会長は、特に優れた研究又は業績があり、人格が高潔で、かつ、会議の業務を適切かつ効果的に運営することができる能力を有する会員のうちから、総会が、その決議により選任する。
2会長の任期は、選任の時から、当該選任後三年以内に到来する会員の任期の末日以後最初に開催される総会において次の会長が選任される時までとする。
3会長は、会長としての職務の執行が特に優れたものであるときは、一回に限り再任されることができる。
4会議は、会長が選任されたときは、遅滞なく、その旨を内閣総理大臣に届け出るとともに、会長の選任の理由その他内閣府令で定める〔日本学術会議法施行規則 第一条・日本学術会議法施行規則 第二条・日本学術会議法施行規則 第三条〕事項を公表しなければならない。