都道府県知事は、私立大学及び私立高等専門学校以外の私立学校について、学校教育法第四条第一項の認可をし、又は同法第十三条第一項の規定により学校の閉鎖を命ずるときは、あらかじめ、私立学校審議会の意見を聴かなければならない。
2文部科学大臣は、私立大学又は私立高等専門学校について、学校教育法第四条第一項の認可（私立大学又は私立高等専門学校の設置の認可を除く。）をし、又は同法第十三条第一項の規定により学校の閉鎖を命ずるときは、あらかじめ、同法第九十五条に規定する審議会等の意見を聴かなければならない。
この法律の施行前に旧法第五十九条の規定（旧法附則第十七項の規定に基づく旧法第五十九条の規定を含む。）によりした助成に関しては、前条に規定するものを除き、なお従前の例による。
新法第四十六条の規定は、平成十六年四月一日以後に始まる会計年度に係る決算及び事業の実績について適用する。
政府は、会社法（平成十七年法律第八十六号）及び一般社団法人及び一般財団法人に関する法律（平成十八年法律第四十八号）における法人の役員の資格を成年被後見人又は被保佐人であることを理由に制限する旨の規定について、この法律の公布後一年以内を目途として検討を加え、その結果に基づき、当該規定の削除その他の必要な法制上の措置を講ずるものとする。
新私立学校法第百四十一条（新私立学校法第百五十二条第六項において準用する場合を含む。）において準用する一般社団法人及び一般財団法人に関する法律第二百七十九条、第二百八十条の二、第二百八十一条第四項及び第二百八十三条第一項の規定は、施行日以後に提起された役員又は清算人の責任を追及する訴えについて適用する。