法第三十六条に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、五千万円の範囲内において、まず法第三十三条の四第一項の規定により控除すべき金額から成るものとし、同項の規定の適用がない場合又は同項の規定により控除すべき金額が五千万円に満たない場合には、五千万円又は当該満たない部分の金額の範囲内において、順次法第三十五条第一項、第三十四条第一項、第三十四条の二第一項、第三十五条の二第一項、第三十四条の三第一項及び第三十五条の三第一項の規定により控除すべき金額から成るものとして計算した金額とする。
前条の規定による改正後の租税特別措置法施行令の一部を改正する政令附則第五条の規定は、昭和六十三年分以後の所得税について適用し、昭和六十二年分以前の所得税については、なお従前の例による。
改正法附則第三十一条第七項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第八十一条の規定に基づく旧令第四十四条の規定は、なおその効力を有する。
新令第三十九条の五第二十二項及び第二十六項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
改正法附則第四十条第二項の規定の適用がある場合における航空機燃料税法施行令第五条の規定の適用については、同条第一号及び第二号中「数量」とあるのは、「税率の異なるごとに区分した数量」とする。
2改正法附則第四十条第二項の規定の適用がある場合における航空機燃料税法施行令第九条の規定の適用については、同条第二号及び第三号中「航空機燃料の数量」とあるのは、「航空機燃料の税率の異なるごとに、その数量」とする。
改正法附則第三十二条第三項の規定により、平成十三年一月一日から平成十四年十二月三十一日までの間に、個人が贈与（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。以下同じ。）により取得した新法第七十条の三第一項に規定する住宅取得資金について同項の規定が適用される場合において、当該個人が、当該住宅取得資金を贈与により取得した日の属する年の翌年一月一日から三月十五日までの間に、同条第二項第四号ロに規定する住宅用の家屋及び土地として政令で定めるものを譲渡したときにおける同項第二号及び同条第四項の規定並びに新令第四十条の五第六項の規定の適用については、新法第七十条の三第二項第二号中「であること」とあるのは「であり、かつ、当該贈与を受けた年の翌年に係る当該合計所得金額が千二百万円以下となる見込みであること」と、同条第四項中「受けている者の同年」とあるのは「受けている者（租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十三年政令第百四十一号）附則第二十四条第一項の適用を受ける者を含む。）の同年」と、新令第四十条の五第六項中「適用がある場合」とあるのは「適用がある場合（租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十三年政令第百四十一号）附則第二十四条第一項の規定の適用がある場合を含む。）」と、「同条第一項」とあるのは「法第七十条の三第一項」とする。
2新令第四十条の五第十二項の規定は、前項の場合について準用する。
3改正法附則第三十二条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第七十条の三の規定に基づく旧令第四十条の五の規定は、なおその効力を有する。
4改正法附則第三十二条第六項の規定の適用がある場合における同項各号に掲げる者に対する新法第七十条の四第十五項から第十八項まで、第七十条の五及び第七十条の六第二十五項の規定の適用については、次に定めるところによる。
5新法第七十条の四第十五項から第十八項までの規定の適用がある場合における改正法附則第三十二条第六項各号に掲げる者に対する租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和五十年法律第十六号）附則第二十条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（第一号において「昭和五十年旧法」という。）第七十条の四第一項、租税特別措置法の一部を改正する法律（平成三年法律第十六号）附則第十九条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法による改正前の租税特別措置法（第二号において「平成三年旧法」という。）第七十条の四第一項及び第二項、租税特別措置法の一部を改正する法律（平成七年法律第五十五号）附則第三十六条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（第三号において「平成七年旧法」という。）第七十条の四第一項及び第三項、租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第十三号）第一条の規定による改正前の租税特別措置法（第四号及び第七項において「平成十二年旧法」という。）第七十条の四第一項及び第三項並びに旧法第七十条の四第一項及び第三項の規定の適用については、次に定めるところによる。
6改正法附則第三十二条第九項の規定の適用がある場合における同項各号に掲げる者に対する新法第七十条の六第二十項から第二十四項までの規定の適用については、次に定めるところによる。
7新法第七十条の六第二十項から第二十四項までの規定の適用がある場合における改正法附則第三十二条第九項各号に掲げる者に対する租税特別措置法の一部を改正する法律（平成三年法律第十六号）附則第十九条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（第一号において「平成三年旧法」という。）第七十条の六第一項及び第七項、平成十二年旧法第七十条の六第一項及び第七項並びに旧法第七十条の六第一項及び第七項の規定の適用については、次に定めるところによる。
新令第二十八条第一項第三号の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第四十三条第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十三条第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
2新令第二十八条の三第五項及び第六項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十三条の三第二項に規定する保全事業等資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十三条の三第二項に規定する保全事業等資産については、なお従前の例による。
3新令第二十八条の八第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は建設をする新法第四十四条の五第一項に規定する特定余暇利用施設について適用し、法人が施行日前に取得又は建設をした旧法第四十四条の五第一項に規定する特定余暇利用施設については、なお従前の例による。
4新令第二十八条の十二第五項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十四条の九第一項に規定する再商品化設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十四条の九第一項に規定する再商品化設備等については、なお従前の例による。
5改正法附則第二十三条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十五条の規定に基づく旧令第二十八条の十四（旧法第四十五条第一項の表の第一号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。
6新令第二十八条の十四第二項、第十項及び第十一項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十五条第一項に規定する工業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十五条第一項に規定する工業用機械等（同項の表の第一号の第三欄に掲げる資産を除く。）については、なお従前の例による。
7新令第二十八条の十六第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をする新法第四十五条の三第一項に規定する医療用機器等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧法第四十五条の三第一項に規定する医療用機器等については、なお従前の例による。
8改正法附則第二十三条第十三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十六条の規定に基づく旧令第二十九条（旧法第四十六条第一項第一号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、漁業再建整備特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十三号）の施行の日以後における旧令第二十九条の規定の適用については、同条第一項中「漁業再建整備特別措置法施行令」とあるのは「漁業再建整備特別措置法施行令及び中小漁業融資保証法施行令の一部を改正する政令（平成十四年政令第二百二十九号）第一条の規定による改正前の漁業再建整備特別措置法施行令（昭和五十一年政令第百三十二号）」と、「漁業再建整備特別措置法第五条第一項」とあるのは「漁業再建整備特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十三号）第一条の規定による改正前の漁業再建整備特別措置法（昭和五十一年法律第四十三号。第四項までにおいて「旧漁業再建整備法」という。）第五条第一項」と、「同法」とあるのは「旧漁業再建整備法」と、同条第二項第一号中「漁業再建整備特別措置法」とあり、及び「同法」とあるのは「旧漁業再建整備法」と、同条第三項及び第四項中「漁業再建整備特別措置法」とあるのは「旧漁業再建整備法」とする。
9改正法附則第二十三条第十五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十六条の三（第一項第三号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十九条の三の規定は、なおその効力を有する。
10改正法附則第二十三条第十七項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条（第一項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十九条の四の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第五項第二号中「都市計画法」とあるのは「建築基準法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第八十五号。以下この項において「建築基準法等改正法」という。）第二条の規定による改正前の都市計画法（以下この項において「旧都市計画法」という。）」と、「同法」とあるのは「旧都市計画法」と、「建築基準法」とあるのは「建築基準法等改正法第一条の規定による改正前の建築基準法（次号において「旧建築基準法」という。）」と、同項第三号中「都市計画法」とあるのは「旧都市計画法」と、「都市再開発法」とあるのは「建築基準法等改正法第三条の規定による改正前の都市再開発法」と、「建築基準法」とあるのは「旧建築基準法」とする。
11法人が、施行日前に、その取得し、又は新築した賃貸住宅に係る改正法附則第二十三条第十七項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条第一項に規定する供用日（次項において「供用日」という。）から同条第一項第一号に掲げる優良賃貸住宅に該当するものとして同項の規定の適用を受けようとする事業年度開始の日の前日までの期間内の日を含む各連結事業年度において当該賃貸住宅につき法人税法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十九号）附則第二十八条第四項の規定により読み替えて適用する同法第三条の規定による改正後の租税特別措置法第六十八条の三十四第一項の規定の適用を受けている場合において、当該適用を受けた最初の連結事業年度の法人税法第二条第三十一号の三に規定する連結確定申告書（次項において「連結確定申告書」という。）に法人税法施行令等の一部を改正する政令（平成十四年政令第二百七十一号）第二条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第三十九条の六十三第三項に規定する財務省令で定める書類の添付があるときは、前項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の四第八項に規定する最初の事業年度の確定申告書に同項に規定する財務省令で定める書類の添付があったものとみなす。
12法人が、施行日前に、その取得し、又は新築した賃貸住宅に係る供用日から改正法附則第二十三条第十七項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条第一項第二号イ又はロに掲げる優良賃貸住宅に該当するものとして同項の規定の適用を受けようとする事業年度開始の日の前日までの期間内の日を含む各連結事業年度において当該賃貸住宅につき法人税法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十九号）附則第二十八条第四項の規定により読み替えて適用する同法第三条の規定による改正後の租税特別措置法第六十八条の三十四第一項の規定の適用を受けている場合において、当該適用を受けた最初の連結事業年度の連結確定申告書に法人税法施行令等の一部を改正する政令（平成十四年政令第二百七十一号）第二条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第三十九条の六十三第五項に規定する財務省令で定める書類の添付があるときは、第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の四第九項に規定する最初の事業年度の確定申告書に同項に規定する財務省令で定める書類の添付があったものとみなす。
13改正法附則第二十三条第十九項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条の二の規定に基づく旧令第二十九条の五の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第五項中「幹線道路の沿道の整備に関する法律第九条第二項」とあるのは、「建築基準法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第八十五号）第四条の規定による改正前の幹線道路の沿道の整備に関する法律第九条第二項」とする。
14法人が、施行日前に、その取得し、又は新築した建築物に係る改正法附則第二十三条第十九項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条の二第一項に規定する供用日から同項の規定の適用を受けようとする事業年度開始の日の前日までの期間内の日を含む各連結事業年度において当該建築物につき法人税法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十九号）附則第二十八条第五項の規定により読み替えて適用する同法第三条の規定による改正後の租税特別措置法第六十八条の三十五第一項の規定の適用を受けている場合において、当該適用を受けた最初の連結事業年度の法人税法第二条第三十一号の三に規定する連結確定申告書に法人税法施行令等の一部を改正する政令（平成十四年政令第二百七十一号）第二条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第三十九条の六十四第三項に規定する財務省令で定める書類の添付があるときは、前項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の五第十項に規定する最初の事業年度の確定申告書に同項に規定する財務省令で定める書類の添付があったものとみなす。
15新令第二十九条の六第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は建設をする新法第四十八条第一項に規定する倉庫用建物等について適用する。
16改正法附則第二十三条第二十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十八条の規定に基づく旧令第二十九条の六の規定は、なおその効力を有する。
17法人が、施行日前に、その取得し、又は建設した建物又は構築物に係る改正法附則第二十三条第二十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十八条第一項に規定する供用日から同項の規定の適用を受けようとする事業年度開始の日の前日までの期間内の日を含む各連結事業年度において当該建物又は構築物につき法人税法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十九号）附則第二十八条第六項の規定により読み替えて適用する同法第三条の規定による改正後の租税特別措置法第六十八条の三十六第一項の規定の適用を受けている場合において、当該適用を受けた最初の連結事業年度の法人税法第二条第三十一号の三に規定する連結確定申告書に法人税法施行令等の一部を改正する政令（平成十四年政令第二百七十一号）第二条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第三十九条の六十五第三項に規定する財務省令で定める書類の添付があるときは、前項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の六第三項に規定する最初の事業年度の確定申告書に同項に規定する財務省令で定める書類の添付があったものとみなす。
新令第三十九条の十五第一項、第二項及び第七項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の新法第六十六条の六第一項に規定する未処分所得の金額の計算について適用し、旧令第三十九条の十五第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の旧法第六十六条の六第一項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。
2新令第三十九条の十七第一項及び第二項の規定は、新法第六十六条の六第三項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合について適用し、旧法第六十六条の六第三項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合については、なお従前の例による。
新令第三十九条の十三第十七項の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
改正法附則第四十条第一項に規定する政令で定める承継は、適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立（以下この項において「適格合併等」という。）に係る被合併法人、分割法人、現物出資法人又は事後設立法人が施行日前から同条第一項に規定する組合契約に係る同項に規定する組合員となっていた場合における当該組合員たる地位の当該適格合併等による承継とする。
2施行日から有限責任事業組合契約に関する法律の施行の日の前日までの間における新令第三十九条の三十一の規定の適用については、同条第四項中「法第六十七条の十三第一項及び第二項、法第六十七条の十四第一項」とあるのは、「法第六十七条の十四第一項」とする。
新法第四十二条の四第三項又は第七項に規定する法人のこれらの規定の適用を受けようとする事業年度又は当該事業年度開始の日の前日を含む事業年度（以下この項において「適用事業年度等」という。）の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額（同条第一項に規定する試験研究費の額をいう。以下この項において同じ。）のうち特別償却実施額（当該適用事業年度等において旧法第四十四条の三第一項に規定する開発研究用設備（以下この項において「開発研究用設備」という。）の償却費として損金の額に算入された金額から次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額を控除した残額をいう。）がある場合には、新法第四十二条の四第三項又は第七項の規定の適用については、当該適用事業年度等における試験研究費の額は、当該試験研究費の額から当該特別償却実施額を控除した金額とする。
2前項の場合において、新法第四十二条の四第三項又は第七項に規定する法人のこれらの規定の適用を受けようとする事業年度開始の日の前日を含む事業年度が連結事業年度に該当し、かつ、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額（新法第六十八条の九第一項に規定する試験研究費の額をいう。以下この項において同じ。）のうち特別償却実施額（当該連結事業年度において旧法第六十八条の二十の二第一項に規定する開発研究用設備の償却費として損金の額に算入された金額から附則第三十七条第一項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額を控除した残額をいう。）があるときは、新法第四十二条の四第三項又は第七項の規定の適用については、当該連結事業年度における試験研究費の額は、当該試験研究費の額から当該特別償却実施額を控除した金額とする。
3新令第二十七条の四第二十項の規定の適用を受ける法人が旧令第二十七条の四第二十三項の規定の適用を受けた法人である場合には、同項に規定する合理的な方法について受けた認定は、新令第二十七条の四第二十項に規定する合理的な方法について受けた認定とみなし、旧令第二十七条の四第二十三項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等は、新令第二十七条の四第二十項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等とみなす。
4新令第二十七条の四第二十項の規定の適用を受ける法人（前項の規定の適用を受けるものを除く。）の同条第二十項に規定する分割等が施行日以後最初に開始する事業年度開始の日前に行われたものである場合における同項の認定及び届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。
改正法附則第八十六条第二項の規定により国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）第二十三条第一項の更正の請求をしようとする個人は、同条第三項に規定する更正請求書に、同項に規定する事項のほか、平成十九年分の所得税につき改正法附則第八十六条第一項に規定する電子情報処理組織を使用して同項の確定申告書の提出を行った年月日及び所得税法第二条第一項第四十二号に規定する出国をした年月日を記載しなければならない。
新令第二十五条の十の十一第八項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、新法第三十七条の十一の四第三項の金融商品取引業者等が平成二十二年一月一日以後に同項の規定による還付をする場合について適用し、旧法第三十七条の十一の四第四項の金融商品取引業者等が同日前に同項の規定による還付をした場合については、なお従前の例による。
新令第三十三条の九第四項（第四号に係る部分に限る。）の規定は、法人の附則第一条第六号に定める日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新令第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新令第三十九条の二十二第二項第十三号の規定は、法人が施行日以後に支出する同号に掲げる業務に係る基金に充てるための負担金について適用する。
施行日から平成二十四年六月三十日までの間における新令第三十九条の九十の二の規定の適用については、同条第四項中「第六十八条の五十七第一項、第六十八条の六十二第一項」とあるのは、「第六十八条の六十二第一項」とする。
改正法附則第八十条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十五（第三項第一号及び第二号並びに旧法第四十七条の二第三項第三号に掲げる建築物に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十四の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第六項中「法第四十七条の二第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十五年法律第五号）附則第六十七条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第四十七条の二第一項」と、「第二十九条の五第九項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十五年政令第百十四号）附則第十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令第二十九条の五第九項」とする。
新令第三十九条の十二第九項の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新令第二十五条の十三の三第二項の規定は、施行日以後に同項の規定により同項に規定する所轄税務署長に提供する事項について適用し、施行日前に旧令第二十五条の十三の三第二項の規定により同項に規定する所轄税務署長に提供した事項については、なお従前の例による。
新令第三十九条の十八第一項の規定は、同項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する調整適用対象金額について適用し、旧令第三十九条の十八第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する調整適用対象金額については、なお従前の例による。
新令第三十九条の三十九第八項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧令第三十九条の三十九第十二項の規定（旧令第二十七条の四第十一項の規定を含む。）の適用を受けたものである場合には、旧令第三十九条の三十九第十二項に規定する合理的な方法について受けた認定は新令第三十九条の三十九第八項に規定する合理的な方法について受けた認定と、旧令第三十九条の三十九第十二項の分割等に係る同項の分割法人等の連結親法人（当該分割法人等が連結親法人である場合には、当該分割法人等）及び分割承継法人等の連結親法人（当該分割承継法人等が連結親法人である場合には、当該分割承継法人等）がした同項に規定する届出は新令第三十九条の三十九第八項に規定する届出と、それぞれみなす。ただし、当該分割等に係る同項第一号イ若しくはロに規定する移転試験研究費の額、同項第二号イ若しくはロに規定する月別移転試験研究費の額又は同項第三号に規定する移転試験研究費の額若しくは月別移転試験研究費の額に同条第三項第二号に定める費用の額が含まれる場合は、この限りでない。
2新令第三十九条の三十九第十項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧令第三十九条の三十九第十四項の規定（旧令第二十七条の四第十三項の規定を含む。）の適用を受けたものである場合には、旧令第三十九条の三十九第十四項の現物分配に係る被現物分配法人の連結親法人（当該被現物分配法人が連結親法人である場合には、当該被現物分配法人）がした同項に規定する届出は、新令第三十九条の三十九第十項に規定する届出とみなす。ただし、当該被現物分配法人が当該現物分配により同条第三項第二号に掲げる試験研究の用に供される資産の移転を受けている場合は、この限りでない。
3新令第三十九条の三十九第十八項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧令第三十九条の三十九第十九項の規定（旧令第二十七条の四第二十項の規定を含む。）の適用を受けたものである場合には、旧令第三十九条の三十九第十九項に規定する合理的な方法について受けた認定は新令第三十九条の三十九第十八項に規定する合理的な方法について受けた認定と、旧令第三十九条の三十九第十九項の分割等に係る同項の分割法人等の連結親法人（当該分割法人等が連結親法人である場合には、当該分割法人等）及び分割承継法人等の連結親法人（当該分割承継法人等が連結親法人である場合には、当該分割承継法人等）がした同項に規定する届出は新令第三十九条の三十九第十八項に規定する届出と、それぞれみなす。
4新令第三十九条の三十九第二十項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧令第三十九条の三十九第二十一項の規定（旧令第二十七条の四第二十二項の規定を含む。）の適用を受けたものである場合には、旧令第三十九条の三十九第二十一項の現物分配に係る被現物分配法人の連結親法人（当該被現物分配法人が連結親法人である場合には、当該被現物分配法人）がした同項に規定する届出は、新令第三十九条の三十九第二十項に規定する届出とみなす。ただし、当該被現物分配法人が当該現物分配により同条第三項第二号に掲げる試験研究の用に供される資産の移転を受けている場合は、この限りでない。
5新令第三十九条の三十九第八項、第十項、第十八項又は第二十項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同条第八項若しくは第十八項の分割等（第一項又は第三項の規定の適用に係るものを除く。）又は同条第十項若しくは第二十項の現物分配（第二項又は前項の規定の適用に係るものを除く。）が施行日以後最初に開始する連結親法人事業年度（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。附則第二十八条第一項において同じ。）開始の日前に行われたものである場合における新令第三十九条の三十九第八項又は第十八項の認定及び同条第十項又は第二十項の届出その他前各項の規定の適用に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。
改正法附則第八十九条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧法第四十二条の五第二項若しくは第三項の規定、改正法附則第八十六条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧法第四十二条の十二第一項から第三項までの規定又は改正法附則第八十六条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧法第四十二条の十二の五第一項の規定の適用がある場合における租税特別措置法施行令第二十七条の十三第二項の規定の適用については、同項中「又は第四十二条の十二の五の二第六項」とあるのは、「若しくは第四十二条の十二の五の二第六項又は所得税法等の一部を改正する法律（平成三十年法律第七号）附則第八十九条第二項、第九十一条第四項若しくは第九十二条第二項」とする。
2施行日から附則第一条第十号に定める日の前日までの間における新令第二十七条の十三第二項及び前項の規定の適用については、同条第二項中「、第四十二条の十二の五第七項又は第四十二条の十二の六第六項」とあるのは「又は第四十二条の十二の五第七項」と、前項中「第四十二条の十二の六第六項」とあるのは「第四十二条の十二の五第七項」とする。
新令第三十九条の十二の四第一項の規定は、施行日以後に開始する租税特別措置法第六十六条の四の四第四項第七号に規定する最終親会計年度に係る同条第一項に規定する国別報告事項について適用し、施行日前に開始した同号に規定する最終親会計年度に係る同項に規定する国別報告事項については、なお従前の例による。
新令第二十五条の二十七第八項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、租税特別措置法第四十条の七第一項に規定する外国関係法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額について適用する。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が分割等（分割又は現物出資をいう。）について新令第三十九条の三十九第九項の規定の適用を受ける場合には、当該分割等に係る旧令第三十九条の三十九第八項の合理的な方法について受けた同項の認定（旧令第二十七条の四第九項の認定を含む。）は当該分割等に係る新令第三十九条の三十九第九項の合理的な方法について受けた同項の認定と、当該分割等についてされた旧令第三十九条の三十九第八項の届出（旧令第二十七条の四第九項の届出を含む。）は当該分割等についてされた新令第三十九条の三十九第九項の届出と、それぞれみなす。ただし、次に掲げる場合は、この限りでない。
2連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が現物分配（法人税法第二条第十二号の五の二に規定する現物分配をいう。以下この条において同じ。）について新令第三十九条の三十九第十一項の規定の適用を受ける場合には、当該現物分配についてされた旧令第三十九条の三十九第十項の届出（旧令第二十七条の四第十一項の届出を含む。）は、当該現物分配についてされた新令第三十九条の三十九第十一項の届出とみなす。
3連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が現物分配について新令第三十九条の三十九第十八項の規定の適用を受ける場合には、当該現物分配についてされた旧令第三十九条の三十九第十項の届出（旧令第二十七条の四第十一項の届出を含む。）又は旧令第三十九条の三十九第二十五項の届出（旧令第二十七条の四第二十六項の届出を含む。）は、当該現物分配についてされた新令第三十九条の三十九第十八項の届出とみなす。
4新令第三十九条の三十九第二十六項（第三号、第四号、第九号及び第十号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に支出する同条第二十七項第二号に定める試験研究費の額について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に支出した旧令第三十九条の三十九第十八項第二号に定める試験研究費の額については、なお従前の例による。
5新令第三十九条の三十九第二十六項（第七号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に締結する同号に規定する委任契約等に基づいて行われる同号に掲げる試験研究について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に締結した旧令第三十九条の三十九第十七項第六号に規定する契約又は協定に基づいて行われる同号に掲げる試験研究については、なお従前の例による。
6連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が現物分配について新令第三十九条の三十九第三十一項の規定の適用を受ける場合には、当該現物分配についてされた旧令第三十九条の三十九第二十五項の届出（旧令第二十七条の四第二十六項の届出を含む。）は、当該現物分配についてされた新令第三十九条の三十九第三十一項の届出とみなす。
7新令第三十九条の三十九第九項、第十一項、第十六項、第十八項、第三十項又は第三十一項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同条第九項、第十六項若しくは第三十項の分割等（第一項の規定の適用に係るものを除く。）又は同条第十一項、第十八項若しくは第三十一項の現物分配（第二項、第三項又は前項の規定の適用に係るものを除く。）が施行日以後最初に開始する連結事業年度開始の日前に行われたものである場合における同条第九項、第十六項又は第三十項の認定及び届出並びに同条第十一項、第十八項又は第三十一項の届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。
改正法附則第五十八条第二項各号に掲げる製造たばこの本数に一本未満の端数がある場合には、その端数を切り捨てるものとする。