登記機関は、登記等をするとき（第二十四条第一項の規定により同項に規定する書類が免許等をした後に提出される場合及び第二十四条の二第二項の納付の期限が免許等をした日後である場合並びに納付受託者が第二十四条の三第一項の規定による委託を受けた場合にあつては、財務省令で定めるとき）は、当該登記等につき課されるべき登録免許税の額の納付の事実を確認しなければならない。この場合において、当該納付が第二十二条、第二十三条第二項又は次条第三項の規定により印紙をもつてされたものであるときは、当該登記等の申請書（当該登記等が第二十三条の官庁又は公署の嘱託による場合にあつては、当該登記等の嘱託書）の紙面と印紙の彩紋とにかけて判明に消印しなければならない。
新研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち旧機構法第十一条第一項第七号イ若しくはロ若しくは第八号の事業又は新研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号若しくは第二号の事業の施行のため必要な土地又は建物に関する登記についての前条の規定による改正後の登録免許税法第五条の規定の適用については、同条第六号中「土地改良事業」とあるのは、「土地改良事業、独立行政法人森林総合研究所法（平成十一年法律第百九十八号）附則第九条第一項（業務の特例）に規定する業務のうち独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律（平成二十年法律第八号）による廃止前の独立行政法人緑資源機構法（平成十四年法律第百三十号）第十一条第一項第七号イ若しくはロ若しくは第八号（業務の範囲）に規定する事業若しくは独立行政法人森林総合研究所法附則第十一条第一項（業務の特例）に規定する業務のうち森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法（昭和四十九年法律第四十三号）第十九条第一項第一号若しくは第二号（業務の範囲）に規定する事業」とする。
この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令で定める。