第十六条
政府対策本部の長は、新型インフルエンザ等対策本部長（以下「政府対策本部長」という。）とし、内閣総理大臣（内閣総理大臣に事故があるときは、そのあらかじめ指名する国務大臣）をもって充てる。
2政府対策本部長は、政府対策本部の事務を総括し、所部の職員を指揮監督する。
3政府対策本部に、新型インフルエンザ等対策副本部長（以下この条及び第二十条第四項において「政府対策副本部長」という。）、新型インフルエンザ等対策本部員（以下この条において「政府対策本部員」という。）その他の職員を置く。
4政府対策副本部長は、国務大臣をもって充てる。
5政府対策副本部長は、政府対策本部長を助け、政府対策本部長に事故があるときは、その職務を代理する。政府対策副本部長が二人以上置かれている場合にあっては、あらかじめ政府対策本部長が定めた順序で、その職務を代理する。
6政府対策本部員は、政府対策本部長及び政府対策副本部長以外の全ての国務大臣をもって充てる。この場合において、国務大臣が不在のときは、そのあらかじめ指名する副大臣（内閣官房副長官を含む。）がその職務を代行することができる。
7政府対策副本部長及び政府対策本部員以外の政府対策本部の職員は、内閣官房の職員、指定行政機関の長（国務大臣を除く。）その他の職員又は関係する指定地方行政機関の長その他の職員のうちから、内閣総理大臣が任命する。
8政府対策本部長は、必要があると認めるときは、国立健康危機管理研究機構の長その他の役員又は職員を政府対策本部の会議に出席させ、意見を述べさせることができる。
9新型インフルエンザ等が国内において発生した場合には、政府対策本部に、政府対策本部長の定めるところにより政府対策本部の事務の一部を行う組織として、新型インフルエンザ等現地対策本部（以下この条において「政府現地対策本部」という。）を置くことができる。この場合においては、地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第百五十六条第四項の規定は、適用しない。
10政府対策本部長は、前項の規定により政府現地対策本部を置いたときは当該政府現地対策本部の名称並びに設置の場所及び期間を、当該政府現地対策本部を廃止したときはその旨を、国会に報告するとともに、これを公示しなければならない。
11政府現地対策本部に、新型インフルエンザ等現地対策本部長（次項及び第十三項において「政府現地対策本部長」という。）及び新型インフルエンザ等現地対策本部員（同項において「政府現地対策本部員」という。）その他の職員を置く。
12政府現地対策本部長は、政府対策本部長の命を受け、政府現地対策本部の事務を掌理する。
13政府現地対策本部長及び政府現地対策本部員その他の職員は、政府対策副本部長、政府対策本部員その他の職員のうちから、政府対策本部長が指名する者をもって充てる。
14第八項の規定は、政府現地対策本部について準用する。