法第九条第二項又は第三十三条第二項において準用する法第四条第四項の規定により港湾区域の変更について国土交通大臣又は都道府県知事に協議し、その同意を得ようとする港湾管理者は、次に掲げる事項を記載した港湾区域変更協議書を国土交通大臣又は都道府県知事に提出するものとする。
2前項の協議書には、同項第二号及び第三号に掲げる事項を示す図面並びに当該区域の新旧の対照を示す図面を添付するものとする。
この省令の施行前に運輸省令の規定により行われた聴聞、聴問若しくは聴聞会（不利益処分に係るものを除く。）又はこれらのための手続は、この省令による改正後の関係省令の相当規定により行われたものとみなす。
この省令の施行前に交付した改正前のそれぞれの省令の規定による証票、身分証明書及び職員証は、改正後のそれぞれの省令の規定による証票、身分証明書及び職員証とみなす。
港湾の施設の技術上の基準を定める省令（平成十九年国土交通省令第十五号）附則第二項に規定する技術基準対象施設（以下単に「技術基準対象施設」という。）の建設又は改良を行おうとする者については、第二条の規定による改正後の港湾法施行規則（以下「新規則」という。）第三条の五及び第十一条の二の規定は、適用しない。
2技術基準対象施設の建設を行おうとする者については、新規則第二十七条の四の規定は、適用しない。
3新規則第五条及び第二十九条の規定にかかわらず、技術基準対象施設の建設又は改良を行おうとする者がする法第三十八条の二第一項及び第五十六条の三第一項の規定による届出については、なお従前の例による。
改正法附則第三条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第二条の規定による改正前の港湾法第五十五条の規定の適用については、第一条の規定による改正前の港湾法施行規則第十七条の十の規定は、なおその効力を有する。
改正法附則第二条第四項の国土交通省令で定める事項は、当該認定を受けた者に係る港湾法第三十七条の六第一項の認定について改正法による改正前の同条第二項の規定により公示された事項とする。
2この省令による改正後の港湾法施行規則第三条の十二の規定は、改正法附則第二条第四項に規定する特定事項のうち国土交通省令で定めるものについて準用する。