農林中央金庫は、法第四条第三項の規定による認可を受けようとするときは、認可申請書に次に掲げる書面を添付して農林水産大臣及び金融庁長官に提出しなければならない。
2農林中央金庫は、法第四条第四項の規定による届出をしようとするときは、届出書に次に掲げる書面を添付して農林水産大臣及び金融庁長官に提出しなければならない。
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新規則第百十六条の規定は、平成十九年三月三十一日以後に終了する事業年度に係る説明書類から適用し、同日前に終了する事業年度に係るものについては、なお従前の例による。
改正法附則第三条第四項において準用する同条第二項の規定により改正法第十三条の規定による改正後の農林中央金庫法（平成十三年法律第九十三号）第五十九条の三及び第五十九条の七において準用する新金融商品取引法第三十四条の二第一項の規定による申出をする場合には、当該申出に係る新金融商品取引法第三十四条の二第一項の契約の種類（改正法第十三条の規定による改正前の農林中央金庫法第五十九条の三及び第五十九条の七において準用する改正法第一条の規定による改正前の金融商品取引法第三十四条の二第二項の規定による承諾を得たものに限る。）を明らかにしてしなければならない。
施行日から改正法附則第二条第四項に規定する政令で定める日までにおける第五条の規定による改正後の農林中央金庫法施行規則（以下この条において「新農林中央金庫法施行規則」という。）第九十七条、第百四十七条の十六の五、第百四十七条の十六の九及び第百四十七条の十六の十二の規定の適用については、新農林中央金庫法施行規則第九十七条第二項第七号の三中「以下」とあるのは「第百四十七条の十六の五第一項及び第百四十七条の十六の八を除き、以下」と、新農林中央金庫法施行規則第百四十七条の十六の五第一項中「同条第一項に規定する農林中央金庫電子決済等代行業者」とあるのは「農林中央金庫電子決済等代行業（法第九十五条の五の二第二項第一号に掲げる行為（第百四十七条の十六の三に規定する行為を除く。）を行う営業をいう。第百四十七条の十六の八において同じ。）を営む者」と、「第百四十七条の十六の十七」とあるのは「次項第一号、第百四十七条の十六の十七」と、「以下同じ」とあるのは「以下この項及び次条から第百四十七条の十六の八までにおいて同じ」と、「第九十五条の五の二第二項各号」とあるのは「第九十五条の五の二第二項第一号」と、同条第二項第一号中「に対し、」とあるのは「（法第九十五条の五の三第一項に規定する農林中央金庫電子決済等代行業者をいい、法第九十五条の五の九第六項の規定により農林中央金庫電子決済等代行業者とみなされる電子決済等代行業者を含む。次条から第百四十七条の十六の八までを除き、以下同じ。）に対し、」と、新農林中央金庫法施行規則第百四十七条の十六の九中「第九十二条の五の二第二項各号」とあるのは「第九十二条の五の二第二項第一号」と、「第百二十一条の五の二第二項各号」とあるのは「第百二十一条の五の二第二項第一号」と、新農林中央金庫法施行規則第百四十七条の十六の十二第一号中「第九十二条の五の二第二項に規定する特定信用事業電子決済等代行業」とあるのは「第九十二条の五の二第二項第一号に掲げる行為（農業協同組合及び農業協同組合連合会の信用事業に関する命令第五十七条の三十一の十八に規定する行為を除く。）を行う営業」と、「第百二十一条の五の二第二項に規定する特定信用事業電子決済等代行業」とあるのは「第百二十一条の五の二第二項第一号に掲げる行為（漁業協同組合等の信用事業等に関する命令第五十条の三十一の十八に規定する行為を除く。）を行う営業」とする。
この命令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
施行日前に農林中央金庫法（平成十三年法律第九十三号）第九十五条の四において読み替えて準用する銀行法第五十二条の三十七第一項の規定に基づき提出された申請書のうち第四条の規定による改正前の農林中央金庫法施行規則第百十八条第一項第一号イ若しくはロ又は第二号イ若しくはロに掲げる事項が記載された部分（施行日の三十日前の日前に当該事項に変更が生じた場合であって、同法第五十二条の三十九第一項の規定に基づく届出が提出されていないものを除く。）は、それぞれ第四条の規定による改正後の農林中央金庫法施行規則（以下この条において「新農林中央金庫法施行規則」という。）第百二十条第一項第一号ハ若しくはニ又は第二号ハ若しくはニに掲げる書類とみなし、新農林中央金庫法施行規則第百四十七条第一項第二号及び第三項を適用する。
施行日において農林中央金庫又はその子会社等（農林中央金庫法（平成十三年法律第九十三号）第五十八条第二項前段に規定する子会社等をいう。）が現に保有する商工債については、農林中央金庫法施行規則（平成十三年内閣府・農林水産省令第十六号）第七十二条第四項の規定は、適用しない。
2施行日の翌日以後に発行される商工債については、同日から起算して二年を経過する日までの間は、農林中央金庫法施行規則第七十二条第四項の規定は、適用しない。