機構の役員に対する報酬及び退職手当（以下この条において「報酬等」という。）は、その役員の業績が考慮されるものでなければならない。
2機構は、その役員に対する報酬等の支給の基準を定め、これを厚生労働大臣に届け出るとともに、公表しなければならない。これを変更したときも、同様とする。
3前項の報酬等の支給の基準は、国家公務員の給与及び退職手当（以下「給与等」という。）、民間企業の役員の報酬等、機構の業務の実績並びに役員のうち世界最高水準の高度の専門的な知識及び経験を活用して遂行することが特に必要とされる業務に従事するものについて国際的に卓越した能力を有する人材を確保する必要性その他の事情を考慮して定められなければならない。
機構は、施行日の前日に国立国際医療研究センターの職員として在職する者（高度専門医療国立研究開発法人法附則第五条第一項の規定の適用を受けた者に限る。）で引き続いて機構の職員となったものの退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間を機構の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。ただし、その者が高度専門医療国立研究開発法人法の施行の日以後に旧高度専門医療国立研究開発法人法第三条の二に規定する国立高度専門医療研究センター（次項において「国立高度専門医療研究センター」という。）を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
2施行日の前日に国立国際医療研究センターの職員として在職する者（高度専門医療国立研究開発法人法附則第五条第一項の規定の適用を受けた者であって、高度専門医療国立研究開発法人法の施行の日以後引き続き国立高度専門医療研究センターの職員として在職する者に限る。）が、引き続いて機構の職員となり、かつ、引き続き機構の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合におけるその者の同法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の高度専門医療国立研究開発法人法の施行の日以後の国立高度専門医療研究センターの職員としての在職期間及び機構の職員としての在職期間を同項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。ただし、その者が高度専門医療国立研究開発法人法の施行の日以後に国立高度専門医療研究センター又は機構を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。