（勘定区分等）
第三条
研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合において、一の勘定において整理すべき事項が他の勘定において整理すべき事項と共通の事項であるため当該一の勘定に係る部分を区分して整理することが困難なときは、当該事項については、研究機構が農林水産大臣及び財務大臣の承認を受けて定める基準に従って、事業年度の期間中一括して整理し、当該事業年度の末日現在において各勘定に配分することにより整理することができる。
研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合において、一の勘定において整理すべき事項が他の勘定において整理すべき事項と共通の事項であるため当該一の勘定に係る部分を区分して整理することが困難なときは、当該事項については、研究機構が農林水産大臣及び財務大臣の承認を受けて定める基準に従って、事業年度の期間中一括して整理し、当該事業年度の末日現在において各勘定に配分することにより整理することができる。
第二条の規定による改正後の独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務及び民間研究促進業務に係る財務及び会計に関する省令第一条、第二条、第五条、第七条から第九条まで及び第十七条の規定は、研究機構の行う整備法附則第十三条第四項に規定する特例業務について準用する。
第二条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務及び民間研究促進業務に係る財務及び会計に関する省令第八条第三項の規定は、この省令の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
研究機構が整備法附則第六条第二項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合には、第二条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令（以下「新財務会計省令」という。）第三条中「研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合」とあるのは、「研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合及び独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号）附則第六条第二項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合」とする。