法第二条第一項の国土交通省令で定める日本船舶以外の船舶は、条約の締約国の船舶とする。
2法第二条第一項第二号の国土交通省令で定める船舶は、次に掲げる船舶とする。
更新免許者等（改正法附則第四条第二項に規定する更新免許者及び改正法附則第七条第一項の規定により旧資格（改正法附則第四条第一項に規定する旧資格をいう。以下同じ。）に相当する新資格（改正法附則第四条第一項に規定する新資格をいう。以下同じ。）に係る免許を受けた者をいう。以下同じ。）又は改正法附則第八条第二項の規定により旧資格に相当する新資格に係る免許を受けた者は、この省令による改正後の船舶職員法施行規則（以下「新規則」という。）第三条第一項の規定の適用については、改正法附則第四条第一項の規定により受けたものとみなされ、若しくは改正法附則第七条第一項の規定により受けた免許（以下「更新免許等」という。）又は改正法附則第八条第二項の規定により受けた免許に係る次の各号に掲げる新資格の区分に応じ、それぞれ当該各号に定める講習の課程を修了したものとみなす。
この省令の施行前に次の表の上欄に掲げる行政庁が法律若しくはこれに基づく命令の規定によりした許可、認可その他の処分又は契約その他の行為（以下「処分等」という。）は、同表の下欄に掲げるそれぞれの行政庁がした処分等とみなし、この省令の施行前に同表の上欄に掲げる行政庁に対してした申請、届出その他の行為（以下「申請等」という。）は、同表の下欄に掲げるそれぞれの行政庁に対してした申請等とみなす。
改正法附則第三条の規定により学科試験の免除を受けようとする者は、船舶職員法の一部を改正する法律（平成十四年法律第六十号。以下「新改正法」という。）による改正後の船舶職員及び小型船舶操縦者法（以下「新法」という。）による一級海技士（電子通信）、二級海技士（電子通信）又は三級海技士（電子通信）の資格について新法の規定による海技士国家試験（以下「海技試験」という。）を申請する際改正法附則第三条の国土交通大臣の指定する講習の課程を修了したことを証明する書類を提出しなければならない。
2改正法附則第三条の規定により学科試験の免除を受けようとする者が次の各号のいずれかに該当する者である場合には、同条の規定の適用については、当該者は、改正法第二条の規定の施行の際現に同条の規定による改正前の船舶職員法（以下「旧法」という。）による二級海技士（通信）の資格の海技従事者である者とみなす。
この省令による改正前の船員法施行規則第十七号書式による災害補償審査（仲裁）申請書、水先法施行規則第一号様式による水先人免許申請書、第三号様式による水先免状再交付申請書、第四号様式による水先人免許更新申請書、第五号様式による水先人試験／第一次／第二次／受験申請書並びに第十二号様式による納付書、自動車登録番号標交付代行者規則別記様式による標識、自動車整備士技能検定規則第一号様式による自動車整備士技能検定申請書、自動車事故報告規則別記様式による自動車事故報告書、道路運送車両法施行規則第一号様式の三による封印取付受託者の標識、第四号様式による回送運行許可証、第十二号様式の三による検査標章、第十五号様式による軽自動車届出書、第十六号様式による軽自動車届出済証、第十七号様式の二による臨時運転番号標貸与証並びに第十七号様式の三による軽自動車届出済証記入申請書、船舶職員法施行規則の一部を改正する省令（平成十一年運輸省令第四号）別記様式による海技免状引換え申請書、第二号様式による海技従事者免許申請書、第三号様式による限定解除申請書、第六号様式による登録事項（海技免状）訂正申請書、第七号様式による海技免状更新申請書、第九号様式による海技免状再交付申請書、第十一号様式その一による海技士（航海）・海技士（機関）・海技士（通信）及び海技士（電子通信）の資格に係る海技従事者国家試験申請書（一）、第十一号様式その二による小型船舶操縦士の資格に係る海技従事者国家試験申請書、第十三号様式による船舶職員養成の実施状況報告書、第十五号様式による乗組み基準特例許可申請書、第十五号様式の二による締約国資格受有者承認申請書・登録事項（承認証）訂正申請書・承認証再交付申請書、第十六号様式その一による納付書並びに第十六号様式その二による納付書、船舶に乗り組む医師及び衛生管理者に関する省令第一号様式による衛生管理者資格認定申請書、道路交通に関する条約の実施に伴う道路運送車両法の特例等に関する法律施行規則第三号様式による登録証書、自動車の登録及び検査に関する申請書等の様式等を定める省令第十号様式による登録事項等通知書、第十一号様式による抹消登録証明書、第十二号様式から第十四号様式までによる登録事項等証明書、第十五号様式による自動車検査証、第十六号様式による自動車検査証返納証明書、第十七号様式による自動車予備検査証並びに第十八号様式による限定自動車検査証、旅行業法施行規則第一号様式による新規登録申請書、変更登録申請書及び更新登録申請書、第三号様式による旅行業者登録簿及び旅行業者代理業者登録簿、第四号様式による登録事項変更届出書、第五号様式による変更届出添付書類、第六号様式による取引額報告書、第十一号様式及び第十二号様式による旅行業登録票並びに第十三号様式及び第十四号様式による旅行業者代理業登録票、船舶安全法の規定に基づく事業場の認定に関する規則第十号様式による変更承認申請書並びに船舶料理士に関する省令第一号様式による船舶料理士資格証明書交付申請書及び第三号様式による船舶料理士資格証明書再交付申請書は、この省令による改正後のそれぞれの書式又は様式にかかわらず、当分の間、なおこれを使用することができる。
この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式又は書式による申請書、証明書その他の文書は、この省令による改正後のそれぞれの様式又は書式にかかわらず、当分の間、なおこれを使用することができる。
この省令による改正前の船舶職員法施行規則（以下「旧規則」という。）第五十六条第二号ニの船橋当直三級海技士（航海）第二種養成施設又は同号ヘの機関当直三級海技士（機関）第二種養成施設の課程を修了した者が、当該船舶職員養成施設の発行する修了証明書を添えてこの省令による改正後の船舶職員及び小型船舶操縦者法施行規則（以下「新規則」という。）第三十七条に規定する海技試験の申請をしたときは、それぞれ船橋当直三級海技士（航海）の資格又は機関当直三級海技士（機関）の資格の海技試験のうちの筆記試験を免除する。ただし、当該海技試験の開始期日前に当該養成施設の課程を修了した日から起算して十五年を経過する場合は、この限りでない。
この省令の施行の際現に十八歳以上の者が受けている一級小型船舶操縦士及び二級小型船舶操縦士の資格に係る操縦免許のうちこの省令による改正前の船舶職員及び小型船舶操縦者法施行規則（以下「旧規則」という。）第六十八条第一号の規定のみによる技能限定がなされているものは、この省令の施行後は、当該技能限定がなされていないものとみなす。
2この省令の施行の際現に十八歳未満の者が受けている二級小型船舶操縦士の資格に係る操縦免許のうち旧規則第六十八条第一号の規定のみによる技能限定がなされているものは、この省令の施行後は、この省令による改正後の船舶職員及び小型船舶操縦者法施行規則（以下「新規則」という。）第六十八条第二号の規定による技能限定がなされたものとみなす。
3この省令の施行の際現に二級小型船舶操縦士の資格に係る操縦免許のうち旧規則第六十八条第一号及び第二号の規定による技能限定がなされているものは、この省令の施行後は、新規則第六十八条第一号の規定による技能限定がなされたものとみなす。
この省令の施行の際現に海技士（機関）に係る海技免許を受けている者（法第五条第三項の規定により履歴限定が解除されている者を除く。）に対するこの省令による改正前の船舶職員及び小型船舶操縦者法施行規則（以下「旧規則」という。）別表第二の規定の適用については、平成二十八年十二月三十一日までの間は、なお従前の例による。その者がこの省令の施行の日（以下「施行日」という。）後に当該免許より上級の資格についての海技免許を受けた場合（平成二十五年七月一日以降に上級の資格についての海技免許を受けるための乗船履歴を積み始めた場合を除く。）又は当該免許と同一の資格についての限定をしない海技免許を受けた場合も、同様とする。
この省令による改正前の船舶職員及び小型船舶操縦者法施行規則第十号様式による海技試験申請書については、この省令による改正後の船舶職員及び小型船舶操縦者法施行規則第十号様式にかかわらず、当分の間、なおこれを使用することができる。
この省令による改正後の船舶職員及び小型船舶操縦者法施行規則（以下「新規則」という。）第二条の七第二号に掲げる船舶については、新規則の規定にかかわらず、当分の間、なお従前の例によることができる。
この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式による申請書は、この省令による改正後の様式にかかわらず、当分の間、これを取り繕って使用することができる。