総合特別区域における産業の国際競争力の強化及び地域の活性化は、地方公共団体が、これらの実現のために必要な政策課題の解決を図るため、当該地域における自然的、経済的及び社会的な特性を最大限に活用し、かつ、民間事業者、地域住民その他の関係者と相互に密接な連携を図りつつ主体的に行う取組により、地域経済に活力をもたらすとともに、我が国の経済社会の活力の向上及び持続的発展を図ることを基本とし、国が、これらの取組に対して、規制の特例措置の整備その他必要な施策を、関連する諸制度の改革を推進しつつ総合的かつ集中的に講ずることを旨として、行われなければならない。
関係行政機関の長が発する訓令又は通達のうち国際戦略総合特別区域又は地域活性化総合特別区域に関するものについては、これらの区域における産業の国際競争力の強化又は地域の活性化の必要性に鑑み、この法律の規定に準じて、必要な措置を講ずるものとする。
第二条の規定の施行の際現に旧法第五十条の規定の適用を受けて河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第二十三条等の許可（旧法第四十九条に規定する河川法第二十三条等の許可をいう。）を受けている特定水力発電事業（旧法第四十九条に規定する特定水力発電事業をいう。）については、新法第三十七条の二第三項の規定によりみなして適用される構造改革特別区域法第三十一条第七項から第十一項までの規定の適用を受けて河川法第二十三条等の許可（構造改革特別区域法第三十一条第一項に規定する河川法第二十三条等の許可をいう。）を受けた特定水力発電事業（構造改革特別区域法第三十一条第一項に規定する特定水力発電事業をいう。）とみなす。