人事院及び実施機関（人事院が指定する国の機関及び独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二条第四項に規定する行政執行法人（以下「行政執行法人」という。）をいう。以下同じ。）は、この法律及び人事院規則で定めるところにより、この法律に定める補償の実施の責めに任ずる。
2前項の規定は、人事院にこの法律の実施に関する責任を免かれさせるものではない。
3実施機関は、この法律及び人事院が定める方針、基準、手続、規則及び計画に従つて補償の実施を行わなければならない。
4実施機関が第一項の規定により行うべき責務を怠り、又はこの法律、人事院規則及び人事院指令に違反して補償の実施を行つた場合には、人事院は、その是正のため必要な指示を行うことができる。
この法律の施行の際現に旧法の規定による第一種障害補償を受けることができる者には、この法律による改正後の国家公務員災害補償法（以下「新法」という。）の規定による障害補償年金を支給する。
第二条の規定による改正後の国家公務員災害補償法の一部を改正する法律（以下「改正後の昭和四十一年法」という。）附則第八条第一項の規定は障害補償年金及び遺族補償年金のうち施行日以後の期間に係る分について、同条第二項の規定は施行日以後に支給すべき事由の生じた休業補償について適用し、障害補償年金及び遺族補償年金のうち施行日前の期間に係る分並びに施行日前に支給すべき事由の生じた休業補償については、なお従前の例による。
新法附則第四項の規定は障害補償年金を受ける権利を有する者が昭和五十六年十一月一日以後に死亡した場合について、新法附則第八項の規定は同日以後に障害補償年金を支給すべき事由が生じた場合について適用する。
新補償法第四条第三項第二号の規定は、この法律の公布の日以後に発生した事故に起因する公務上の災害又は通勤による災害に係る補償について適用する。
昭和六十年四月一日前に支給すべき事由が生じた傷病補償年金、障害補償年金又は遺族補償年金に係る平均給与額に関する改正後の国家公務員災害補償法（以下「新補償法」という。）第四条の二第一項の規定の適用については、同項中「前条の規定により平均給与額として計算した額」とあるのは「昭和六十年四月一日における当該年金たる補償に係る平均給与額」と、「当該年金たる補償の補償事由発生日の属する年度の四月一日」とあるのは「昭和六十年四月一日」とする。
職員が公務上負傷し、若しくは疾病にかかり、若しくは通勤により負傷し、若しくは疾病にかかり、平成十六年七月一日からこの法律の施行の日の属する月の末日までの間に治ったとき、又は当該期間において障害補償年金を受ける者の当該障害の程度に変更があったときにおける新国公災法第十三条第一項又は第七項の規定による障害補償に係る新国公災法別表の規定の適用については、同表第七級の項第六号中「の母指」とあるのは「の母指及び示指、母指若しくは示指」と、同表第八級の項第三号中「以外」とあるのは「及び示指以外」と、同項第四号中「の母指」とあるのは「の母指及び示指、母指若しくは示指」と、同表第九級の項第一三号中「以外」とあるのは「及び示指以外」と、同表第一〇級の項第七号中「母指又は」とあるのは「示指を失つたもの又は一手の母指若しくは」と、同表第一一級の項第八号中「示指、中指又は環指を失つたもの」とあるのは「中指若しくは環指を失つたもの又は一手の示指の用を廃したもの」と、同表第一二級の項第一〇号中「示指、中指」とあるのは「中指」と、同表第一三級の項第七号中「母指」とあるのは「母指若しくは示指」と、「もの」とあるのは「もの又は一手の示指の遠位指節間関節を屈伸することができなくなつたもの」と、同表第一四級の項第六号及び第七号中「母指」とあるのは「母指及び示指」とする。
国家公務員災害補償法第一条第一項に規定する職員が公務上負傷し、若しくは疾病にかかり、若しくは通勤により負傷し、若しくは疾病にかかり、施行日前に治ったとき、又は施行日前に障害補償年金を受ける者の当該障害の程度に変更があったときにおける第一条の規定による改正前の国家公務員災害補償法第九条第四号に掲げる障害補償については、なお従前の例による。