金額の当該特定貸付金の金額に占める割合を乗じて得た額に相当する金額を国に償還するものとする。
この政令の施行の際現に行われている中小企業総合事業団法附則第二十四条の規定による廃止前の繊維産業構造改善臨時措置法（昭和四十二年法律第八十二号）第十一条第一項に規定する繊維産業高度化促進施設を整備する事業であって、社会資本整備特別措置法第三条第一項の規定による国からの無利子の貸付金を財源として日本開発銀行が行う無利子の貸付けを受けた者が行っているものについては、旧社会資本整備特別措置法施行令第一条第八号の規定は、平成十二年三月三十一日までの間、なおその効力を有する。この場合において、同号中「繊維産業構造改善臨時措置法」とあるのは、「中小企業総合事業団法（平成十一年法律第十九号）附則第二十四条の規定による廃止前の繊維産業構造改善臨時措置法」とする。
2前項の規定によりなおその効力を有するとされた旧社会資本整備特別措置法施行令第一条第八号に規定する事業に係る資金について、社会資本整備特別措置法第三条第一項の規定により平成十二年三月三十一日までにされた資金の貸付けについては、同日後も、なお従前の例による。
改正後の予決令の規定、第七条の規定による改正後の厚生保険特別会計法施行令の規定、第十四条の規定による改正後の交付税及び譲与税配付金特別会計法施行令の規定、第十六条の規定による改正後の国営土地改良事業特別会計法施行令の規定、第十七条の規定による改正後の道路整備特別会計法施行令、自動車検査登録特別会計法施行令及び登記特別会計法施行令の規定、第十八条の規定による改正後の治水特別会計法施行令の規定、第二十三条の規定による改正後の石油及びエネルギー需給構造高度化対策特別会計法施行令の規定、第二十四条の規定による改正後の特定国有財産整備特別会計法施行令の規定、第二十五条の規定による改正後の労働保険特別会計法施行令の規定並びに第二十八条の規定による改正後の日本電信電話株式会社の株式の売払収入の活用による社会資本の整備の促進に関する特別措置法施行令の規定は、平成十七年度以降の予算に係る支出に関する事務（これに関連する会計事務を含む。以下この条において同じ。）の処理について適用し、平成十六年度以前の予算に係る支出に関する事務については、なお従前の例による。