（収益事業を行う法人の経理の区分）
第六条
公益法人等及び人格のない社団等は、収益事業から生ずる所得に関する経理と収益事業以外の事業から生ずる所得に関する経理とを区分して行わなければならない。
公益法人等及び人格のない社団等は、収益事業から生ずる所得に関する経理と収益事業以外の事業から生ずる所得に関する経理とを区分して行わなければならない。
昭和三十九年四月一日前に終了した事業年度において生じた新令第五十八条第三項（減価償却資産の償却範囲額）又は第六十五条第一項第二号（青色申告法人の繰延資産の償却範囲額の特例）に規定する償却費に係る不足額については、これらの規定中「三年以内」とあるのは、「五年以内」として、新令第五十八条又は第六十五条の規定を適用する。
2新令第六十四条（繰延資産の償却範囲額）及び第六十五条の規定は、施行日の属する事業年度開始の日以後支出する費用で繰延資産となるものについて適用し、同日前に支出した当該費用については、なお従前の例による。
法人の施行日以後に終了する事業年度につき租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和四十一年法律第三十五号）附則第十二条第一項（法人の新規重要物産の製造等による所得の免税に関する経過規定）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第五十八条の四（新規重要物産の製造等による所得の免税）の規定の適用を受ける法人については、次の表の上欄に掲げる新令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句にそれぞれ読み替えてこれらの規定を適用する。
新令第百三十六条の二（農産物の価格安定等のための負担金の損金算入）の規定は、法人が施行日以後に支出する同条に規定する負担金について適用し、同日前に支出した当該負担金については、なお従前の例による。
新令第四十条から第四十七条まで（株式の分割又は併合により取得した株式等の取得価額等）の規定は、昭和四十三年四月一日以後に新令第四十七条（旧株一株の従前の帳簿価額）に規定する増資等があつた場合について適用し、同日前に当該増資等があつた場合については、なお従前の例による。
新令第七十七条第二号（試験研究法人等の範囲）の規定は、法人が昭和四十八年四月一日以後に支出する寄付金について適用し、法人が同日前に支出した寄付金については、なお従前の例による。
法人の昭和四十九年四月一日から昭和五十年三月三十一日までの間に開始する事業年度に係る新令第百三条第一項又は第二項の規定の適用については、同条第一項中「計算した金額とする」とあるのは「計算した金額（当該金額が当該事業年度について法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和四十九年政令第七十七号）による改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第百三条第一項の規定により計算した金額を超える場合には、当該計算した金額に当該超える部分の金額の二分の一に相当する金額を加算した金額）とする」とし、同条第二項中「計算した金額とする」とあるのは「計算した金額（当該金額が当該事業年度について旧令第百三条第二項の規定により計算した金額を超える場合には、当該計算した金額に当該超える部分の金額の二分の一に相当する金額を加算した金額）とする」とする。
新令第百六十条第七項（適格退職年金契約の承認）の規定は、施行日以後に同項の届出書を提出する場合について適用する。
新令第百四十条（留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
施行日以後最初に開始する事業年度（以下この項において「改正事業年度」という。）終了の日において特別修繕引当金勘定の金額（法人税法第五十六条第二項（特別修繕引当金）に規定する特別修繕引当金勘定の金額をいう。以下この条において同じ。）を有する法人は、当該特別修繕引当金勘定の金額が次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額（以下この項において「累積限度額」という。）を超えるときは、改正事業年度から改正事業年度開始の日以後三年を経過した日の前日を含む事業年度までの各事業年度において当該超える部分の金額に当該事業年度の月数を乗じてこれを三十六で除して算出した金額（当該金額が当該事業年度終了の日における特別修繕引当金超過額（同日における特別修繕引当金勘定の金額が同日における累積限度額を超える場合におけるその超える部分の金額をいう。）を超えるときは、当該特別修繕引当金超過額）を取り崩さなければならない。
2前項の月数は、暦に従つて計算し、一月に満たない端数を生じたときは、これを一月とする。
3第一項の規定により取り崩すべきこととなつた特別修繕引当金勘定の金額は、その取り崩すべきこととなつた日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
4第一項の規定の適用がある場合における法人税法第五十六条第二項の規定の適用については、同項中「この項」とあるのは、「この項及び法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和五十六年政令第七十二号）附則第六条第一項（特別修繕引当金に関する経過措置）」とする。
新令第百十二条第一項（特別修繕引当金勘定への繰入限度額）の規定は、法人が施行日以後に取得又は建造若しくは築造をしてその事業の用に供する法人税法第五十六条第一項（特別修繕引当金）の固定資産について適用し、法人が施行日前に取得又は建造若しくは築造をした当該固定資産をその事業の用に供した場合については、なお従前の例による。
新令第九十七条（貸倒引当金勘定への繰入限度額）（同条第一項第三号を除く。）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第百四十条（留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。この場合において、租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和五十九年法律第六号）附則第十条（省エネルギー設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）又は租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和六十一年法律第十三号）附則第十二条（エネルギー利用効率化設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定の適用を受けるこれらの規定に規定する法人に係る新令第百四十条の規定の適用については、同条中「第三項（エネルギー基盤高度化設備を取得した場合の法人税額の特別控除）若しくは同法」とあるのは、「第三項（エネルギー基盤高度化設備を取得した場合の法人税額の特別控除）、租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和五十九年法律第六号）附則第十条第一項（省エネルギー設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第四十二条の四第三項（省エネルギー設備等を取得した場合の法人税額の特別控除）、租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和六十一年法律第十三号）附則第十二条第一項（エネルギー利用効率化設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第四十二条の五第二項若しくは第三項（エネルギー利用効率化設備等を取得した場合の法人税額の特別控除）若しくは租税特別措置法」とする。
前条の規定による改正後の法人税法施行令の一部を改正する政令附則第五条第三項の規定は、生命保険会社の施行日以後に終了する事業年度について適用し、生命保険会社の施行日前に終了した事業年度については、なお従前の例による。
新令第七十七条第一項（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、法人が施行日以後に支出する寄附金について適用し、法人が施行日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
新令第百三十八条第一項（借地権の設定等により地価が著しく低下する場合の土地等の帳簿価額の一部の損金算入）の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する借地権又は地役権の設定について適用し、法人が施行日前に行った借地権又は地役権の設定については、なお従前の例による。
第十三条の規定による改正後の法人税法施行令第百三十九条の十（資産に係る控除対象外消費税額等の損金算入）の規定は、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下この条において同じ。）が施行日以後に行う消費税法第二条第一項第十二号（定義）に規定する課税仕入れ及び施行日以後に同項第二号に規定する保税地域から引き取る同項第十一号に規定する課税貨物（地方税法等の一部を改正する法律（平成六年法律第百十一号）附則第五条第三項（経過措置対象課税仕入れ等）に規定する経過措置対象課税仕入れ等で同項第三号から第五号までに掲げるものに該当するものを除く。）について適用し、法人が施行日前に行った消費税法第二条第一項第十二号に規定する課税仕入れ及び施行日前に同項第二号に規定する保税地域から引き取った同項第十一号に規定する課税貨物（地方税法等の一部を改正する法律附則第五条第三項に規定する経過措置対象課税仕入れ等で同項第三号から第五号までに掲げるものに該当するものを含む。）については、なお従前の例による。
新令第百五十九条（適格退職年金契約の要件等）の規定は、信託会社等（同条第一項第二号に規定する信託会社、生命保険会社又は農業協同組合連合会をいう。以下この条において同じ。）が施行日以後に提出する新令第百六十条第一項（適格退職年金契約の承認）（同条第五項において準用する場合を含む。）に規定する申請書又は同条第六項若しくは第七項に規定する届出書に係る法人税法第八十四条第三項（適格退職年金契約等の意義）に規定する信託、生命保険又は生命共済の契約について適用し、信託会社等が施行日前に提出した改正前の法人税法施行令第百六十条第一項（同条第五項において準用する場合を含む。）に規定する申請書又は同条第六項若しくは第七項に規定する届出書に係る当該契約については、なお従前の例による。
2信託会社等が、施行日から平成十三年三月三十一日までの期間内において、平成十一年四月一日前にその締結した法人税法第八十四条第三項に規定する適格退職年金契約（同日以後において既にこの項の規定の適用を受けたものを除く。）に係る退職年金の給付に充てるために留保すべき金額の計算を行った結果として当該適格退職年金契約に係る新令第百五十九条第一項第三号の二に規定する予定利率（次項において「予定利率」という。）の変更をしようとする場合には、当該予定利率の変更は、これを同号に規定する財政再計算の時に行うものとみなして、新令第百六十条第四項、第五項及び第七項の規定を適用する。
3前項の規定は、平成十一年四月一日から平成十三年三月三十一日までの期間内の新令第百五十九条第一項第三号の二に規定する財政再計算の時においてその予定利率を変更した法人税法第八十四条第三項に規定する適格退職年金契約については、適用しない。
新令第四十八条（減価償却資産の償却の方法）（第一項第七号に係る部分を除く。）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
2新令第四十八条（第一項第七号に係る部分に限る。）の規定は、法人が平成十年十月一日以後に締結する同号に規定するリース取引に係る契約の目的とされている減価償却資産について適用する。
新令第百十九条（有価証券の取得価額）の規定は、法人が改正事業年度（施行日以後最初に開始する事業年度をいう。以下同じ。）開始の日以後に取得する有価証券について適用し、法人が同日前に取得した有価証券については、なお従前の例による。
新令第九十七条（貸倒実績率の特別な計算方法）の規定は、法人が平成十三年四月一日前に開始し、かつ、同日以後に終了する事業年度に分割承継法人、被現物出資法人又は被事後設立法人となる適格分割、適格現物出資又は適格事後設立を行った場合について準用する。
保険会社が施行日以後最初に開始する事業年度（以下この条において「改正事業年度」という。）開始の時において有する有価証券（償還期限の定めのあるものに限るものとし、新令第百十九条の二第三項第一号及び第二号（有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法）に掲げる有価証券に該当するものを除く。以下この条において同じ。）に係る改正事業年度以後の各事業年度における同項第三号から第五号までの規定の適用については、その有価証券のうち、改正事業年度開始の日において同項第三号に規定する債務の履行に備えるために保有している旨をその保有に関する帳簿書類に記載したものは、同号に掲げる有価証券（以下この条において「責任準備金対応有価証券」という。）とみなす。
2保険会社が改正事業年度開始の時において有する有価証券（新令第百十九条の二第一項第一号に掲げる移動平均法によりその一単位当たりの帳簿価額を算出するものに限る。以下この項において同じ。）が前項の規定により責任準備金対応有価証券とみなされた場合には、そのみなされた有価証券（以下この項において「開始時責任準備金対応有価証券」という。）の一単位当たりの帳簿価額は、その開始時責任準備金対応有価証券の改正事業年度の前事業年度終了の時における帳簿価額の合計額をその開始時責任準備金対応有価証券の総数で除して計算した金額とする。
3保険会社が改正事業年度開始の時において有する有価証券が第一項の規定により責任準備金対応有価証券とみなされた場合には、その時にそのみなされた有価証券を取得したものとみなして、新令第百十九条の五第二項（有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法の選定及びその手続）の規定を適用する。
新法人税法施行令第百十九条の三第二項、第百十九条の四第一項及び第百二十二条の二の規定は、法人の施行日の翌日から起算して六月を経過する日以後に終了する事業年度以後の各事業年度におけるこれらの規定に規定する時価評価について適用する。
新令第九条第四項（適格組織再編成により引継ぎを受ける利益積立金額等）の規定は、法人が施行日以後に行う適格分割型分割について適用し、法人が施行日前に行った適格分割型分割については、なお従前の例による。
新令第五十四条第四項（同項に規定する評価換えに係る部分に限る。）（減価償却資産の取得価額）の規定は、施行日以後に当該評価換えが行われた減価償却資産について適用する。
新令第四十八条第三項から第五項まで、第五十四条第四項及び第六十一条第一項（これらの規定のうち会社更生等評価換え（新令第四十八条第六項第四号に規定する会社更生等評価換えをいう。以下この項において同じ。）に係る部分に限る。）（減価償却資産の償却の方法等）の規定は、施行日以後に会社更生等評価換えが行われる新令第四十八条第三項の減価償却資産、同条第四項に規定する鉱業用減価償却資産若しくは鉱業権若しくは同条第五項の国外リース資産、新令第五十四条第四項に規定する減価償却資産又は新令第六十一条第一項に規定する減価償却資産について適用し、施行日前に会社更生法（平成十四年法律第百五十四号）又は金融機関等の更生手続の特例等に関する法律（平成八年法律第九十五号）の規定に従って評価換えが行われた旧令第四十八条第三項（減価償却資産の償却の方法）に規定する減価償却資産、同条第四項に規定する鉱業用減価償却資産若しくは鉱業権若しくは同条第五項の国外リース資産、旧令第五十四条第四項（減価償却資産の取得価額）に規定する減価償却資産又は旧令第六十一条第一項（減価償却資産の償却可能限度額）に規定する減価償却資産については、なお従前の例による。
2改正法附則第三十三条第十四項、第十五項、第十八項、第十九項又は第二十三項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける法人に係る新令第六十条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例）の規定の適用については、同項中「）又は」とあるのは「）若しくは」と、「）の規定」とあるのは「）又は所得税法等の一部を改正する法律（平成十七年法律第二十一号）附則第三十三条第十四項、第十五項、第十八項、第十九項若しくは第二十三項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第五条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第四十五条の二第二項（第一号に係る部分に限る。）、第四十六条（第一項第一号に係る部分に限る。）、第四十七条第一項、第四十七条の二（第三項第二号に係る部分に限る。）若しくは第四十八条（特定医療用建物の割増償却等）の規定」とする。
施行日に存する法人についての新令第九条第一項（利益積立金額）の規定の適用については、施行日前の同項第一号から第四号までに掲げる金額の合計額から施行日前の同項第五号から第九号までに掲げる金額の合計額を減算した金額に相当する金額は、施行日の前日における当該法人の旧法第二条第十八号（定義）に規定する利益積立金額又は同条第十八号の三に規定する連結個別利益積立金額に相当する金額とする。
2改正法第十三条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号。次条第二項において「旧租税特別措置法」という。）第六十七条の十第一項（株式交換又は株式移転に係る課税の特例）に規定する特定子会社が施行日から平成十八年九月三十日までの間に同項に規定する子会社株式等の譲渡を行う場合における同項の規定の適用を受ける当該特定子会社の同項の規定により損金の額に算入される金額は、新令第九条第一項の規定の適用については、同項第一号イに掲げる所得の金額に含まれるものとする。
3会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする利益の配当又は出資に係る剰余金の分配（商法第二百九十三条ノ五第一項（中間配当）に規定する金銭の分配又は資産の流動化に関する法律（平成十年法律第百五号）第百二条第一項（中間配当）若しくは特定目的会社による特定資産の流動化に関する法律等の一部を改正する法律（平成十二年法律第九十七号）第一条（特定目的会社による特定資産の流動化に関する法律の一部改正）の規定による改正前の特定目的会社による特定資産の流動化に関する法律第百二条第一項（中間配当）に規定する金銭の分配を含み、会社法第四百五十四条第一項若しくは第五項（剰余金の配当に関する事項の決定）の決議又は同法第四百五十九条第一項（剰余金の配当等を取締役会が決定する旨の定款の定め）の規定による定款の定めがある場合における取締役会の決議による剰余金の配当でその支払に係る基準日が会社法施行日前の日であるものを除く。以下この項において「配当等」という。）の額を支払う法人の当該配当等の額に係る新令第九条第一項の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同項の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
4会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に行われる新令第九条第二項第一号に規定する他の連結法人の株式の譲渡に係る同号ニ及びホの規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同項の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
新令第十一条第一号（有価証券に準ずるものの範囲）の規定は、法人が附則第一条第五号（施行期日）に定める日以後に取得する新令第十一条第一号に掲げる権利について適用し、法人が同日前に取得した旧令第十一条第一号及び第二号（有価証券に準ずるものの範囲）に掲げる権利については、なお従前の例による。
新令第九条第一項第一号ハ（利益積立金額）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度について適用する。
2新令第九条第一項第二号の規定は、法人が施行日以後に行う適格合併について適用する。
3新令第九条第一項第五号の規定は、法人が施行日以後に資本又は出資を有しないこととなる場合について適用する。この場合において、資本又は出資を有しない法人で施行日の前日に資本金等の額を有していたものは、施行日に資本又は出資を有しないこととなったものとみなして、同号の規定を適用する。
4施行日前に終了した事業年度において旧令第九条第一項第一号ハ（利益積立金額）に掲げる金額が生じた法人又は施行日前に同項第二号の合併を行った法人の新令第九条第一項の規定の適用については、施行日前の同項第一号から第六号までに掲げる金額の合計額から施行日前の同項第七号から第十一号までに掲げる金額の合計額を減算した金額は、施行日の前日における利益積立金額とする。
5新令第九条第二項第一号の規定は、連結法人が施行日以後に行う同号に規定する他の連結法人の株式の譲渡について適用し、連結法人が施行日前に行った旧令第九条第二項第一号に規定する他の連結法人の株式の譲渡については、なお従前の例による。
6施行日前に旧令第九条第二項第三号イに掲げる事由により連結法人とその連結法人が株式又は出資を有する他の連結法人との間に連結完全支配関係がなくなった場合については、なお従前の例による。
7新令第九条の二第一項第一号ハ（連結利益積立金額）の規定は、連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度について適用する。
8新令第九条の二第一項第五号の規定は、連結親法人が施行日以後に資本又は出資を有しないこととなる場合について適用する。この場合において、資本又は出資を有しない連結親法人で施行日の前日に連結個別資本金等の額を有していたものは、施行日に資本又は出資を有しないこととなったものとみなして、同号の規定を適用する。
9施行日前に終了した連結事業年度において旧令第九条の二第一項第一号ハ（連結利益積立金額）に掲げる金額が生じた連結法人の新令第九条の二第一項の規定の適用については、施行日前の同項第一号から第六号までに掲げる金額の合計額から施行日前の同項第七号及び第八号に掲げる金額の合計額を減算した金額は、施行日の前日における連結利益積立金額とする。
施行日の前日の属する事業年度において棚卸資産について旧令第二十八条第一項第一号ハ（棚卸資産の評価の方法）に掲げる後入先出法又は同号ヘに掲げる単純平均法により算出した取得価額による原価法（当該原価法により評価した価額を基礎とする同項第二号に掲げる低価法を含む。以下第四項までにおいて「旧評価方法」という。）を選定している法人（以下第四項までにおいて「旧評価方法適用法人」という。）が、施行日から平成二十二年三月三十一日までの間に開始する各事業年度（以下この項及び第三項第一号において「経過事業年度」という。）において、その選定に係る事業の種類及び資産の区分（新令第二十九条第一項（棚卸資産の評価の方法の選定）に規定する事業の種類及び資産の区分をいう。以下この条において同じ。）に属する当該経過事業年度終了の時において有する棚卸資産（当該経過事業年度において当該事業の種類及び資産の区分に属する棚卸資産につき新令第二十八条第一項各号（棚卸資産の評価の方法）に掲げる方法（次項から第四項までにおいて「新評価方法」という。）を選定している場合又は新令第二十八条の二第一項（棚卸資産の特別な評価の方法）の承認を受けている場合における当該棚卸資産を除く。）について、その決算の基礎となった棚卸資産の受入れ及び払出しに関する帳簿に、その後の各事業年度における棚卸資産の評価額の計算の基礎とすべきものとして旧評価方法により計算した金額を記載した場合には、その記載した棚卸資産については、旧令第二十八条（第一項第一号ハ及びヘに係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。
2旧評価方法適用法人が、施行日以後最初に開始する事業年度から平成二十二年四月一日以後最初に開始する事業年度までの各事業年度（次項第二号及び第四項において「移行事業年度」という。）において、棚卸資産（旧評価方法を選定している事業の種類及び資産の区分に属するものに限る。）について選定した評価の方法を新評価方法に変更しようとする場合において、その変更しようとする事業年度に係る新法第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書の提出期限（新法第七十二条第一項（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に規定する期間について同項各号に掲げる事項を記載した中間申告書を提出する場合には、その中間申告書の提出期限）までに、その旨及び新令第三十条第二項（棚卸資産の評価の方法の変更手続）に規定する財務省令で定める事項を記載した届出書を納税地の所轄税務署長に提出したときは、当該届出書をもって同項の申請書とみなし、当該届出書の提出をもって同条第一項の承認があったものとみなす。
3旧評価方法適用法人が次の各号に掲げる場合に該当する場合には、当該各号に定める事業年度において、当該各号に規定する棚卸資産につき評価の方法を選定しなかったものとみなして、新令第三十一条第一項（棚卸資産の法定評価方法）の規定を適用する。
4移行事業年度に該当する事業年度（解散の日の属する事業年度及び清算中の各事業年度並びに被合併法人の合併（適格合併を除く。）の日の前日の属する事業年度を除く。）において、旧評価方法適用法人の有する棚卸資産（旧評価方法を選定している事業の種類及び資産の区分に属するものに限る。）について、第二項若しくは新令第三十条の規定によりその評価の方法を新評価方法に変更し、又は新令第二十八条の二第一項の承認を受けた場合（前項の規定の適用を受ける場合を含む。）において、その変更し、又はその承認を受けた事業年度（前項の規定の適用を受ける場合には、同項の規定の適用を受ける事業年度。以下この項において「変更事業年度」という。）終了の時における当該棚卸資産のその変更後の評価の方法又はその承認に係る評価の方法（前項の規定の適用を受ける場合には、新令第三十一条第一項に規定する評価の方法。次項において「変更後評価方法」という。）により計算した評価額が、その変更前の評価の方法又はその承認前の評価の方法（前項の規定の適用を受ける場合には、その選定していた評価の方法。次項において「変更前評価方法」という。）により計算することとした場合の評価額を超えるときは、その超える部分の金額（以下この条において「評価変更調整金額」という。）から当該評価変更調整金額を八十四で除して計算した金額に当該変更事業年度の月数を乗じて計算した金額を控除した金額は、その旧評価方法適用法人の当該変更事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
5前項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする事業年度の確定申告書（当該事業年度の中間申告書で新法第七十二条第一項各号に掲げる事項を記載したものを提出する場合には、その中間申告書。次項において同じ。）に前項の規定の適用を受けようとする棚卸資産の変更後評価方法により計算した評価額及び変更前評価方法により計算した評価額その他財務省令で定める事項を記載した書類の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、同項の規定により損金の額に算入されるべき金額は、これらの評価額として記載された金額を基礎として計算した金額を限度とする。
6税務署長は、第四項の規定により損金の額に算入されることとなる金額の全部又は一部につき前項の書類の添付がない確定申告書の提出があった場合においても、その書類の添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、その書類の添付がなかった金額につき第四項の規定を適用することができる。
7第四項の規定の適用を受けた法人は、その適用を受けた事業年度後の各事業年度において、第一号に掲げる金額（当該事業年度が解散の日、被合併法人の合併（適格合併を除く。）の日の前日、同項の規定の適用を受けた棚卸資産と事業の種類及び資産の区分を同じくする棚卸資産（以下この条において「適用資産」という。）に係る事業の全部を廃止した日若しくは適用資産の全部を有しなくなった日の属する事業年度（第九項の規定の適用を受ける同項に規定する適格分割等により適用資産の全部を有しなくなった日の属する事業年度を除く。）である場合又は同号に掲げる金額が第二号に掲げる金額を超える場合には、同号に掲げる金額）を、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
8第四項の規定の適用を受けた法人を被合併法人とする適格合併が行われた場合には、当該適格合併に係る合併法人の当該適格合併の日の属する事業年度以後の各事業年度においては、当該合併法人を同項の規定の適用を受けた法人とみなして、前項の規定を適用する。この場合において、当該合併法人の次の各号に掲げる事業年度における同項の規定の適用については、当該各号に定めるところによる。
9第四項の規定の適用を受けた法人を分割法人等（分割法人又は現物出資法人をいう。）とする適格分割等（適格分割又は適格現物出資をいう。）が行われた場合において、当該法人が当該適格分割等により適用資産に係る事業の全部又は一部を移転したときは、当該法人の次の各号に掲げる事業年度における第七項の規定の適用については、当該各号に定めるところによる。
10前項の規定は、同項に規定する法人が同項に規定する適格分割等の日以後二月以内に移転調整金額及び残存調整金額、これらの金額の計算の基礎その他財務省令で定める事項を記載した書類を納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。
11第九項に規定する適格分割等が行われた場合において、当該適格分割等に係る分割承継法人等（分割承継法人又は被現物出資法人をいう。）が同項の規定の適用を受けた法人から適用資産に係る事業の移転を受けたときは、当該分割承継法人等の当該適格分割等の日の属する事業年度以後の各事業年度においては、当該分割承継法人等を第四項の規定の適用を受けた法人とみなして、第七項の規定を適用する。この場合において、当該分割承継法人等の次の各号に掲げる事業年度における同項の規定の適用については、当該各号に定めるところによる。
12第四項、第七項から第九項まで及び前項の月数は、暦に従って計算し、一月に満たない端数を生じたときは、これを切り捨てる。
13所得税法等の一部を改正する等の法律（平成二十九年法律第四号）第二条の規定による改正後の法人税法第十条の三第一項（課税所得の範囲の変更等）に規定する特定普通法人等（以下この項及び次項において「特定普通法人等」という。）が公益法人等に該当することとなる場合には、その該当することとなる日の前日に当該特定普通法人等が解散したものとみなして、第四項及び第七項の規定を適用する。
14特定普通法人等が、当該特定普通法人等を被合併法人とし、公益法人等を合併法人とする合併（適格合併に限る。）を行った場合には、当該合併は適格合併に該当しないものとみなして、第四項、第七項及び第八項の規定を適用する。
15第一項の規定の適用がある場合における新令第三十二条第一項（棚卸資産の取得価額）及び第三十三条（棚卸資産の取得価額の特例）の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる新令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
平成二十二年四月一日から同年九月三十日までの間における十月旧令第十四条の六第二項（連結納税における株式の保有関係等）の規定の適用については、同項中「第四条の二第二十二項」とあるのは、「第四条の三第二十二項」とする。
新令第四十八条第五項（第三号イ及び第四号に係る部分に限る。）（減価償却資産の償却の方法）の規定は、法人が施行日以後に行う同項第三号イに掲げる評価換え又は同項第四号に掲げる期中評価換え等について適用し、法人が施行日前に行った旧令第四十八条第五項第三号イ（減価償却資産の償却の方法）に掲げる評価換え又は同項第四号に掲げる期中評価換え等については、なお従前の例による。
2新令第五十七条（耐用年数の短縮）の規定は、法人が平成二十三年四月一日以後に開始する事業年度において施行日以後に同条第一項の承認を受ける場合のその承認に係る減価償却資産の同項に規定する償却限度額の計算について適用し、法人が同年四月一日前に開始した事業年度において旧令第五十七条第一項（耐用年数の短縮）の承認を受けた場合（同日以後に開始する事業年度において施行日前に同項の承認を受ける場合を含む。）のその承認に係る減価償却資産の同項に規定する償却限度額の計算については、なお従前の例による。
3法人が平成二十三年三月三十一日以前に開始した事業年度において旧令第六十条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例）の承認を受けた場合（同年四月一日以後に開始する事業年度において施行日前に同項の承認を受ける場合を含む。）のその承認に係る減価償却資産の同項に規定する償却限度額の計算については、なお従前の例による。
新令第百十三条第二項及び第三項（引継対象外未処理欠損金額の計算に係る特例）（同条第四項において準用する場合を含む。）並びに同条第六項及び第七項の規定は、施行日以後に確定申告書等（新法第七十一条第一項（中間申告）の規定による申告書で新法第七十二条第一項各号（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に掲げる事項を記載したもの及び新法第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書をいう。以下同じ。）の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。
2新令第百十三条の二第十四項（特定株主等によって支配された欠損等法人の欠損金の繰越しの不適用）の規定は、施行日以後に確定申告書等の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。
新令第百四十二条第一項（控除限度額の計算）の規定は、内国法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、内国法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。この場合において、改正法附則第二十二条第一項（沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の十（沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）の規定の適用を受ける内国法人に係る新令第百四十二条第一項の規定の適用については、同項中「）の規定」とあるのは、「）並びに租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第二十二条（沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の十第五項（連結納税の承認を取り消された場合の経営革新設備等に係る法人税額）の規定」とする。
新令第百二十三条の八第十二項及び第十五項（特定資産に係る譲渡等損失額の損金不算入）の規定は、法人税法第六十二条の七第一項（特定資産に係る譲渡等損失額の損金不算入）の内国法人と施行日以後に当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなった支配関係法人（同項に規定する支配関係法人をいう。以下この条において同じ。）との間で行われる同項に規定する特定適格組織再編成等について適用し、当該内国法人と施行日前に当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなった支配関係法人との間で行われた同項に規定する特定適格組織再編成等については、なお従前の例による。
新令第八十四条（第四号に係る部分に限る。）（保険金等の範囲）の規定は、法人が施行日以後に支払を受ける法人税法第四十七条第一項（保険金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入）に規定する保険金等（以下この条において「保険金等」という。）について適用し、法人が施行日前に支払を受けた保険金等については、なお従前の例による。
新令第百三十八条第一項（第一号ロに係る部分に限る。）（借地権の設定等により地価が著しく低下する場合の土地等の帳簿価額の一部の損金算入）の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する借地権の設定について適用する。
新令第二編第一章第一節第二款第五目（減価償却資産の償却の方法）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の新令第四十八条第一項（減価償却資産の償却の方法）に規定する償却限度額の計算について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の旧令第四十八条第一項（減価償却資産の償却の方法）に規定する償却限度額の計算については、なお従前の例による。
2施行日以後最初に終了する事業年度において、新令第十三条第一号及び第二号（減価償却資産の範囲）に掲げる減価償却資産につき選定した償却の方法（その償却の方法を届け出なかった法人がよるべきこととされている新令第五十三条（減価償却資産の法定償却方法）に規定する償却の方法を含む。）を変更しようとする場合（二以上の事業所を有する法人で事業所ごとに償却の方法を選定していないものが事業所ごとに償却の方法を選定しようとする場合を含む。）において、法人税法第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書の提出期限（施行日の属する同法第七十二条第一項（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に規定する期間について同項各号に掲げる事項を記載した中間申告書を提出する場合には、その中間申告書の提出期限）又は同法第百四十四条の六第一項若しくは第二項（確定申告）の規定による申告書の提出期限（施行日の属する同法第百四十四条の四第一項又は第二項（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に規定する期間について同条第一項各号又は第二項各号に掲げる事項を記載した中間申告書を提出する場合には、その中間申告書の提出期限）までに、新たな償却の方法、変更しようとする理由その他財務省令で定める事項を記載した届出書を納税地の所轄税務署長に提出したときは、当該届出書をもって新令第五十二条第二項（減価償却資産の償却の方法の変更手続）の申請書とみなし、当該届出書の提出をもって同条第一項の承認があったものとみなす。
3法人が施行日の前日の属する事業年度の当該前日以前の期間内に減価償却資産について支出した金額について新令第五十五条第四項又は第五項（資本的支出の取得価額の特例）の規定により当該事業年度の翌事業年度開始の時において新たに取得したものとされる減価償却資産に係る法人税法施行令第四十八条の二第一項（第一号又は第三号に係る部分に限る。）（減価償却資産の償却の方法）及び第四十八条の三第一項（適格分社型分割等があった場合の減価償却資産の償却の方法）の規定の適用については、当該減価償却資産は、施行日前に取得をされた資産に該当するものとする。
新令第九条第一項第八号（同号に規定する剰余金の配当及び利益の配当に係る部分に限る。）、第十一号及び第十二号（利益積立金額）の規定は、法人が施行日以後に同項第八号に規定する剰余金の配当若しくは利益の配当、同項第十一号に規定する株式分配又は新令第八条第一項第十八号（資本金等の額）に規定する資本の払戻し等を行う場合について適用する。
2施行日前に旧法第二条第十二号の六（定義）に規定する現物分配（旧令第九条第一項第八号（利益積立金額）に規定する剰余金の配当若しくは利益の配当又は旧令第八条第一項第十六号（資本金等の額）に規定する資本の払戻し等に限る。）を行った法人の新令第九条第一項の規定の適用については、当該現物分配に係る旧令第九条第一項第八号又は第十一号に掲げる金額をもって、当該現物分配に係る新令第九条第一項第八号、第十一号及び第十二号に掲げる金額とみなす。
平成三十一年四月一日前に法人税法第四条の二（連結納税義務者）に規定する他の内国法人が改正法第二条の規定による改正前の法人税法（以下「旧法」という。）第四条の三第一項（連結納税の承認の申請）の申請書を提出した場合における旧令第十四条の七第一項（連結納税の承認の申請手続等）の規定による届出については、なお従前の例による。
2新令第十四条の七第三項（連結納税の承認の手続等）の規定は、法人税法第四条の二に規定する他の内国法人が平成三十一年四月一日以後に連結親法人又は同条に規定する内国法人との間に完全支配関係（同条に規定する政令で定める関係に限る。）を有することとなる場合における同項に規定する書類の提出について適用し、同条に規定する他の内国法人が同日前に連結親法人又は同条に規定する内国法人との間に完全支配関係（同条に規定する政令で定める関係に限る。）を有することとなった場合における旧令第十四条の七第四項に規定する書類の提出については、なお従前の例による。
新令第百十一条の二第二項の規定は、施行日以後に行われる合併及び分割型分割について適用し、施行日前に行われた合併及び分割型分割については、なお従前の例による。
新令第百十九条の十三の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
2法人の施行日以後に終了する事業年度（令和三年三月三十一日以前に開始するものに限る。）においては、その有する有価証券（新令第百十九条の十三第一項第五号に掲げる有価証券を除く。）については、旧令第百十九条の十三の規定により計算した金額を法人税法第六十一条の三第一項第一号に規定する政令で定めるところにより計算した金額とみなして、同条の規定を適用することができる。
新法人税法施行令第二十三条第一項第一号の規定の適用については、同号の合併に係る被合併法人の当該合併の日の前日の属する事業年度が連結事業年度である場合には、当該事業年度終了の時の連結個別資本金等の額を同号の資本金等の額とみなす。
2新法人税法施行令第二十三条第一項第二号から第四号までの規定の適用については、同項第二号の分割型分割に係る分割法人、同項第三号の株式分配に係る現物分配法人若しくは同項第四号に規定する払戻し等に係る同号イに規定する払戻等法人の当該分割型分割、株式分配若しくは払戻し等の日の属する事業年度又はその前事業年度が連結事業年度である場合には当該分割法人、現物分配法人又は払戻等法人の連結個別資本金等の額及び旧法人税法施行令第二十三条第一項第二号イに規定する連結個別利益積立金額を当該分割法人、現物分配法人又は払戻等法人の資本金等の額及び新法人税法施行令第二十三条第一項第二号イに規定する利益積立金額と、当該分割型分割、株式分配又は払戻し等の日以前六月以内に旧法人税法施行令第二十三条第一項第二号イに規定する連結中間申告書を提出し、かつ、その提出の日から当該分割型分割、株式分配又は払戻し等の日までの間に確定申告書又は連結確定申告書を提出していなかった場合には当該連結中間申告書に係る旧法人税法第八十一条の二十第一項に規定する期間を新法人税法施行令第二十三条第一項第二号イに規定する前事業年度と、それぞれみなす。
3新法人税法施行令第二十三条第一項第六号イの規定の適用については、同号に規定する自己株式の取得等に係る同号イに規定する取得等法人の当該自己株式の取得等の日の属する事業年度が連結事業年度である場合には、当該自己株式の取得等の直前の連結個別資本金等の額を当該直前の資本金等の額とみなす。
新令第百十九条の三第五項から第八項まで及び第百十九条の四（新令第百十九条の三第五項に係る部分に限る。）の規定は、内国法人の施行日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用する。
2新令第百十九条の三第五項の他の通算法人が、令和二年改正法附則第二十九条第一項の規定により法人税法第六十四条の九第一項の規定による承認があったものとみなされた内国法人（令和二年改正前法人税法第二条第十二号の六の七に規定する連結親法人であったものに限る。以下この条において「経過連結親法人」という。）の施行日の前日の属する連結事業年度終了の日において当該経過連結親法人との間に連結完全支配関係（令和二年改正前法人税法第二条第十二号の七の七に規定する連結完全支配関係をいう。以下この条において同じ。）があった内国法人（同日の翌日において当該経過連結親法人との間に通算完全支配関係を有しなくなったものを除く。第四項において「経過連結子法人」という。）である場合における当該他の通算法人に係る新令第百十九条の三第七項第一号に規定する通算完全支配関係発生日は、当該他の通算法人が当該経過連結親法人との間に連結完全支配関係を有することとなった日とする。
3経過連結親法人が、施行日以後最初に開始する事業年度終了の日までに、経過適格合併（当該事業年度開始の日以前に行われた適格合併のうち、経過対象子法人（その適格合併の日の前日において当該経過連結親法人との間に連結完全支配関係があった法人をいう。以下この項において同じ。）を被合併法人及び合併法人とするもの並びに経過対象子法人のみを被合併法人とする合併で法人を設立するものをいう。以下この項及び次項において同じ。）に係る被合併法人を新令第百十九条の三第六項の他の通算法人と、当該経過適格合併が行われたことを同項第二号の通算終了事由と、当該被合併法人が当該経過連結親法人との間に連結完全支配関係を有することとなった日を同条第七項第一号に規定する通算完全支配関係発生日と、それぞれみなして同条第六項の規定を適用するものとした場合に同項第二号に掲げる金額として計算される金額につきこの項の規定の適用を受ける旨その他財務省令で定める事項を記載した書類を納税地の所轄税務署長に提出した場合には、当該経過適格合併に係る合併法人の株式又は出資に係る同条第六項の規定の適用については、当該経過適格合併を同条第七項第五号に規定する通算内適格合併と、当該計算される金額を同項第六号に規定する被合併法人調整勘定対応金額と、それぞれみなす。
4新令第百十九条の三第六項の他の通算法人である経過連結子法人（経過適格合併に係る被合併法人を含む。以下この項において「経過連結子法人等」という。）が連結完全支配関係発生日（当該経過連結子法人等が同条第六項の内国法人に係る通算親法人である経過連結親法人との間に連結完全支配関係を有することとなった日をいう。以下この項において同じ。）の前日の属する事業年度（平成二十九年十月一日前に終了したものに限る。）において令和二年改正前法人税法第六十一条の十一第一項又は第六十一条の十二第一項の規定の適用を受けていた場合には、当該経過連結子法人等の株式又は出資に係る新令第百十九条の三第六項第二号に規定する減算した金額（前項の規定によりみなして計算される同号に規定する減算した金額を含む。以下この項において「調整対象金額」という。）は、当該調整対象金額から当該連結完全支配関係発生日において当該経過連結子法人等が有する営業権（法人税法施行令第百二十三条の十第三項に規定する独立取引営業権を除く。）の価額（当該営業権が当該調整対象金額の計算の基礎となった新令第百十九条の三第七項第三号ロに掲げる資産に該当する場合には、当該営業権に係る同号ロに定める金額のうちその計算の基礎となった部分の金額を控除した金額）に相当する金額を減算した金額とする。
5新令第百十九条の三第十項から第十六項まで及び第百十九条の四（新令第百十九条の三第十項から第十六項までに係る部分に限る。）の規定は、法人が令和二年四月一日以後に開始した事業年度において受ける新令第百十九条の三第十項に規定する対象配当等の額について適用する。
新令第百十八条の六第二項の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
2新令第百十八条の七第五項の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用する。
3改正法附則第九条第二項に規定する政令で定めるものは、同項に規定する改正事業年度終了の時から継続して新令第百十八条の七第三項各号に掲げる要件のいずれかに該当する法人税法第六十一条第一項に規定する暗号資産とする。
新令第二十三条第一項第二号及び第三号の規定は、施行日以後に行われる同項第二号の分割型分割及び同項第三号の株式分配について適用し、施行日前に行われた旧令第二十三条第一項第二号の分割型分割及び同項第三号の株式分配については、なお従前の例による。
新令第百三十九条の五の二の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。