地方独立行政法人は、その行う事務及び事業が住民の生活、地域社会及び地域経済の安定等の公共上の見地から確実に実施されることが必要なものであることに鑑み、適正かつ効率的にその業務を運営するよう努めなければならない。
2地方独立行政法人は、この法律の定めるところによりその業務の内容を公表すること等を通じて、その組織及び運営の状況を住民に明らかにするよう努めなければならない。
3この法律の運用に当たっては、地方独立行政法人の事務及び事業が地域社会及び地域経済の情勢を踏まえつつ適切に行われるよう、地方独立行政法人の事務及び事業の特性並びに地方独立行政法人の業務運営における自主性は、十分配慮されなければならない。
この法律の施行の際現にその名称中に地方独立行政法人又は公立大学法人という文字を用いている者については、第四条第二項又は第六十八条第二項の規定は、この法律の施行後六月間は、適用しない。
この法律の施行の日から附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日の前日までの間における第十四条の規定（同号に掲げる改正規定を除く。）による改正後の地方独立行政法人法第六十七条の四の規定の適用については、同条中「在職期間、定款変更前の法人が第百十七条に規定する合併後の法人であって当該定款変更前の法人の職員として退職したものとしたならば同条本文の規定の適用を受けることとなる者にあっては、同条本文の規定により当該定款変更前の法人の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとされる在職期間及び当該定款変更前の法人の職員としての引き続いた在職期間）」とあるのは、「在職期間）」とする。
2第十四条の規定（附則第一条第二号に掲げる改正規定に限る。以下この項において同じ。）の施行の際現に第十四条の規定による改正前の地方独立行政法人法第二十六条第一項の規定による認可を受けている中期計画については、なお従前の例による。
旧法令の規定により発せられた内閣府設置法第七条第三項の内閣府令又は国家行政組織法（昭和二十三年法律第百二十号）第十二条第一項の省令は、法令に別段の定めがあるもののほか、この法律の施行後は、新法令の相当規定に基づいて発せられた相当の内閣府設置法第七条第三項の内閣府令又は国家行政組織法第十二条第一項の省令としての効力を有するものとする。
第五条の規定による改正後の地方独立行政法人法（以下この条において「新地方独立行政法人法」という。）第七十八条第五項の規定は、地方独立行政法人法第六十八条第一項に規定する公立大学法人（以下この条において「公立大学法人」という。）に係る令和六年四月一日以後に開始する同法第二十五条第二項第一号に規定する中期目標の期間（以下この条において「中期目標の期間」という。）に係る同法第二十六条第一項に規定する中期計画（以下この条において「中期計画」という。）について適用し、公立大学法人に係る同日前に開始した中期目標の期間に係る中期計画については、なお従前の例による。
2新地方独立行政法人法第七十八条第七項の規定は、公立大学法人に係る令和六年四月一日以後に開始する中期目標の期間の事業年度の地方独立行政法人法第二十七条第一項に規定する年度計画（以下この条において「年度計画」という。）について適用し、公立大学法人に係る同日前に開始した中期目標の期間の事業年度の年度計画については、なお従前の例による。
3新地方独立行政法人法第七十八条の二の規定は、公立大学法人に係る令和六年四月一日以後に開始する中期目標の期間に受ける地方独立行政法人法第十一条第一項に規定する評価委員会（以下この条において「評価委員会」という。）の評価について適用し、公立大学法人に係る同日前に開始した中期目標の期間に受ける評価委員会の評価については、なお従前の例による。
4公立大学法人が、この法律の施行の日（以下この条において「施行日」という。）において、中期計画に新地方独立行政法人法第七十八条第五項に規定する指標（次項において「指標」という。）を現に定めている場合には、前三項の規定にかかわらず、同条第五項の規定は施行日から、同条第七項の規定は施行日を含む事業年度の翌事業年度の年度計画から、新地方独立行政法人法第七十八条の二の規定は当該翌事業年度に受ける評価委員会の評価から、それぞれ適用する。
5公立大学法人が、施行日後において、令和六年四月一日前に開始した中期目標の期間に係る中期計画に指標を新たに定めた場合には、第一項から第三項までの規定にかかわらず、新地方独立行政法人法第七十八条第五項の規定は当該定めた日から、同条第七項の規定は同日を含む事業年度の翌事業年度の年度計画から、新地方独立行政法人法第七十八条の二の規定は当該翌事業年度に受ける評価委員会の評価から、それぞれ適用する。
2この法律の施行の日から附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日の前日までの間における附則第十二条の規定による改正後の地方独立行政法人法第二十四条の二の規定の適用については、同条中「及び第二百四十四条の六の規定」とあるのは「の規定」と、「準用する。この場合において、同条第三項中「執行機関」とあるのは、「業務を行う地方独立行政法人」と読み替えるものとする」とあるのは「準用する」とする。