機構は、業務開始の際、制裁規程を作成し、厚生労働大臣の認可を受けなければならない。これを変更しようとするときも、同様とする。
2前項の制裁規程においては、機構の役員及び職員が、この法律若しくは感染症法、これらの法律に基づく命令若しくはこれらの法律に基づいてする厚生労働大臣の処分若しくは機構が定める業務方法書その他の規則に違反し、又は機構の役員及び職員たるにふさわしくない行為をしたときは、当該役員及び職員に対し、免職、停職、減給又は戒告の処分その他の制裁を課する旨を定めなければならない。
機構の成立の日から遡って十年間において、附則第六条の政令で定める厚生労働省の機関の職員又は国立国際医療研究センターの役員（監事を除く。）若しくは職員であった者は、第七条第一号に規定する機構の役職員であったものとみなして同号及び同条第二号の規定を適用する。
2機構の成立の日から遡って十年間において、国立国際医療研究センターの監事又は会計監査人（会計監査人が法人であるときは、その職務を行うべき社員）であった者は、第七条第二号に規定する機構の監事又は会計監査人であったものとみなして同号の規定を適用する。この場合において、同号中「機構の役職員又は機構の子法人の業務執行取締役等」とあるのは、「機構の役職員若しくは機構の子法人の業務執行取締役等、附則第六条の政令で定める厚生労働省の機関の職員又は国立研究開発法人国立国際医療研究センターの役員（監事を除く。）若しくは職員」とする。