厚生労働大臣は、第十五条第一項の規定による確認又は標準報酬（標準報酬月額及び標準賞与額をいう。以下同じ。）の決定若しくは改定を行ったときは、その旨を船舶所有者に通知しなければならない。
2船舶所有者は、前項の通知があったときは、速やかに、これを被保険者又は被保険者であった者に通知しなければならない。
3被保険者が被保険者の資格を喪失した場合において、その者の所在が明らかでないため前項の通知をすることができないときは、船舶所有者は、厚生労働大臣にその旨を届け出なければならない。
4厚生労働大臣は、前項の届出があったときは、所在が明らかでない者について第一項の規定により船舶所有者に通知した事項を公告しなければならない。
5厚生労働大臣は、船舶所有者の所在が明らかでない場合その他やむを得ない事情のため第一項の通知をすることができない場合においては、同項の通知に代えて、その通知すべき事項を公告しなければならない。
前条に規定する障害年金について昭和四十四年十一月一日以後その額を改定する場合におけるその額の算定に関しては、この法律による改正後の船員保険法第四十一条第一項第一号中「左ニ掲グル額ヲ合算シタル金額（十五年以上被保険者タリシ者ニ関シテハ十五年以上一年ヲ増ス毎ニ其ノ一年ニ対シ平均標準報酬日額ノ六日分ニ相当スル金額ヲ加ヘタル金額トス）」とあるのは、「最終標準報酬月額ニ廃疾ノ程度ニ応ジ別表第一中欄ニ定ムル月数ヲ乗ジテ得タル額ト廃疾ノ程度ニ応ジ厚生年金保険法及び船員保険法の一部を改正する法律（昭和四十四年法律第七十八号）附則第二十四条ノ表中欄ニ定ムル金額トヲ合算シタル金額（十五年以上被保険者タリシ者ニ関シテハ十五年以上一年ヲ増ス毎ニ其ノ一年ニ対シ平均標準報酬日額ノ六日分ニ相当スル額ヲ加ヘタル金額トシ其ノ額同表下欄ニ定ムル金額ニ満タザルトキハ同表下欄ニ定ムル金額トス）」とする。
昭和五十五年八月一日から施行日の前日までの間のいずれかの日において船員保険法第五十条ノ三ノ二の規定により加給すべき金額が加給されている遺族年金を受ける権利を有する者（同法第二十三条ノ七第一項の規定により当該遺族年金が支給されている者に限る。）の当該遺族年金については、引き続き同項の規定により支給される間、第二条の規定による改正後の同法第二十三条ノ七第四項中「除クモノトシ」とあるのは「、厚生年金保険法等の一部を改正する法律（昭和五十五年法律第八十二号）第二条ノ規定ニ依ル改正前ノ船員保険法第五十条ノ三ノ二ノ規定ニ依リ加給スベキ金額アルトキハ其ノ金額ニ相当スル額ヲ夫々除クモノトシ」と、「第五十条ノ三ノ二」とあるのは「厚生年金保険法等の一部を改正する法律（昭和五十五年法律第八十二号）第二条ノ規定ニ依ル改正前ノ船員保険法第五十条ノ三ノ二」とする。
この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
新船員保険法第五十八条第一項の規定は、平成七年度以後の年度に係る国庫の負担額について適用する。
この法律の施行前に和議開始の申立てがあった場合又は当該申立てに基づきこの法律の施行前若しくは施行後に和議開始の決定があった場合においては、当該申立て又は決定に係る次の各号に掲げる法律の規定に定める事項に関する取扱いについては、この法律の附則の規定による改正後のこれらの規定にかかわらず、なお従前の例による。
協会は、附則第一条第三号に掲げる規定の施行の日の前日までに、平成二十二年改正後船員保険法第百二十二条第一項の災害保健福祉保険料率（次項において「災害保健福祉保険料率」という。）を決定しなければならない。
2前条第二項から第五項までの規定は、前項の災害保健福祉保険料率の決定について準用する。
附則第三条から第十条まで、第十三条及び第十五条に定めるもののほか、国立高度専門医療研究センターの設立に伴い必要な経過措置その他この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。