第一条
平成十六年度の水田農業構造改革交付金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律（以下「法」という。）第二条第一項に規定する政令で定める方法は、固定資産の取得又は改良に充てた金額に相当する金額以下の金額を法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第二十五号に規定する損金経理により引当金勘定に繰り入れる方法（確定した決算において利益又は剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）とする。
2法第二条第一項の規定は、確定申告書等（租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第二条第二項第二十七号に規定する確定申告書等をいう。次項において同じ。）に法第二条第一項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。
3税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があった場合においても、その記載又は添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の明細書の提出があった場合に限り、法第二条第一項の規定を適用することができる。
4法第二条第一項の規定の適用を受けた資産については、租税特別措置法第五十三条第一項各号に掲げる規定（同法第四十六条の二第一項及び同項に係る同法第五十二条の三の規定を除く。）は、適用しない。
5法第二条第一項の規定の適用を受けた資産について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、同項の規定により各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額は、当該資産の取得価額に算入しない。
6法人税法第二条第十二号の八に規定する適格合併（次条において「適格合併」という。）により第一項の規定の適用を受けた資産の移転を受けた合併法人が当該資産について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、当該適格合併に係る被合併法人において当該資産の取得価額に算入されなかった金額は、当該資産の取得価額に算入しない。